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最後令大家高興的是，艦長被說服了，並撤回了自己的辭職書。

從達爾文給親屬的信中可以看出，“貝格爾”號上的這次危機使他多麼焦急不安。當然一方面他特別懷念故鄉、家庭和朋友。旅行，特別是航海旅行愈來愈艱苦，使他疲憊不堪。如果菲茨·羅伊拒絕指揮，“貝格爾”號就要被迫抄近道由大西洋返回。達爾文自然也就應該結束在“貝格爾”號上博物學家的工作，考慮的只是回去的事了。然而他頭腦中卻有著另外的打算。

對收集來的材料進行研究，特別是對南美洲的地質考察情況已開始形成一定的構思，都向他提出了新的任務；首先就是要對西部各海岸進行地質考察，特別是科迪列拉山脈的地質學問題。仔細觀察自然景象的旅行者的最初熱情，對迷人的熱帶風景的興奮心情，漸漸地為考察家所具有的那種特別平心靜氣的濃厚興趣所代替，因為考察家竭力要做的不僅是要儘可能多收集收集物，不僅是要記錄他所觀察到的現象，而且還要更好地弄懂和解釋這些現象。在途中，他在菲茨·羅伊艦長藏書豐富的圖書館裡，熟悉了許多南美和環球旅行的情況後，給自己擬定了未來工作、未來旅行路線和參觀一些新地區的計劃。他已不能使自己的事業半途而廢，不能放棄自覺制定的計劃，特別是快要完成的計劃。要是“貝格爾”號放棄環球航行的想法向英國駛去的話，達爾文就決定走他自己所擬定的航線，獨自越過科迪列拉山脈，研究科迪列拉山脈的地質，走旱路橫穿南美洲大陸，再返回東岸到布宜諾斯艾利斯去，然後從那裡乘船回英國。

可是危機結束了，決定在完成能發現新地方的誘人的環球航行之後再回英國。同時達爾文決定要更加努力在南美洲西岸進行工作，乘“貝格爾”號到一些島嶼上去旅行，廣泛利用在大陸上所用的老辦法，即僱傭嚮導、馬匹和騾子，走完所擬定的行程。他始終沒放棄越過科迪列拉山脈的念頭。

“貝格爾”號全體船員又開始進行測量奇洛埃島的工作。有幾個人在謝利萬的指揮下，於十一月二十四日乘著舢板和高速艇前去考察該島的東部。達爾文僱了幾匹馬，到島北端的查卡奧，他要在那裡與其他人匯合。另一部分船員則留在“貝格爾”號上，他們應該去考察島的西部，以便與第一隊人馬在南部匯合。這時“埃德文切爾”縱帆船已賣掉。

達爾文騎馬走的路都是用圓木橫鋪而成的。因為太陽光線穿不進常綠森林的葉叢下面，所以地面鬆軟、泥濘。

查卡奧本是島上的主要港口，因為在海峽裡的急流和危險的岩礁中間船隻經常失事，所以人們就把港口移到聖卡爾洛斯。達爾文在查卡奧遇到了第一隊人馬。在以後的日子裡，這隊人馬就逐漸地往南推進。被河谷切割開來，分離成很多小島的平坦的地方，完全被一片不能通行的深綠色的森林覆蓋起來。有些地方可以經常看見茅屋。在這片大陸上，現出了三座正在噴出一團團濃煙的巨大的活火山。每座火山的高度都有兩千米左右。安第斯山脈本身在這裡要比在瓦爾帕來索附近的山脈矮得多。沿途所見的居民，就外貌來看，都是有著紅銅面孔的典型的純種印第安人。他們住得很分散，對沿海地帶上的樹木很少清除或者清除得很差。

十一月三十日，這隊人馬來到了卡斯特羅，它曾是奇洛埃島的古都，但是當時已經變成了一個特別荒涼的地方，總共剩下幾百個居民。

達爾文特別注意到植物當中的龐克，龐克這一植物的基幹有一米多高，長著四五個齒狀的圓葉子，直徑超過兩米，周長在十一米以上。

十二月六日，這隊人馬到達了南島聖佩得羅，“貝格爾”號已停泊在那裡。當這隊人馬中的兩名軍官，在這裡用經緯儀進行測量工作時，據說是這個島上特有的一隻狐狸正在聚精會神地注視軍官們的工作，因此達爾文偷偷地走到它的背後，用地質錘朝它頭上重擊一下，把它打死了。就這樣，在這個島上發現了獨有的狐狸。

達爾文和菲茨·羅伊雖然努力要爬上島巔，但是一切努力都白費了：由於森林中到處都堆積有大量倒下的腐朽的樹，所以根本無法透過，他們只好時而一個跟一個從腐爛的樹幹底下爬過去，時而沿著離地二三米高的樹幹上走。最後只好放棄這一打算。

十二月十日，達爾文搬到要繼續向南駛進的“貝格爾