逃到宛城，但孫堅登城先入，眾人蟻附般推進，大破敵軍，成功討平豫州一帶的黃巾軍。另一方面，盧植數戰間大破張角，斬殺萬多人。

張角唯有撤到廣宗，盧植建築攔擋、挖掘壕溝，製造雲梯，將可攻下城池。正值靈帝派左豐視察軍情，有人勸盧植賄賂左豐，但盧植不肯，左豐便向靈帝誣告盧植作戰不力。靈帝大怒，用囚車徵盧植回京。京師唯有下詔再重新調整：皇甫嵩北上東郡；朱雋則攻南陽的趙弘；而以董卓代替盧植。而同樣宗教形式的五斗米道在巴郡叛變，領導人「五斗米師」張修攻打郡縣，但未受到漢室重視。

朱雋與荊州刺史徐璆及秦頡共一萬八千兵圍攻趙弘，但6月至8月也不能攻克，京師有奏議徵朱雋回師，幸而張溫上表說情，靈帝才不行。但朱雋仍急攻趙弘，趙弘被殺，由韓忠代替。朱雋又因兵少不敵，便擴大防圍、建築陣壘，堆砌土山觀望城內。朱雋軍鳴鼓攻打西南，黃巾軍被引開，朱雋則親率五千精兵掩殺東北，偷襲敵人後方，攻入城池，韓忠唯有退保內城。

黃巾軍受挫，士氣低迷，向漢軍乞降。張超、徐璆和秦頡都認為可以接受，但朱雋認為如接受的話，會給百姓有利為賊，無利乞降的錯誤觀念，便不接受並急攻敵軍，可是數戰也不能攻克，朱雋登上土山觀望黃巾軍，明白黃巾軍沒有退路，而盡力一戰，所以未能攻克。朱雋便解開圍軍，韓忠果然出戰，被朱雋大破，朱雋向北追擊韓忠數十里，斬殺萬多人，韓忠投降，秦頡一向與韓忠不和，便將他殺死。這舉動反令黃巾軍不安，又推孫夏為帥屯兵宛中城。朱雋再次急攻，於11月癸巳日，孫夏敗走，漢軍追至西鄂精山，又被大破，斬殺孫夏及萬多人，黃巾軍解散，平定宛城一帶。185年春天，班師回京。

另一方面，於8月皇甫嵩到達東郡倉亭，大破、生擒卜己，斬殺七千多人。而董卓進攻張角不成功，無功而還，便在乙巳日要求皇甫嵩繼續北上。不過，張角已經病死，在10月於廣宗便和張梁戰鬥，張梁軍犟，於首戰不能攻克。在明日，皇甫嵩閉營與士兵休息，另一方面派人觀察敵軍舉動，黃巾軍戰意稍為鬆懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明時份突襲敵陣，戰至下午，成功大破敵軍，斬殺張梁及三萬多人，於逃走到河堤時溺死的也有五萬多人，焚燒車輜三萬多輛，虜獲人數甚多。而張角則被破棺戮屍，運首級回京師。11月，皇甫嵩與鉅鹿太守郭典攻打下曲陽，成功斬殺張寶，俘虜十多萬人。黃巾之亂平息。

亂事雖被平息，但漢室威信遇上一次嚴重的打擊，但漢靈帝沒有改革，反而繼續享樂。於各地還不斷髮生小形叛亂，產生許多分散的勢力，如黑山、白波、黃龍、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、劉石、平漢、大洪、白繞、司隸、緣城、羅市、雷公、浮雲、飛燕、白爵、楊鳳、於毒等，勢力小的也有數千人，勢力大的甚至有百萬人，如張燕的黑山賊。

188年，黃巾軍再次發生起義，黃巾餘部紛紛起事。2月，郭太等於西河白波谷起事，攻略太原郡、河東郡等地。4月，汝南郡葛陂黃巾軍再起，攻沒郡縣。10月，青州、徐州黃巾軍又起，攻略郡縣。11月，漢廷派遣鮑鴻進討聲勢最大的葛陂黃巾，雙方大戰於葛陂，鮑鴻軍敗。黃巾各部此伏彼起，聲勢雖然沒有第一次黃巾之亂般盛，但卻令漢室十分頭痛。

為了鎮壓平亂，於188年3月，靈帝接受太常劉焉的建議，將部份刺史改為州牧，由宗室或重臣擔任，讓其擁有地方軍、政之權，以便加犟地方政權的實力，更易控制地方，有效進剿黃巾餘部。而正因漢靈帝下放權力，助長地方軍擁兵自重，各群雄互相攻擊，逐鹿中原，甚至東漢皇帝在軍閥手中如同無物，所以黃巾民變是促使東漢滅亡的導火線，也是三國時代的序幕。雖然如此，亂事仍造就了大赦黨人，令許多文人、官吏得以重新受任。

在組成三十六方、確定起義日期上，張角的確這為黃巾軍起了帶頭作用，但後來卻失去了這種有計劃性的行動。他們並沒有統一的指揮，張角雖是太平道的領導，卻只在冀州轉戰，沒有為其他軍團作調控，沒有同一目標，只是佔地死守或到處搶劫。加上當友方有難時，各軍都不會相救，漢軍就用此一個一個擊破。雖然黃巾起義，令天下震動，但因這些原因，黃巾軍未能成就推翻漢室的事業。

並且黃巾之亂對於東漢末年的政局影響，由於儘快平定戰事，因此中央下放軍權至地方，使得黃巾之亂無法快速的蔓延至全國，減緩了東漢覆亡的時機。但是卻造成了地方輕視中央，使得具有野心的將領或是官員，藉著在黃巾之亂的