而因為是跨國跨民族的聯盟，形成了自然的分支，一共五個分支，各有領導人，聯盟最高主席職務就由五個分支領導人以一年為限輪值擔任。

而這五個分支其實才是中亞現有五個蘇聯加共和國內以這個五個加盟國的主體民族為根基，在未來的中亞民族獨立運動當中統領五族獨立運動的真正力量，聯盟最高機構只提供參考和協調，及制定相對統一的政策和步驟，而具體執行則由五個分支分別對應一個國家執行這些計劃，實現該國的民族獨立。

如哈薩克民族獨立陣線負責具體執行哈薩克的民族獨立程序和計劃。烏茲別克民族獨立陣線自然是負責具體執行烏茲別克的民族獨立程序和計劃的分支，其他土庫曼、吉爾吉斯、塔吉克民族獨立陣線當然也是同理。當然，事實上他們也各自成為國家的執政黨。

可以說在實權上，聯盟的實際權利是非常弱的，無法具體干涉各民族內部的運作事務和決策方針，真正的實權都掌握在五個分支政黨當中，之所以要成立一個聯盟，主要還是因為現在的中亞五族獨立是命運一體，且會在爭取獨獨立的過程中發生多民族合作關係，甚至跨境作戰和活動更是極為正常的，這就需要一個統一性的協調組織，以免在跨境活動中配合不力甚至發生矛盾，因此在阿、中兩國的支援下才有了聯盟的產生。

但相應的，這事實上也只能算是一個臨時性的聯盟，在蘇聯中亞統治崩潰，五國真正實現全境獨立後，這個聯盟即便還會保留，其作用也會更進一步弱化，阿、中兩國也不會願意看到這個聯盟保留下去，因為那會使得中亞五國逐漸形成抱團，透過這個組織聯合起來，他們對抗阿、中影響的能力將會大增，這將大大增強未來的中亞五國領導人實現完全自主甚至意圖擺脫、阿中控制的野心。

中亞獨立陣線聯盟成立後，其總部暫時將設在克孜勒奧爾達，由哈薩克獨立陣線主席哈桑諾夫擔任第一屆最高主席，同時經整個聯盟決議，將暫時把克孜勒奧爾達義軍更名為中亞民族聯軍，並以哈、烏、土、吉、塔五族為主幹，分別成立五個軍團，即哈薩克軍團、烏茲別克軍團、土庫曼軍團、吉爾吉斯軍團和塔吉克軍團，至於義軍內的其他民族成員，則以哈桑諾夫等人沒有公開的那幅新疆域地圖為主，其原生活在五國內哪個國家，就加入哪個軍團。

其中哈薩克軍團人數最多，達三萬餘人，而烏茲別克軍團和吉爾吉斯軍團都有兩萬餘人，土庫曼和塔吉克軍團則只有一萬多人，另有幾個混編的獨立團、營和裝甲團、炮兵團等兵種團營。各軍團人數不一，也是跟克孜勒奧爾達集中營內本身關押的各族人數量不等的緣故，因為集中營本是設在哈薩克境內，所以哈薩克人或者說原本生活在哈薩克境內的人較多，哈薩克軍團的兵力也就最強。

不過有意思的是，這其中有不少人如果按照新疆域劃定，已經不屬於中亞五國的人口了，特別是原生活在巴爾喀什湖以東、卡拉幹達以北和烏拉爾河區域的各他民族（如果是哈薩克族人最終是要遷回新哈薩克的，所以仍會屬於新哈薩克的人口），雖然加入了哈薩克軍團，但他們事實即將成為阿拉斯加人或中國人了。

當然這也沒有關係，畢竟現在中亞新五國還未成立，條約還沒有簽訂，而且根據與阿、中兩國達成的協定，這支聯軍未來就將做為中亞五國的國防軍野戰部隊，參與聯軍行動，同歸中亞戰區司令部管轄，所以就算有阿拉斯加人和中國人也不算出奇。

中亞民族聯軍的總司令由聯盟輪值最高主席兼任，但軍隊訓練和指揮作戰由總參謀長負責，米沙夫擔任首任總參謀長。本來這支軍隊的最高指揮官一直是謝爾紹夫，不過謝爾紹夫如今已經不可能直接指揮軍隊作戰了，對他來說，政治才是他現在的主要工作。

而米沙夫擔任總參謀長後也將作為這支部隊的直接指揮官，而加入中亞（聯軍）戰區司令部，成為中亞戰區決策層的一員。

當然因這支聯軍目前要歸入中亞戰區，其調動作戰區域不定，無法成為中亞五國在爭取獨立時的作戰部隊，所以在這之後，阿、中兩國會逐漸幫助新政府就地徵召新兵，為他們訓練警察部隊和國防軍治安部隊，成為新政府暫時唯一的治安、防衛和作戰力量。

至於缺少野戰部隊也不成問題，畢竟各新政府就算有一定的野戰力量，也不足以自行對蘇軍發起大規模行動。只能靠阿、中兩國大軍向境內蘇軍發起作戰，新政府只要派出行政管理人員和一些政府代表隨著阿、中大軍不斷推進，在一個個佔領的城市內建立政府機構，行使行政管理權，宣示主權就夠了。