了這兩位叛將的陰謀，朱元璋徵詢其他將軍的意見，常遇春的性格有些自大和急躁，他直接說：“該殺。”

邵榮和趙繼祖被處死，從此明軍的高階將領都開始各抒己見，自由發表心中意見。

1363年，陳友諒集結新的艦隊捲土重來，他預備重現1360年漢軍自長江溯流而下的輝煌，可惜事與願違，這次他被圍困南昌城三個月，並且他的水軍在鄱陽湖被全部摧毀。

1363年10月30日，陳友諒在湖口被射殺身亡，他被箭射穿了眼睛。

明漢的決戰就這樣結束了，陳友諒的幼子陳理被陳友諒餘部張定邊帶走，他在逃回武昌的時候，讓陳理登上帝位。

這一仗明軍俘虜漢軍水師五萬人，最後朱元璋攜陳友諒水師艦隊和戰俘回到南京。

1364年，明漢勝負已分，張士誠接著就成了明軍的死敵。當明軍的主力部隊在長江南岸四處征討之時，張士誠心意不決，漏過了一次又一次出現的天賜良機。

等朱元璋消滅陳友諒班師回朝的時候，其他二流的武裝割據政權反應各有不同，這些人包括堅決和朱元璋做對的陳有定，四川的明玉珍願意和明政權締結友好盟約，而方國珍則給朱元璋進貢，朱元璋在接受貢品的同時，向方國珍下發最後通牒：等明軍攻佔杭州，你在規定的日子內俯首稱臣。

陳友諒死了，朱元璋致力於收復和吞併過去屬於漢政權的土地，其中包括江西和湖廣。

常遇春領兵攻下武昌，湖南湖北餘下的州府聞風投降。後頭楊靖鎮守武昌，徐達和常遇春合力圍攻廬州，左君弼逃走，在安豐與擴廓帖木兒兵合一處。

1363年，朱元璋麾下一位將領不知道自己旗下有多少人馬，朱元璋因此而生氣。

次年