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郭松林和王心安率部北上樂陵堵截，捻軍從陽信北上海豐。郭松林、唐仁廉和春壽率部追擊，將捻軍擊敗。張宗禹率隊西奔寧津和吳橋之間，左宗棠從連鎮督率部隊追趕，與郭松林的騎兵和步兵輪番追擊，使捻軍無法喘息。

這一仗，清廷的各路兵馬連續追擊十六個晝夜，斬殺大批捻軍戰士，張宗禹的兵力更加衰弱。

7月下旬，西捻軍奔到商河，遭到郭松林和潘鼎新所部攻擊，損失慘重。四千名捻軍戰士被殺被俘，張宗禹本人中槍落馬，被部屬救起，幾十名隨從掩護他逃走。

當時大雨滂沱，河水漫過堤壩，劉松山等部為積水所阻，張曜等部在臨邑紮營。

西捻軍奔向寧津西南，劉松山令部隊避開水淖行軍，追到吳橋。易德麟所部在這裡設伏，俘虜和斬殺兩千人，許多捻軍戰士投降。

黃翼升、歐陽見利和姚廣武奉曾國藩的命令，已各率所部炮船從張秋渡過黃河。傳說船上見到了龍神，河水忽然大漲，炮船才得以乘著水流進入運河河口。炮船開到德州，運河防禦更加鞏固。　。。

1868年，同治七年（6）

劉銘傳隨炮船到達德州，參見李鴻章，聽說各軍都獲大捷，不願坐享戰功，一再表示不願領兵作戰。李鴻章仍令他率領舊部奔赴前敵。

西捻軍被劉松林的湘軍擊敗以後，奔向德平。郭松林、潘鼎新、陳國瑞和張得勝率部集結商河。張宗禹避開追兵，率部涉水奔向西南，抵達高唐。

潘鼎新所部追到高唐，捻軍便南下清平與博平，企圖再次撲向運河防線。這時臨清、東昌和張秋關閉河閘，水位高深，馬頰河則有黃河之水漫入。沿河駐防部隊防守嚴密，捻軍無法靠近，便從博平奔向東昌，南攻河牆，被守軍擊退。

劉銘傳出兵後，提議防守徒駭河，把捻軍逼得無處可逃。他的部隊負責桃橋至南鎮的防守，郭松林所部負責防守桃橋至博平一段，袁保恆、張曜和宋慶所部負責從博平守到東昌。這樣一來，就把捻軍包圍在黃河、運河與徒駭河之間。

作戰區域遍地水溜泥濘，捻軍無法獲得食物，各部解散，幾萬人不知該往何處去。郭松林和劉銘傳率領五六千名騎兵，縱橫截擊，斬殺幾千名捻軍戰士。

張宗禹率領幾十名隨從騎馬北逃，被淮軍的騎兵追上。張宗禹棄馬逃進禾叢中，被困很久，無法逃脫，便投水自盡。淮軍抓到他的兒子張葵兒。他的侄兒張正江奔向南鎮，被劉銘傳所部抓獲，同時被俘的還有捻軍的四千名老戰士。其餘捻軍部隊，都被善慶和溫德克勒西的部隊殲滅。

西捻軍覆沒後，清廷在8月下旬接到捷報，獎賞各部將帥。李鴻章被授予協辦大學士，與左宗棠一起晉升太子太保。劉銘傳剛剛到達，只有一戰之勞，真的坐享其成，封為一等男爵。清廷給他的封賞，是因為那個神奇的傳說，即水師船中有龍神顯身，因而增水助順。

東捻軍和西捻軍在軍事上的失敗，究其原因，在於無法突破曾國藩提議的築牆防堵。捻軍是一支善騎的部隊，騎兵往來衝突，馳騁千里，勢不可當。曾國藩當初奉命北征，苦於買不到足夠的好馬，無法用騎兵與之抗衡，在軍事裝備上落後於敵人。於是他想到秦朝抵禦胡騎，築了萬里長城，是十分有效的對策。

曾國藩提出藉助河流提供的自然防線築牆堵防捻軍，一開始有人譏笑他迂笨，他還是固執己見，認真實行。李鴻章是個聰明人，也不覺得這個法子有什麼可笑，延續了老師的做法，才能把捻軍限制在一定的區域內，最終加以消滅。所以看似笨拙的辦法，也許是最有效的法子。這一點，給後世的軍事家提供了不少啟迪。

王定安在《湘軍記》中記載了他與曾國藩的一段對話。王定安說西方人縱然有槍炮利器，也是可以戰勝的。曾國藩表示贊同，說勝負取決於人，而不是取決於兵器。後世人以劣勢武器戰勝裝備精良的敵人，也從這種思想中汲取了教訓。

清廷沒有忘記曾國藩的功勞，在同治六年將他就補大學士，留任治所。東捻軍覆滅後，給他加授雲騎尉世職。這一年又給他加授武英殿大學士，調任直隸總督。

在直隸總督任上，曾國藩以練兵、整頓官場與治河三端為要務，逐步推行改革，設立清訟局和禮賢館，於是直隸一省政教大行。

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張秀眉的苗民起義軍於3月份攻打湖南晃州，又於4月份攻打湖南沅州和麻陽。席寶田回師銅仁，李元度率部留在石阡，對付其餘的起義軍。

席寶田的部將榮維善這時已率十三營