日本方面得到英美外交使節的書面支援，並考慮到事件雖然發生在未建交國的船隻“瑪耶西”號上，但該船現在日本領土、領海之內，所以日本政府有權按照日本法律處置，於是日本外務卿副島種臣於翌日即指令神奈川縣權令大江卓立即著手調查處理，“迅速查明事端，審明罪責，並將結果上報本省。”

日本政府行動迅速，開始就此案進行審判，為了解救華工，日本官員不斷傳喚被拐華工作證，一次十人或二十人不等，事畢將這些證人留在橫濱，並不令其回船。這雖為一時權宜之計，但非常奏效，對解救被拐華工頗有幫助。埃雷拉見勢不妙，想要一走了之，於是向法庭申請離境，但立即為日本方面所拒絕。日本神奈川縣法庭並於8月9日發出限制離境令，並於8月17日派員進入關押多數被拐華工的船艙，宣佈“此船在橫濱停泊期間，日本政府對諸君予以保護。”8月26日神奈川縣法庭宣判認定“瑪耶西”號船長埃雷拉虐待被拐華工、從事奴隸貿易。日本方面隨後扣留了“瑪耶西”號，並解救了全部被拐華工。

清朝政府在接到日本方面的通知後，認為“日本能顧大局，為中國辦事，且駐日本與駐滬之英美領事，均雲必須重辦。若竟置諸不理，非但難對被拐之二百餘人，恐後來拐賣人口者更多，且更為各國看輕。”遂於9月17日決定派遣上海租界會審委員陳福勳赴日處理此事，最後除一人病死一名女孩失蹤外，其餘華工均被解救回國。

在處理善後時，因陳福勳交接之前的被拐華工食宿費用，日本政府是免費提供的；陳福勳曾向日方提起過要支付這筆費用，但是副島種臣婉然拒絕，說是此款系在與他未曾交接之前所用，中方不必支付，並囑咐其部下“此係出於日本國家之己意，不準開報，並飭令數目之多寡，亦不準告知。”副島種臣的所為曾令清政府大員對日本刮目相看，頗有好感。清朝政府為了感謝日本政府熱心救助被拐華工，還專門贈送了禮品。

“此事當年之外務卿副島，曾力主為中國被拐之民申義，使其得以平安返回中國，免受奴役之苦，確是功德無量，今日想來，亦是可感。”恭親王想起當年的往事，禁不住感嘆起來，“藉此減免賠款數額，最好不過。”

“這個副島，便是當年紫光閣覲見之時的那個副島是吧？”同治皇帝聽到了“副島”這個名字，起先覺著甚為耳熟，想了好一會兒之後，才想起了他是哪個。

“回皇上，正是這個副島，後充任駐京公使，當年允其覲見時之禮同西國，亦有酬其高義之意。”文祥說道，“此次和談，亦有其在內，只是近日舊疾復發，未得參與。”

“竟然病了，不會是因為咱們管他們要賠款要得太多了吧？”同治皇帝哈哈一笑，“這會子又減了他們二百萬鎊，估麼著他一知道這訊息，身上這病便會好了。”

聽到同治皇帝說話又有些不著調，慈禧太后的心裡又發出了一聲重重的嘆息。

她看了同治皇帝一眼，對林義哲說道：“林義哲，就照你說的辦罷。這一百萬鎊，便照此開減。那個副島，你不妨送些藥過去，以表探望之意，並告訴他這寬免之數，是為了酬答當年日本救助我百姓之的高義。期盼兩國就此永久和好，再無爭端。”

“臣遵旨。”林義哲想了想，還是沒有說自己已經送了副島種臣兩棵山參的事。

“林義哲，這五百萬鎊，你能從倭人身上要出來，便是大功一件。”同治皇帝想到可能到手的2000萬兩銀子哪怕不全給自己花，自己和后妃們的用度也定當會寬裕不少，是以又顯得有些興奮起來。

就在幾天前，他在和皇后慧妃輪著玩“花樣”的時候，還告訴了她們這一次從日本人那裡榨銀子的事，並許諾給她們增加月例銀子，皇后知道後並未有多少興奮之意，只是淡淡一笑謝恩，但慧妃卻是著把高興兩個字都寫在了臉上，並用實際行動好好的謝了他一回。

想到慧妃在床上的浪勁兒，同治皇帝的下身又有些火熱，心思也漸漸的又轉向了房中之事上……

“臣以身家性命擔保，定要從日本索得此款。”林義哲恭聲答道。

“對了，皇帝，林義哲此前奏報請求開釋日人俘虜，皇帝可準了沒有？”慈禧太后向同治皇帝問道，將同治皇帝的思緒又拉了回來。

“回皇額孃的話，兒子昨日已經準了。今日便可下發。”同治皇帝不明白母親怎麼突然問起日本俘虜的事來，趕緊答道。

“如若皇額娘覺著不妥，兒子可令軍機處收回……”可能是擔心母親又有什麼新的旨意，同治皇帝接著