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他們當晚露宿林中，沒有吃過任何食物，空腹摸黑前行。翌日早上偷挖田裡的番薯充飢，再向西再走三里路，遇見路旁有排灣族番民正在圃圍內勞作。宮古島民以手語跟排灣族人溝通，排灣族人就給他們飯和芋頭粥、番薯等充飢，又讓他們住宿在頭目的梯屋房間。依照高士佛社習俗，外人喝了族人家中的水就不再是敵人。但半夜卻有一人持柴火攜刀進入一房間搶走其中兩名宮古島人的衣服，天亮更有十多名持刀、矛、弓箭等武器之排灣族年輕男子強逼他們脫下衣服、髮簪，並把他們的隨身財物搶掠一空，其中五六名持槍的排灣族人表示自己準備外出打獵，要宮古島人留在屋內等候，不得外出。宮古島人害怕排灣族人對他們不利，決定離開，卻被排灣族人阻止。於是他們以三、五人為一組分開逃跑，然後會合。

由於宮古島人不辭而別，排灣族人認為他們不尊重自己，又覺得他們可能是海盜的細作（排灣族人經常受海盜侵擾），怕日後引來海盜攻擊，就出去追擊他們。宮古島眾人會合後於一處小溪旁喝水休息時，六至七名排灣族人從草叢中追趕過來，嚴厲質問宮古島人為何誤入領地卻又逃離頭目家中，宮古島人就涉溪逃跑。不久見有人家，就到其中一房子窺探，屋主為一鄧姓漢民老翁，知道他們是琉球人，便用漢語和他們交談，他們就安心進去休息。鄧姓老翁的兒子鄧天保說可以幫他們記下姓名送到府城等候救援。另外有位在當地經營番產交易的商人凌老生也願意保護他們。當其中一名宮古島人仲本加奈正在填寫眾人姓名時，約三十名排灣族人追到，剝取宮古島人的衣服、髮簪，凌老生正在與排灣族頭領交涉之際，排灣族人卻將找到的宮古島人分次帶出屋外殺死，這時其中一名被帶出去的琉球人新城朝憲全身****地衝回院內叫其他人馬上逃走，以免被殺，說完後隨即被殺。而包括仲本加奈、島袋次良、島袋龜在內無法逃出的9人就躲在凌老生家。54人被殺後，牡丹社的排灣族人又趕到現場，繼續追查逃走的12人。

翌日，鄧天保趕到保力莊會見村長楊友旺，楊友旺得知屠殺事件，就和兒子楊阿才、侄子楊阿和跟鄧天保回家。至石門雙溪口便見屍體累累，此時又有兩名宮古島人求救，楊友旺即答應保護。來到鄧家就見到多名牡丹社排灣族人逼迫老翁交人。

經過楊友旺一行人與牡丹社人協商後，以錢幣四五枚、布六匹、水牛一頭、豬數頭及酒十甕給予交換補償。又傳聞有一逃跑之宮古島人在竹社被捕，由鄧天保及楊友旺出面以酒肉交換才將他救出。牡丹社人返回四重溪上游的石門雙溪口時發現高士佛人已經離開現場，牡丹社人就將54名死者的人頭砍下（出草），吊掛在樹上，祭拜後帶回牡丹社以及女奶社的頭顱架上作為祭品。生還的12人逗留楊友旺家共四十餘日，到12月22日方才由楊阿才陪同離開恆春到達鳳山，由鳳山官府的護送，至29日轉達臺灣府城，再由臺灣府官船送達福州琉球館乘船歸國。至翌年6月才回到琉球那霸。54具無頭屍體則由鄧天保集中葬在雙溪口河旁四座墓中，一座合葬十餘名，由保力莊人林阿九負責管理。後來又遷葬至統埔莊南郊，並供祀每年祭拜。頭骨由排灣族人依照他們的傳統習俗帶到部落的頭骨架中擺祀。

在事件發生後，清廷按照以前的慣例，出錢撫卹遇難者家屬，琉球國亦上表謝恩，由於是“化外之番”所為，本著息事寧人的精神，清廷並未給予排灣族人以任何懲罰。

從文牘當中的記載來看，清廷只是把這件事當成一件很普通的“意外事件”進行處理，絲毫沒有想過這一事件過後會帶來什麼。

但林義哲卻知道，在原來的歷史中，後面發生的事便是清廷始料未及了。

日本官員伊地知貞馨、大山綱良、樺山資紀等得知宮古島民遇害事件後就積極建議日本出兵臺灣。1873年2月，日本派遣外務卿副島種臣以“中國派遣特命全權大臣”的身分前往中國，針對宮古島人遇害事件試探清廷的態度。清朝總理衙門大臣吏部尚書毛昶熙及戶部尚書董恂答以遇害之宮古島人皆已接受中國之撫卹及遣返處理，此事件與日本無關。副島種臣則強調琉球為其屬地，並且問為何清朝不懲辦臺番，毛、董則以“生番不服王化”為理由推搪。“化外之民”的說法便成為日本出兵臺灣的依據！

後來日本出兵臺灣雖因沈葆楨帶艦入臺交涉而失敗，但琉球卻最終亡於日本之手。明治天皇密令大山綱良，以日本王政一新的名義，要求琉球遣使赴東京慶賀，琉球國尚泰王派遣之使臣尚健、向有恆前往東京慶賀，琉球