被俘的日本海軍官兵們，不但沒有受到絲毫的虐待，而且得到了破格的優待。

被俘的日本海軍官兵們先是被送到了臺南港，被安排在一處清軍營房改建而成的戰俘營。在船上的時候，他們就沒有再吃到那些從本國運來的有些餿掉的飯糰，而是得到了香噴噴的中國白米飯，軍官的飯食裡有豬肉、牛肉和蔬菜，士兵們的飯食則主要是黃米飯和土豆，菜裡則有雞肉和魚肉，還有雞蛋、豆腐和豆芽等蔬菜。傷員的飯食則和軍官看齊，所有的傷者都得到了中國醫生的醫治，除少數人傷重不幸病故之外，大部分恢復了健康。俘虜們在到達臺南府之後，進入了戰俘營，軍官們則被和士兵們分開關押，軍官們有自己的房間，士兵們則四人一間房屋，平時可以在戰俘營裡隨意走動，不需要任何勞作。由於伙食好，加上不用勞動，很多官兵甚至都變胖了。

在關押期間，日本海軍官兵們一直受到看押他們的清軍的禮貌對待。出於對敵人英勇作戰的尊敬，不時有中國海軍軍官前來探望他們，和他們交談，討論這次海戰雙方的得失（事實上這是出自於林義哲的授意）。雙方很快消除了原本的敵意，相互產生了好感。鄧世昌、葉富、林國祥……這些中國軍官的友好熱情甚至讓伊東佑磨產生了“賓至如歸”的錯覺。而在釋放他們的時候，每一個人——無論是軍官還是士兵——都得到了遣返的費用：中將一人100墨西哥銀元（這筆錢就是為樺山資紀一個人準備的，因為被俘的中將只有他一人，儘管他深以為恥，但還是接受了這筆錢），少將50銀元（伊東佑磨和中牟田倉之助），軍官20銀元，士兵10銀元。

在得到釋放的那一天，中國軍官們向他們這些俘虜贈送禮品告別的那一刻，伊東佑磨的心中甚至生出了依依惜別之意。

而這種情感，並不只存在於他一個人的心中。很多艦長和他的感覺，都是一樣的。