這時卻要居於統治地位來對付進行遊擊活動的國民黨殘匪，在作戰中遇到了許多新的問題。中共中央、中央軍委對於剿匪鬥爭高度重視，指示解放軍在與這些惡匪的作戰中，要繼續運用人民戰爭和游擊戰的戰略戰術，並根據匪特的新情況新特點，對剿匪的基本方針和戰略戰術作了明確指示。制定了軍事打擊、政治爭取、發動群眾三者緊密結合的方針：在匪情嚴重的地區，以軍事打擊為主，政治爭取為輔，軍事政治雙管齊下；在一般情況下，則以政治爭取為主，軍事打擊為輔。同時充分發動群眾、建立政權、加強地方武裝、進行民主改革等項工作結合進行，以求從根本上消除匪特生存活動的條件。規定了對匪特鬥爭的政策：首惡者必辦、脅從者不問、立功者受獎等一系列政策，以此達到爭取多數，打擊少數，利用矛盾，各個擊破，徹底消除匪特之目的。

遵照上述指示，人民解放軍先後抽調了約150萬人的兵力。在新解放區（華北、華東、中南、西南、西北地區），從1949年5月至1953年執行剿匪肅特等任務。在華北、華東、中南、西南、西北地區，從1949年下半年開始至1953年，中國人民解放軍先後抽調了共大約10個兵團部、41個軍部、144個師、2個旅另20個團和海軍一部等主力部隊，約15