雙方至此完全撕破臉面，拉開了1603年馬尼拉大屠殺的血腥大幕。

菲律賓總督唐佩德羅德阿古納終於集結好了他的正規軍部隊，加上為數幾千的邦邦牙土著兵，還有數百日本浪人武士。在各殖民點的教堂，也開始給西班牙平民殖民者分發武器，組建殖民者民兵。

當天上午十點，從通多趕來的五千多名華人包圍了西班牙軍隊上尉馬奎那的住家，這個首先對華人屠殺的軍官。華人們動手點火燒屋，馬奎那上尉全家六人包括兩名幼子在內統統被殺。上尉還被華人起義者斬首，首級插在了莊園大門口的木柱上。

此刻，由於意見不統一，留守澗內和比農多的華人在一處教堂固守，人數將近上萬。菲律賓總督下令西班牙軍隊發動反擊。

澗內華人總管黃康的兒子，黃達(教名安東尼)，他在教堂裡鼓動華人基督徒反抗，而他的父親還在為西班牙人和華人之間的和平到處斡旋。

比農多成了西班牙軍主力的攻擊目標，黃達的部眾被擊潰，比農多被西班牙人收復。

為了取得糧食，另一批華人起義者向通多沼澤北部一處緩坡上的德爾蒙塔修道院發動進攻，西班牙軍隊在修道院門口列陣，佔據了地利。奧古斯丁修會的修道士們和西班牙士兵一樣，手持武器向蜂擁而來的華人起義者射擊，並且用兩門炮猛烈轟擊散亂的華人隊伍，密密麻麻的華人被一片片打倒。

這是單方面的屠殺，擺好了陣型的西班牙軍打敗了缺乏火器的華人。在往後幾天的混戰中，華人戰鬥人員幾近兩萬，一度在通多沼澤地裡擊敗了一支西班牙正規軍討伐隊。

10月4日，前任菲律賓總督達斯馬里納斯上校不顧勸阻，帶著百餘人深入沼澤地帶搜剿華人。華人們埋伏在沼澤地水草叢中，以不顧一切地貼身肉搏抵消了西班牙人火槍的威力，將西班牙士兵殺死在沼澤地裡。

其中，戰死在沼澤地的有馬尼拉大主教的侄子佩德羅德貝納維德斯，他被華人抓住，抱手拉腳把他的頭往泥水裡摁，活活被沼澤地的泥漿憋死了。

前任菲律賓總督之子達斯馬里納斯上校曾經帶隊在巴石河北岸無情截殺華人，因此，華人們針對上校的復仇打擊又多又狠。口吐鮮血的上校拼命掙扎，奇蹟般衝出人群，然而，在他面前的是更多憤怒的華人。上校歪歪扭扭走了幾步，跪倒在泥漿中，在胸前畫著十字，一邊吐血一邊口唸祈禱文。一名剃著了短髮的華人基督徒走上前來，毫不猶豫用大棒擊中了上校的後腦勺，打斷了達斯馬里納斯上校和上帝之間的心靈交流，直接送他去見了上帝。據說，這個華人基督徒是種植園大屠殺中唯一的倖存者。

西班牙帝國的前菲律賓總督，曾竭力鼓吹侵略中國的路易斯·佩雷斯·達斯馬里納斯上校，和他的父親一樣，也成了華人的手下亡魂。（其父親戈麥斯也曾經是總督，被華人潘和五起義部眾在海上打死）上校成了一具屍體後，立刻被斬首，首級被高高插在一根西班牙長矛上，周圍都是歡呼勝利的華人起義者。

不久後，五百日本浪人衝入澗內燒殺搶掠，馬尼拉城的大炮也轟擊澗內，還留在澗內的華人都是富裕戶，不願意冒險參加起義，但還是被日本人的烈火和刀劍全數殺死。

10月6日，黃達帶領的人和眾多的華人匯合後，發動了對馬尼拉城的進攻。華人們冒著炮火徹夜進攻，但因守城西班牙人有火炮火槍，馬尼拉王城被華人們建設得很高大堅固，華人在城下死傷慘重，兩天後不得不退守郊外。

西班牙人再次從外島召集兩百多名西班牙，以及兩千名邦邦牙土著戰士，配合五百名日本町的日本浪人，開始全面反攻。烏合之眾的華人這時開始犯不團結的老毛病，內部意見不一，還在基督徒和非基督徒之間、漳州籍和泉州籍之間鬧內訌。

華人首領黃達在內訌中被殺。

西班牙人再次攻入比農多，殘餘的華人基督徒全數被殺，唐人街總管黃康在比農多的家也被土著兵一把火燒掉。黃康的妻子女兒和小兒子事先已經在屋內上吊自殺，她們的遺體懸掛在屋內，和自己的家一起被大火化為烏有。

華人基督徒大約還有100多名躲藏在比農多的聖方濟各會教堂內。他們去馬尼拉投降西班牙人，卻被大炮打了回來，乘戰場上一片混亂躲藏到了這裡。聽到四周的槍聲，他們湧出了教堂，跪在教堂前舉著十字架向西班牙人乞求寬恕。

宿務土著兵們的長戟短矛絲毫未受十字架阻擾，很快這些華人基督徒就被一一殺死，土著兵還一把火把剩下的那些躲在教堂內的華人基督徒統