工作座談會，討論1969年度計劃綱要。周恩來親自審查修改，併到會上作報告，闡述“以農業為基礎，以工業為主導”的發展國民經濟的方針，強調了獨立自主、艱苦奮鬥的重要性，針對林彪、汪青一夥搞形式主義那一套，提出了尖銳批評。他說：毛主席語錄已發行7億多冊，毛主席橡章越做越大，已做了22億個，有些人就是搞封建階級、資產階級的作風，我們要的是勤儉之風。

這期間，他同林彪、江青一夥的破壞進行著持續的鬥爭。1969年7月，二機部彙報說，林彪下令要把在一線的原子能工廠全部遷到三線。周恩來制止了這個毀滅性的破壞。這年4月，他召集李富春、餘秋裡、粟裕以及國防工辦、國防工業軍管小組、冶金部、一楓部、三機部、七機部等部門負責人開會，解決飛機生產方面的質量事故問題，對檢驗制度的取消提出了批評。1970年2月，他在全國計劃會議上指出：“合理的規章制度還是要，廢除了不行。那是無政府主義思潮。”3月，他在接見全國計劃會議代表時又說：“不是不要規章制度，合理的不能破。”從1969年起，工農業生產狀況有所好轉。這是周恩來和其他老一輩革命家依靠廣大幹部群眾共同努力、堅持鬥爭得來的。但是，由於當時“左”的錯誤加上林彪、江青一夥的干擾破壞，盲目冒進的傾向相當嚴重。林彪一夥藉口備戰，提出要“用打仗的觀點觀察一切，檢查一切，落實一切”；宣揚“什麼比例不比例，打仗就是比例”，盲目大上軍工專案，不斷擴大規模，造成工業與農業、輕工業與重工業比例嚴重失調，1970年固定資產投資又過度膨脹。這年2月全國計劃會議提出的第四個五年國民經濟計劃綱要（草案），於同年9月提交中共九屆二中全會討論，由於林彪、陳伯達等的破壞，也沒有討論成，國民經濟出現了日益危險的傾向。

對於毛澤東發動和領導的這場“文化大革命”，開始時周恩來是不理解的，正如他1967月29日在群眾大會上所說，自己也是“老革命遇到新問題”。但不久後，他看到了這是一場災難。對於這場災難，他認為硬頂是不行的，必須“因勢利導，否則就會被沖垮”。他說：要做“弄潮兒”，“站在潮頭上，做旁觀人不行，做對立的把你沖垮”。他把個人的生死榮辱置之度外，1966年冬他對一位領導人說：“我不入地獄，誰入地獄；我不入虎穴，誰入虎穴”；他還說過：“我不入苦海誰入苦海。”這些話表明了他當時的沉重心情和辛毅態度。他忍辱負重，在潮頭上審時度勢，盡力維護黨和國家的利益。他的處境非常困難，一方面要使黨和國家的正常工作繼續進行，另一方面要儘量減少“文化大革命”所造成的損失，要保護大批黨內外的幹部。他要同林彪、江青一夥堅持鬥爭，而鬥爭又必須限於毛澤東能夠接受的程度之內。這是一場既艱苦又強韌的戰鬥，有時候，甚至不得不說一些不想說不願說的話，做一些不想做不願做的事。正如鄧小平後來談到周恩來時所說：“在‘文化大革命’時，他所處的地位十分困難，也說了好多違心的話，做了好多違心的事。但人民原諒他。因為他不做這些事，不說這些話，他自己也保不住，也不能在其中起中和作用，起減少損失的作用。他保護了相當一批人。”周恩來維護了黨和國家的大局，相當一批幹部儲存下來了，經濟雖然遭到巨大損失，但終於沒有崩潰。這一切，都為後來的恢復和發展準備了條件。

周恩來在“文化大革命”中，常常連續工作十七八甚至二十多小時不得休息，有時連吃飯也顧不上。他曾感慨地對醫生說：“‘文革’要讓我少活十年。”1967年2月3日，他感到異常不舒服。經醫生會診，發現有了心臟病。他叮囑秘書保守秘密。這年夏天，他的健康狀況顯著下降，但仍堅持通宵工作。9月24日，他對鄧穎超說：我一到早晨8時左右，精神就不行了，手發抖。到1968年9月，總理辦公室被迫撤銷，只留下了兩個秘書，大量的具體工作都得由70高齡的周恩來親自動手。人們見他操勞過度，日益消瘦，勸他休息，他總是說：“我是總理，就得什麼事也要管啊！管不好怎麼向黨、向人民交代！”他不能休息。如果他離開崗位，林彪、江青等正是求文不得。正如國外有的作者所說的：“只要他在其位，就可以在處理政府的日常工作中，保持某種明智，對受到威脅的幹部給一定保護，可以減輕數百萬人的痛苦。此外，他可以阻止野心家篡奪最高權力的企圖，防止爆發一場新的悲劇。如果他離職，內戰局勢勢必更加惡化，如果他公開發表自己的看法，使自己成為英雄，其處境將更加困難、不堪設想。”

林彪