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在1508－1509年這同一時期，列奧納多還繪製了一些與肺臟及腹部器官有關的漂亮圖表。畫的或許是豬的器官，圖表再度伴有和植物進行的類比。這些圖表說明，列奧納多當時是如何同顯示解剖的問題苦苦進行著抗爭，他在積極尋求一種能把表面細節和透明性結合起來的繪圖技巧。瓦薩里記載了與列奧納多有關的一段軼事，說他把豬內臟充滿了氣，直到內臟擠滿了房間。這個插曲就是列奧納多解剖豬的一個恐怖註解。列奧納多喜歡讓人感到驚慌不安，這是他性格中戲劇性的一面。

此時還出現了一幅畫有女人擴大的陰戶的素描。即使這幅素描表現的是一胎多子或產後的婦女，那生殖器還是不切實際得如同洞穴一般。　我很想把這奇怪的誇大和列奧納多關於“洞穴”的早期文字聯絡起來，並藉此說明，列奧納多對探究“危險黑洞”　表現出了恐懼，這恐懼的一部分是和女性性徵那令人煩擾的秘密相沖突的。根據弗洛伊德的解釋，在洞穴之內可以瞥見的“奇物”是關於生殖和出生的秘密。然而，在這素描下面的註解中，列奧納多卻滿足於一個更加簡潔的象徵：“陰戶邊上的褶皺告訴了我們城堡守門人的位置。”把女性生殖器設想為一個“城堡”或“要塞”，要遭到堅持不懈的男性包圍和攻破，這在愛情詩中司空見慣。

在相關的紙上還有一幅草圖，畫的是一位站立的女性顯示自己懷孕早期時候的子宮，還有幾幅男性和女性生殖器的素描，一幅奶牛內懷胎兒的子宮習作，還有一份奶牛胎盤的區域性圖，列奧納多將胎盤組織描述成了“如同粘附物一樣交織在一起”。這些關於繁殖的習作似乎與列奧納多在1508－1509年間創作的《麗達》的生殖主題有著某種聯絡，因為這位孕婦的輪廓在視覺上重複了麗達的形象。紙張精美的反面是嘴巴及其肌肉的習作，其中那些幽靈般的嘴唇似乎以柴郡貓般的風格從蒙娜麗莎的臉龐漂流而來。

關於“那位老人”的這些註解寫於1507年晚期或1508年早期，它們最早明確指出了列奧納多曾親自進行過一次人體解剖。但或許以前他就解剖過其它屍體了，因為在另一張談論解剖的紙張（1508年）上，列奧納多聲稱他曾親自解剖過——肢解成碎塊——“十多具人屍”。為了“正確完美地瞭解”人體血管，列奧納多已經“把這些血管周圍的人肉去除得絲毫不剩，除了毛細血管一滴幾乎看不見的流血之外。這幾乎沒有引起任何流血”。列奧納多還記錄了在冷凍出現之前解剖屍體時的程式問題：“由於一具屍體持續的時間不長，因此很有必要接連使用幾具屍體，以便可以得出關於血管的完整結論。為了發現其中的差異，這個過程我重複了兩次。”列奧納多描述了這項任務的挑戰性和由此帶來的真正恐懼。“你們”——即將成為解剖學家的讀者們——“可能會因為肚子的隆起而打退堂鼓”。

解剖（2）

正如解剖“那位老人”和“孩子”的屍體一樣，有些解剖顯然是在新聖母瑪利亞醫院進行的。列奧納多很熟悉這個地方，那是他的儲藏室，偶爾也用作倉庫。列奧納多這麼做肯定得到了某種官方的許可——1506年，即使佛羅倫薩畫室中的“醫生和學者”在聖克羅切進行公共解剖之前，也必須得到官員允許——但看來好像列奧納多完成的這些解剖並非都是在那裡進行的。列奧納多充滿感情地談到了“午夜時候的恐懼，因為身邊都是一些經過肢解和剝皮的死人，看了不禁令人毛骨悚然”。列奧納多或許對屍體解剖進行了誇大，但其中的弦外之音在於他是在自己的寓所或畫室內進行解剖的，因此才產生了他在屍體陪伴於身邊時度過黑夜的那種恐懼。要是他在新聖母瑪利亞醫院解剖屍體，就不會感到恐懼了。

屍體解剖當時仍然存在爭議。得到特許去進行解剖是可以的，但解剖仍然是項可疑的活動，其周圍聚集著大量的謠言和迷信——這就暗示了它是一種“妖術”，迷信以及中世紀魔法的混合物。經常使用絞刑架下的屍體更加讓人不寒而慄。列奧納多急於使自己擺脫這些東西，這就是為什麼他在描述屍體解剖的文章中也英勇地攻擊了那些招搖撞騙的術士：

自然會替自身向那些希望實現奇蹟的人們報仇……因為他們總是生活在最可怕的貧窮之中。對於那些力圖製造金子和銀子的鍊金術士，那些希望從死水中創造出永不停歇的能量的工程師們，那些在所有人中最為愚蠢的巫師和魔術師來說，情況現在如此，將來也永遠都是如此。

列奧納多後來在羅馬時，從事