有關軍分割槽合併，所隸各團改為軍分割槽的基於團。

到1941年底，晉冀豫根據地大多數軍分割槽都已有一至三個基幹團（太嶽各分割槽為基幹營）。同時，恢復、建立和健全了縣、區游擊隊，縣游擊隊少者數十人，多者二三百人，區游擊隊少者十幾人，多者百餘人。整個根據地地方武裝迅速發展到5。6萬人。

人民武裝建設方面，狠抓了發展與壯大民兵的工作。民兵是不脫離生產的武裝骨幹，執行比自衛隊更高階的任務，即農忙時從事生產，農閒時進行訓練，敵軍來犯時參加作戰。晉冀豫區的民兵是1940年秋百團大戰前夕建立的。太行軍區在1941年1月底召開了武裝幹部會議，制定了全年發展民兵的工作和要求。3月18日，軍區及各分割槽分別舉行了民兵檢閱大會。4月，冀南、太行、太嶽聯合辦事處和太行軍區聯合頒佈“晉冀豫軍區人民武裝抗日自衛隊暫行條例”。接著，透過民主選舉，成立了軍分割槽以下各級人民武裝抗日自衛委員會，以便領導人民武裝進行群眾性游擊戰爭，配合抗日軍隊作戰，維持社會治安，擔任後勤任務。

在此基礎上，劉伯承從5月起連續釋出命令，要求健全與強化遊擊集團，對敵展開全面、全力的鬥爭。遊擊集團是地方武裝與人民武裝相結合，廣泛、經常地開展游擊戰爭，配合正規軍作戰的組織形式。村級以民兵的遊擊小組為幹隊，自衛隊和其他民兵為支隊；區級以區游擊隊為幹隊，各村人民武裝為支隊；縣級以縣獨立營為幹隊，各級遊擊集團為支隊。分割槽基幹團、營分遣到縣，即是該縣遊擊集團的幹隊。這個日趨完善的地區性游擊戰爭的組織形式，是對敵鬥爭的一個創舉，在爾後的反“掃蕩”作戰中起到了重要的作用。

政權建設和軍事鬥爭從來是相輔相成的，與軍事鬥爭的同時加強了政權建設。7月，在冀南太行，太嶽聯合辦事處的基礎上成立了晉冀魯豫邊區政府，楊秀峰任主席，薄一波、戎伍勝任副主席。邊區政府轄有太行、太嶽、冀南、冀魯豫等4個行政區。在軍事上，冀魯豫軍區歸八路軍總部領導，第一二九師兼晉冀豫軍區，下轄太行、太嶽、冀南3個軍區。

上述一系列工作任務的完成，為晉冀豫根據地的反蠶食、反“掃蕩”鬥爭創造了極為有利的條件。

10月，日軍又推行了第三次“治安強化”運動，對晉冀豫根據地實行經濟封鎖。與此相配合，從9月開始，日軍對太嶽、太行根據地進行大“掃蕩”。

這次大掃蕩首先從太嶽南部新區開始。嶽南原由國民黨軍隊駐守。5月間日軍發動中條山戰役，國民黨25萬大軍不戰而潰，中條及嶽南大部地區淪人日軍之手。8月初，第三八六旅和決死第一縱隊各一部組成太嶽南進支隊，進入臨屯公路以南、沁河以西地區，建立嶽南根據地。9月22日，日軍企圖趁嶽南八路軍立足未穩，一舉予以驅逐，於是集中2萬餘人進入嶽南“掃蕩”。

太嶽南進支隊在新區極為困難的條件下，採取了以小部隊與日軍保持接觸，主力避免與日軍拼消耗的方針，使日偽軍合擊屢次撲空，不得不於10月初放棄對嶽南的“掃蕩”。

10月13日，“掃蕩”嶽南的日軍和嶽北周圍的日軍結合，集中3萬餘人，對嶽北開始了所謂“鐵壁合圍”、“反轉電擊”的大“掃蕩”，企圖以合擊和捕捉的手段，消滅太嶽領導機關和部隊主力。嶽北軍民預有準備，進行了空舍清野，分遣基幹軍隊幹部領導人民武裝開展游擊戰爭。日軍進入根據地腹地時，游擊隊、民兵、自衛隊進行廣泛的襲擾。主力實施分遣作戰，適時轉至外線，擊敵側後，在安澤疙瘩溝、沁源將軍溝，連續給敵人以重大殺傷。地方武裝對同蒲路大力進行破擊，在平遙、靈石間毀日軍機車3輛。

透過嶽北軍民的一連串打擊，日軍被迫退出嶽北根據地。

劉伯承充分估計到日軍將移兵“掃蕩”太行區，預先進行了各種準備。

10月初，他簽署頒發了太行軍區和晉冀魯豫邊區政府的聯合佈告，號召全區黨政軍民，立即投入反對日軍秋季大“掃蕩”的鬥爭，做好空舍清野，開展地雷戰、麻雀戰，剷除漢奸特務，鞏固根據地內部。

從10月15日開始，下令太行全區實行戒嚴：鄉村要道分別派出自衛隊、青年抗日先鋒隊等組織的青壯年代替兒童團站崗放哨，日夜盤查行人。凡未帶通行證，攜槍而不帶武裝證及行跡可疑者，立即扣押。對武裝間諜、漢奸立即逮捕，遇有抵抗者即行擊斃。凡可能為敵利用又為根據地必需的糧、棉、油、鹽及器材，一律妥善隱藏。一切政治動搖分子、有