內外戒嚴，大發民眾。仲堪軍至尋陽，禽江州刺史王愉，楷將段方攻尚之於楊湖，為所敗，方死。王恭司馬劉牢之反恭，恭敗。桓玄至白石，亦奔退。仲堪還江陵。三年冬，荊州刺史殷仲堪為桓玄所殺。

隆安二年閏月，太白晝見，在羽林。丁丑，月犯東上相。三年五月辛酉，月又奄東上相。辛未，辰星犯軒轅星。佔悉同上。是年正月，楊佺期破郗恢，奪其任，殷仲堪又殺之。六月，鮮卑攻沒青州。十月，羌賊攻沒洛陽。桓玄破荊、雍，殺殷仲堪、楊佺期。孫恩聚眾攻沒會稽，殺內史王凝之，劉牢之東討走之。四年七月，太皇太后李氏崩。

隆安四年正月乙亥，月犯填星，在牽牛。佔曰：“吳、越有兵喪。女主憂。”二月己丑，有星孛於奎，長三丈，上至閣道紫宮西蕃，入斗魁，至三臺、太微、帝座、端門。佔曰：“彗拂天子廷閣，易主之象。”經三臺，入北斗，佔同上條。六月己未，月又犯填星，在牽牛。辛酉，又犯哭星。十月，奄歲星在北河。佔曰：“為飢。”十二月戊寅，有星孛於貫索、天市、天津。佔曰：“貴臣獄死，內外有兵喪。天津為賊斷，王道天下不通。”十二月，太白在鬥晝見，至五年正月乙卯。案佔，災在吳、越。三月甲寅，流星赤色眾多，西行經牽牛、虛、危、天津、閣道，貫太微、紫宮。佔曰：“星者庶民，類眾多西流之象。徑行天子庭，主弱臣強，諸侯兵不制。”七月癸亥，大角星散搖五色。佔曰：“王者流散。”丁卯，月犯天關。佔曰：“王者憂。”九月庚子，熒惑犯少微，又守之。佔曰：“處士誅。”十月戊子，月犯東蕃次相。四年五月，孫恩復破會稽，殺內史謝琰；遣高雅之等討之。七月，太皇太后李氏崩。十月，妖賊大破高雅之於餘姚，死者十七八。五年二月，孫恩攻句章，高祖拒之。五月，吳郡內史袁山松出戰，為所殺，死者數千人。六月，孫恩至京口，高祖擊破之。恩軍蒲洲，於是內外戒嚴，營陣屯守，柵斷淮口。恩遣別將攻廣陵，殺三千餘人。恩遁據鬱洲。是月，高祖又追破之。九月，桓玄表至，逆旨陵上。十月，司馬元顯大治水軍，將以伐玄。元興元年正月，桓玄東下。是月，孫恩在臨海，人眾餓死散亡，恩亦投水死。盧循自稱徵虜將軍，領其餘眾，略有永嘉、晉安之地。二月，帝戎服遣西軍。丁卯，桓玄至姑孰，破歷陽，司馬尚之見殺，劉牢之降於玄。三月，玄克京都，殺司馬元顯，放太傅道子。七月，大飢，人相食。浙江東餓死流亡十六七，吳郡、吳興戶口減半；又流奔而西者萬計。十月，桓玄遣將擊劉軌，破走奔青州。四年，玄遂篡位，遷帝尋陽。

晉安帝元興元年三月戊子，太白犯五諸侯，因晝見。四月辛丑，月奄辰星。七月戊寅，熒惑在東井，熒惑犯輿鬼、積屍，佔並同上。八月庚子，太白犯歲星，在上將東南。佔曰：“楚兵飢。”一曰：“災在上將。”丙寅，太白奄右執法。九月癸未，太白犯進賢。佔曰：“賢者誅。”十月，客星色白如粉絮，在太微西，至十二月，入太微。佔曰：“兵入天子庭。”二年二月，歲星犯西上將。六月甲辰，奄鬥第四星。佔曰：“大臣誅，不出三年。”八月癸丑，太白犯房北第二星。九月己丑，歲星犯進賢，熒惑犯西上將。十月甲戌，太白犯泣星。十一月丁丑，熒惑犯填星。辛巳，月犯熒惑。十二月乙巳，月奄軒轅第二星，佔悉同上。元年冬，索頭破羌軍。二年十二月，桓玄篡位，放遷帝后於尋陽，以永安何皇后為零陵君。三年二月，高祖盡誅桓氏。

元興三年正月戊戌，熒惑逆行犯太微西上相。佔曰：“天子戰於野，上相死。”二月甲辰，月奄歲星於左角。佔曰：“天下兵起。”丙辰，熒惑逆行在左執法西北。佔曰：“執法者憂。”四月甲午，月奄軒轅第二星，填星入羽林，十二月，熒惑太白皆犯羽林，佔同上。是年二月丙辰，高祖殺桓修等。三月己未，破走桓玄，遣軍西討。辛巳，誅左僕射王愉及子荊州刺史綏。桓玄劫帝如江陵。五月，玄下至崢嶸洲，義軍破滅之。桓振又攻沒江陵，幽劫天子。明年正月，眾軍攻之，振走，乘輿乃旋。七月，永安何皇后崩。三月，桓振又襲江陵，荊州刺史司馬休之敗走。是月，劉懷肅擊振滅之。其年二月，巴西人譙縱殺益州刺史毛璩及璩弟西夷校尉瑾，跨有西土，自號蜀王。

晉安帝義熙元年三月壬辰，月奄左執法，佔同上。丁酉，月奄心前星。佔曰：“豫州有災。”太白犯東井。佔曰：“秦有兵。”四月己卯，月犯填星，在東壁。佔曰：“其地亡國。”一曰：貴人死。”七月庚辰，太白比晝見，在翼、軫。佔曰：“為臣強。荊州有兵喪。”己未，月奄填星，在東壁。佔曰：“其國以伐亡。”一曰：“民