12月26日黎明，杜文秀率全家沐浴完畢，服毒自盡，終年四十五歲。蔡廷棟等人抬著杜文秀出城，獻給楊玉科。這時杜文秀氣息猶存，楊玉科下令割下他的首級，送往昆明。交獻杜文秀的蔡廷棟，曾在以前被圍時投降清軍，後來又逃往大理。

岑毓英已率部抵達紅崖，距大理一百二十里。清軍進佔大理，將要等到下一年。

由於雲南的清軍已基本上消滅了杜文秀的白旗軍，劉嶽昭官復原職。

滿洲正黃旗人景廉是清末有名的廉官，在這年春天率部抵達新疆古城，派使者把徐學功召到綏來的沙山。這裡的綏來，就是現在所說的瑪納斯。

景廉讓徐學功召集舊部三千多人，開設屯田，一邊作戰，一邊耕種。這時文麟也將團練首領孔才從哈密召到古城，修堡建屯，孔才又收容徐學功的散勇二千多人，亦耕亦戰。於是，吉田和吉木薩爾兩地大興屯田，軍糧稍微充裕。後來徐學功與孔才都升任提鎮，但事事都秉承將帥的意思，英氣漸漸減退，和初期血戰時不同了。

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西寧府循化廳撒拉城的回民軍於4月份向清軍投降。循化廳在西寧府城東南方一百多里處，這裡居住著回民和其他少數民族，歷史上稱為吐谷渾地。

徐佔彪的蜀軍於5月份進駐肅州的中和橋。自稱兵馬大元帥的馬文祿，率部佔據肅州已有五年。在金積堡覆滅之後，肅州成為西北迴民軍隊的總指揮部。

桂錫楨於6月份領兵攻打肅州東關，攻克回民軍的一道大關卡。關外的回民軍入城協助防守。徐佔彪所部與回民軍增援部隊在肅州城西南交戰，設伏擊敗回民軍。然後進攻塔爾灣，攻破四座堡壘和十九座墩卡。

西寧的回民首領馬永福率領米拉回民參見馮邦棅，請求安撫。白彥虎和禹得昌的部隊仍在堅固的營壘中抵抗清軍。左宗棠派何作霖率領八營部隊駐紮在西寧以東兩百里處的碾伯，令龍錫慶率兩營部隊隨後跟進。這時劉錦棠從湖南返回甘肅，左宗棠令他率部取道平涼和蘭州，奔赴西寧。

7月7日，徐佔彪所部攻佔塔爾堡，另攻克二十多座小堡。於是，肅州西南馬文祿部隊的堡墩都被清軍掃平。徐佔彪所部進駐沙子壩，距離肅州城只有三里。

肅州城內的馬文祿部於7月11日大開南門出兵，將士們一律身著白衣，頭裹白巾，貼著黃紙。排列好陣式以後，在陣前斬殺一名婦女和一條狗，作為驅魔鎮邪的方術，然後開始攻擊徐佔彪的營壘。

徐佔彪關閉壘門，不為所動。等到馬文祿所部的中營進入炮火射程，徐佔彪才下令用開花炮射擊。開花彈落在馬文祿所部頭上，只聽見到處山崩地裂，一片哭喊。

接著，桂錫楨率馬隊衝入陣內，往來劈砍。馬文祿哪裡見過這種陣式，連忙下令收兵回城。

從此，徐佔彪所部圍住肅州城，天天進攻。馬文祿哀辭請求安撫，徐佔彪認為他詭計多端，不予答應。

徐佔彪所部於7月22日攻克姑樹的三座堡壘和六道墩卡。又於7月26日攻克四壩的十一座堡壘，都派兵勇駐紮。再於7月30日攻克朱家堡，追殺大批迴民軍。到此為止，肅州城東西南三面的壁壘，都被清軍控制。

劉錦棠所部已經開到碾伯，西寧本地回民和外來回民仍然持觀望態度。劉錦棠張榜告示，要求甘肅回民放心，說他的部隊只打陝西的回民軍。然後，他率領董福祥、李雙梁和黃萬鵬等部奔向峽口，與禹得彥和崔三的部隊大戰一場，將他們擊敗，接著在高家堡進擊白彥虎所部，燒燬壁壘，然後回師。

左宗棠於8月8日進駐省城蘭州。不久，他就在這裡開設了蘭州製造局，也叫甘肅製造局。這個機構開始製造先進的槍炮子彈。

徐佔彪所部仍在肅州周邊作戰，攻克朱家堡北面的三座墩卡，然後進攻劉家堡。王萬有的陝西回民軍見甘肅回民軍糧食短缺，率領二百多名騎兵投降，徐佔彪受降。

徐佔彪認為，肅州是座大城，他的兵力太少，無法合圍，於9月份將手下的每營兵力分為兩營，環繞肅州城三面修築壁壘駐紮。每天動用開花炮對城內轟擊，城牆垛口大部分都被炸塌，但是仍然未能攻克。

左宗棠上奏，請調宋慶所部從陝西北部的神木趕赴甘肅協助作戰，讓張曜所部駐紮金積堡，移調譚拔萃所部開赴西寧，令陶生林、金慶元和戴宏勝的五營騎兵及步兵開赴肅州。

自封的代理西寧知府馬桂源出城與陝西回民軍共謀起事，兩天沒有返回西寧。西寧府城內的漢民素來知道他的智巧，趁機關閉城門，將他拒於城