馬如龍於9月18日抱病出了昆明，與岑毓英和李家福率部嚴陣以待。段成功與蔡廷棟率領五千人伏地投降，清廷的部隊接受南關外的六十多座碉樓炮臺，派兵攻克西壩。

清軍記名提督楊玉科的部隊又攻克了昆明以西的廣通和大姚，岑毓英所部攻克了江右館，對起義軍晝夜圍攻，俘虜起義軍的許多猛將。馬如龍親自進入起義軍軍營，勒令起義軍首領互相斬殺，獻出首級投降。從安寧逃出的起義軍全部被何秀林部消滅。昆明解圍，起義軍餘部全部進入土堆。

岑毓英和馬如龍分兵攻打昆明周邊的郡縣，由滇軍和湘軍合攻土堆。馬忠等部南攻澄江，李維述督率張士進等部西攻楚雄，李維鏞等部攻打南安，王鍾祥率部協助黃文學部西攻定遠，楊謙等部助攻祿豐和楊林，###等部助攻昆陽。

攻擊部隊很快就有了戰果。李維鏞所部於10月10日攻克南安，張士進所部於10月2日攻克楚雄，黃文學所部於10月7日攻克定遠。這時劉嶽昭已入駐昆明，增兵包圍土堆，張保和與岑毓琦率部猛攻昆陽，起義軍首領到昆明請求安撫。

10月22日，馬光明率部投降，他的首領楊振鵬擔心投降後被殺，仍然負隅抵抗。馬如龍親自前往昆陽，派人進城招撫，沒有結果。

馬如龍所部於10月26日攻克昆陽，俘虜楊振鵬和馬聯魁等起義軍首領，將他們處死。

昆陽在昆明西南方一百二十里處，中間隔著滇池，行船一夜可到。楊振鵬等部起義軍，對昆明的清軍構成極大的威脅。楊振鵬於1862年接受了清廷的安撫，後來升任副將，代理總兵，但仍然佔據昆陽抗拒清軍。這個既在清廷當官又打著起義旗號的人，還是被清軍處死了。

李維述的滇軍已經攻克祿豐，西進鎮南，攻克沙橋、普朋和鸚鵡關。10月27日，王鍾祥所部攻克彌渡廳。11月上旬，劉興所部攻克紅巖。王鍾祥部向西南推進五十里，包圍蒙化，即今巍山，攻破馬街土城，距離杜文秀的根據地大理只有百里。杜文秀的處境日益艱難。

四川將軍崇實和四川總督吳棠派來增援雲南的四川提督唐友耕所部，在雲南東北部的魯甸攻克了回民起義軍的村寨，起義軍獻出首領投降。劉嶽昭令唐友耕率部返回四川。

1869年，同治八年（4）

唐友耕的這支部隊，在雲南險些釀成大禍。唐友耕本是雲南大關人，他的部隊奉命增援雲南，於5月份抵達昭通。有人知道唐友耕是本地人，故意散佈流言，說他的部隊會把回民殺光，為他復仇。魯甸和威寧兩地的回民大為驚恐，都據險自保。劉嶽昭派人飛馬送信，令唐友耕率部前來昆明，以解除昭通一帶回民的疑慮，而且派知府吳春然前往魯甸調查情況，令代理昭通鎮全祖凱保護漢民的村寨。

劉嶽昭的信使未到時，唐友耕本想率部離開魯甸，卻有漢民要求他留下作戰。劉嶽昭的信使晚到了一步，唐友耕部已經在魯甸與起義軍交戰了，漢民和回民各有傷亡。劉嶽昭火速派人給四川的大帥送信，讓他們制止唐友耕。

崇實和吳棠認為，四川與雲南相距太遠，難以遙控軍隊的行止，聽憑劉嶽昭拿主意。於是劉嶽昭趕緊叫唐友耕率部離開雲南，以免釀成更大的爭端。這樣一來，東川和昭通一帶才安定下來。

這件事處理完以後，劉嶽昭鬆了一口氣。接著他又收到捷報，陳定邦所部於12月9日攻克了大理東北方的賓川。張潤所部於12月22日攻克大理以北的麗江，南下進攻劍川。

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三十六歲的湘鄉人劉松山於1月上旬率領手下的全部兵力，從河南三門峽的茅津渡口渡到黃河以北的山西平陸，然後率部北上平陽，即現在所說的臨汾。

左宗棠命令他的部隊駐紮在汾河以西，以鞏固山西的防守。這時陝西的綠林軍和回民起義軍都聚集在北山，和湘軍捉迷藏，湘軍各部無法捕捉對手。

劉松山部剛到山西永寧，即現在所說的呂梁、離石，便馬上購買糧食，西渡黃河，攻擊起義軍。

劉松山所部於1月18日抵達陝西綏德，留下三千人扼守軍用渡口，防守黃河東岸。

劉松山根據情報，得知董福祥的根據地縱橫二十里，散佈在大理河與小理河之間，便令易德麟與章合才率部攻打大理川，自己督率蕭章開部攻打小理川，攻破董福祥的幾十個根據地。董福祥的騎兵，凡是無法翻山的，都被劉松山所部殲滅。

湘軍攻克小理川之後，董福祥餘部西進周家嶮，劉松山率部跟蹤追擊。成定康從三皇峁出兵，攻破綠林軍的十