他們疑惑著

山本看上去是那樣地安然、端詳，似乎很難讓人理解。這成為後來有關山本之死的各種各樣的傳說和想象的根據。有的說，山本的遺容像活著的人一樣；有的說，飛機墜地後，山本根本沒有死，他是走出機體後自刎的；還有的說，當人們向他走去時，他還猛然睜開眼睛看了看周圍的一切才安然死去的。

事實上根據分析判斷，飛機墜毀後，只有高田一人有意識，他唯恐山本的遺骸燒焦，才把他從機艙裡拖了出來，並讓他手握軍刀，保持威嚴的姿態。不久，高田自己也斷氣了。

根據第一基地海軍少佐軍醫田淵義三郎於4月20日寫的屍檢記錄，山本的傷勢如下

4月21日，山本等11具屍體在布因島火化。22日，渡邊和宇垣參謀長護送骨灰回臘包爾。23日，山本的骨灰由專人乘水上飛機從臘包爾送往停泊在特魯克島的聯合艦隊的旗艦“武藏”號。聯合艦隊的山本時代結束了。

死去的山本享受了帝國的最後一次殊榮。5月17日，載著山本骨灰的戰列艦“武藏”號由特魯克起航，21日駛入東京灣，停泊在木更津外海。同日下午，大本營正式發表山本的死訊

“聯合艦隊司令長官海軍大將山本五十六，本年4月於前線在同敵人作戰的飛機上指揮全面作戰中，不幸壯烈犧牲。遵聖上親命，接替他職務的是海軍大將古賀峰一，已前往聯合艦隊就任。”

與此同時，官方發表公告，追授山本大勳位、功一級、正三位和元帥稱號，並准予按國葬規格進行安葬。海軍方面還請求加賜山本以“男爵”稱號，但未得批准。

山本五十六的國葬儀式在1943年6月5日舉行，這一天也是另一位海軍英雄東鄉元帥的葬禮紀念日。在東京有百萬市民排列在街道兩旁觀看送葬隊伍。渡邊中佐手捧山本的指揮刀，三和義勇捧著大勳位勳章，走在拒載骨灰盒的炮車後面。山本的骨灰一分為二，一部分葬在小金井多磨墓地東鄉平八郎墓的旁邊。另一部分由山本的姐姐高橋嘉壽子和其親友帶回家鄉安葬在長岡長興寺。

人們在“武藏”號長官室的抽屜裡發現了山本的一封遺書，上面寫道

“征戰以來，幾萬忠勇無雙之將士用命奮戰已成護國之神。嗚呼！吾有何面目晉見皇上，又將何言以告已逝戰友之父兄。身非鐵石，但欲表堅心一貫，可深入敵陣，以示日本男兒之血氣。暫且等待吧，成仁的年青人！你們戰死留名的一戰打得轟轟烈烈，不久吾將隨你們而去。

昭和17年9月末述懷　山本五十六志“

山本五十六實現了他的遺願。據此曾有相當一部分人認為，山本是自願去送死的，在他認為局勢已無可挽回以後，便有意以身成仁，實現日本武士道戰死疆場的最高準則。無論山本是如何死的，有一點可以確認無誤的是，隨著他魂飄南太平洋，日本帝國壽終正寢的厄運正式開始了。

接任山本聯合艦隊司令長官遺缺的是他的好友古賀峰一海軍大將。儘管古賀峰一同山本五十六一樣有著令人目眩的閱歷，曾歷任日本駐法國大使館武官、帝國聯合艦隊參謀、第7艦隊司令長官、軍令部次長、中國艦隊司令長官，但他非但不具有山本五十六的膽識，而且又面臨著美軍在太平洋的大規模反擊，帝國賦予他的使命不過是為日本皇室和大本營譜寫一曲哀樂的尾聲。

到1943年，第二次世界大戰的戰局已經發生了根本的變化。在歐洲戰場，以斯大林格勒大會戰為契機，蘇軍轉入總反攻。與此同時，美英聯軍在1943年初結束北非方面的作戰，於7月越地中海而進攻義大利，9月義大利就宣佈投降。在太平洋，美軍經過精心準備，從中太平洋和西南太平洋兩個方向，分別由尼米茲將軍和麥克阿瑟將軍對日本的絕對國防圈發起了“雙叉攻擊”。日本法西斯的統治已是風聲鶴唳，四面楚歌。

果然，在不到一年的時間裡，古賀就踏上了與山本會面的道路，1944年3月31日，古賀峰一在乘飛機向菲律賓後撤途中，遇風暴機毀人亡。

已如驚弓之鳥的日本軍部法西斯，困獸猶鬥。裕仁天皇和大本營決策者一致商定，由豐田副武海軍大將接任聯合艦隊司令長官，繼續貫徹古賀大將的戰略方針，即暫時從中南太平洋諸島撤退，尋找戰機，以備再戰。於是，在太平洋上日美又演出了幾場大規模的海戰，日本軍國主義者開始了其“玉碎”的過程。

1944年6月，在馬里亞納大海戰中，美軍出動3個海軍陸戰師和1個後備陸戰師，另有3支大艦隊，總計航空母艦27艘