軍在湘南的防務立刻吃緊。可是，永州鎮總兵樊燮卻非常令巡撫擔憂。

樊燮是一名驕橫跋扈的將軍，同時又荒疏軍務。他作為一個軍人，出門從不騎馬，卻擺出一副文官的譜，要坐轎子。偏生他又腦滿腸肥，體重接近二百五，轎子沉得像一塊巨石，得有八個人抬著。有一次檢閱新兵，竟讓侍從把轎簾掀起，坐在轎子裡面閱兵。永州百姓根據他的醜態，編了一條歇後語：

樊總兵閱兵——坐著看。

有一年，樊燮要上陽明山觀光，在山道上，抬轎計程車兵被石頭絆倒了，轎子歪了下來。回到城裡，他竟然把那士兵活活打死！

樊總兵儘管營養過剩，還要動用軍餉去北方購買黃牛鞭，給自己進補，弄得官兵吃飯都成了問題。

左宗棠在湖南代巡撫理政治軍，樊總兵的種種劣跡，自然有人報告給這位鐵腕師爺。左宗棠調查了一下，居然嚇了一跳。

左宗棠知道，各省的武官吃空額，中飽私囊，在腐朽的清廷官場裡，是見怪不怪的事情。但是，這個樊總兵卻是太無法無天了。

樊燮手下共有二千多名士兵，留在永州城內的，名義上有四百多名，但實際兵力三百不到。而且，這二百多名官兵當中，就被抽去一百多人替他幹私活。總兵府的廚師、挑水夫、花匠、點心匠、剃頭匠和轎伕，都是正規軍的官兵來擔任。因此，在州城裡擔任軍務的官兵，不過幾十人而已。

在湘南防務吃緊的時候，樊總兵這麼幹，是一件非同小可的事情。一旦太平軍或其他造反武裝殺到永州，多則有幾十萬兵力，少則有幾千人，樊總兵的幾十個人怎麼招架得了？

不僅如此。樊總兵還讓這屈指可數的幾十名官兵餓著肚子。他的一切日常開銷，都從軍費中支出。千總給他當管家，把總為他當採購，軍餉拿去買綢緞，軍官的養廉薪俸拿去蓋房子，弄得怨聲載道。

左宗棠早就想查辦樊燮，但他知道樊總兵大有來頭，不僅是朝廷的二品大員，而且是湖廣總督官文的五姨太孃家的親戚。要查這個案子，弄不好自己的性命和駱巡撫的前程都會搭進去。於是他破例地請示了駱巡撫。

駱巡撫和省城的大小官員，對樊燮的劣跡早有耳聞。上一年，樊燮進京路過長沙，司道均不答拜。現在，駱巡撫聽說樊燮的倒行逆施，已經影響到湖南的安危，不得不冒著風險，參了他一本。清廷批示，將樊燮羈押審查。

於是，樊燮這個犯罪嫌疑人，於5月2日被押到了長沙。本來，只要一干證人到庭作證，就能做出判決了。但是，左宗棠忙於對付石達開的攻擊，只得暫時把樊燮的事放在一邊。

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李孟群戰敗被俘的同時，河南的一支捻軍從西華向西南方推進兩百里，到達舞陽，在北舞打敗清軍，擊斃清軍將領邱聯恩。伊興額率領全軍西援，傅振邦等人彈劾他不聽調配，清廷將他罷免，任命協領關保指揮河南清軍。清廷抽調天津海防軍，派協領德楞額率領，駐紮山東西南端的曹州。　。。

1859年，咸豐九年（5）

安徽南部的清軍繼續南下，於3月份攻克江西婺源。

勝保於4月份駐軍正陽關，派茅念劬所部攻克六安與霍山。

劉騰鶴在江西北部阻擊從安徽南下的太平軍，於4月1日率部攻打牯牛嶺，進攻建德風雲嶺的太平軍營壘，攻破其中兩座。太平軍大部隊開到，包圍劉騰鶴部，用炮轟擊，湘軍大驚，紛紛潰散，劉騰鶴死在炮火下，時年二十八歲。他當時官居候選知府，文宗下詔，按照道員規格賜與撫卹，授予騎都尉世職，附祀兄祠。

曾國藩移駐撫州，開始調兵遣將。他增派撫州駐軍將領屈蟠率部戍守湖口，任命四十一歲的平江人張嶽齡和凌蔭廷為營官，招募三千五百人，聽令於朱品隆。他又調派長沙人郭式源的玉山駐防軍協助攻打景德鎮，命令蕭啟江回援湖南。

張運蘭久無戰功，得到增援後，才於4月15日在景德鎮打了一次勝仗。

張國樑在江蘇發起了攻勢，率部進攻九洑洲。太平軍在浦口西北方增加壁壘抗拒清軍。張國樑與周天培兩支清軍合攻，打了三個勝仗，將九洑洲邊的太平軍壁壘全部搗毀。

江北太平軍活動頻繁，迫使江南清軍多數從天京渡江增援。德興阿在江北長期沒有作為，和春上疏彈劾，清廷在江北不再設定大帥，江北清軍全部劃歸江南大營統帥。

勝保不喜作戰，偏愛招撫。他對安徽的捻軍又下了一番功夫。捻軍首領張元龍於5月份獻出鳳陽府縣城，向勝保投降，清軍攻克臨