非得銀四、五十萬，不能辦此。索之庫藏，則庫藏已竭，加派小民，則民力已疲。況今歲南直隸、浙江一帶，皆有水災，頃蒙特恩，破格蠲振，又取回織造太監，疲睏之民，方得更生，乃又重複加派，子惠之恩未洽，誅求之令即施，非聖慈所以愛養元元，培植邦本之意也。民窮財盡，賦重役繁，將來隱憂，誠有不可勝諱者。科臣所奏，宜留聖心。臣等看得該庫偶因三衛夷人，缺少虎、豹一樣服色，及近年北虜俺答款貢，歲增賞賚，溢於舊數，故題請添織，以上二項，委不可已。至於上供御用等項，則近年南京太監許坤，蘇杭太監孫隆，織進御前者，已自足用，不必又取辦於歲造矣。臣等愚見，伏乞聖明再諭該庫查北虜俺答一宗賞賜，一歲約該幾何，及三衛夷人虎豹服色缺少幾何，照數行該地方添織，即作歲造之數，其餘皆可停止。惟冀俯從科臣之言，一概減半織造，其支費銀兩，敕下戶工二部酌處，免復加派小民，庶近日規恤之旨，不為虛文，罷極之民，少得蘇息也。（奏疏九《請酌減增造段匹疏》

疏上以後，神宗準如所請，但是事實上還是增造，神宗依然得到心理的滿足。

萬曆七年十月，薊遼總督梁夢龍得到訊息，土蠻帶領四萬餘騎，向遼東進攻，立即告急。東北方的邊防，突然緊張起來。本來居正對付韃靼的政策，是使他們從內部分裂走向對立的局勢。俺答通貢，封順義王，成為明朝的藩屬；但是土蠻仍然倔強，屢次要求“貢市”，——其實只是通商，——但是居正認為在土蠻沒有屈服以前，談不到“貢市”。事情成了僵局，土蠻屢次引兵進攻，想用武力強迫中國通商，薊遼方面的防務，永遠不能鬆懈，其故在此。神宗在居正把遼東警報奏進以後，立刻吩咐內閣擬旨，諭兵部議進剿之策。居正面奏道：

“九月初間，有北虜俺答部下頭目恰臺吉，差人於土蠻營中，偵知土蠻欲糾眾向遼，講求貢市，臣即馳語總督梁夢龍，令其再偵的實，多方裝置；傳示遼東總兵李成梁，巡撫周詠，虜若糾大眾至，勿輕與戰，但堅壁清野，使之野無所掠，虜氣自挫。又使梁夢龍親率師東行，發勁兵二枝，為遼東聲援。令薊鎮總兵戚繼光，選精銳，乘間出塞，或擣其巢，或邀其歸以撓之。今據報各官具如臣指：梁夢龍已東駐山海，遣參將許汝慄、楊繼，出關截殺；戚繼光移駐一片石，伺間邀擊，遼東收保已畢。虜以十月初二日，至寧前向中所地方，此中地狹人稀，虜眾無所掠，勢不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑議驅剿，以後相機別議。且彼中戒備頗嚴，諒無疏失，伏惟皇上少寬聖懷。”

在這一大片敘述裡，居正把遼東的佈置，完全說明。

神宗點頭道：“先生費心處置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居館論邊情記事》。對話用原文。）

經過這番佈置以後，土蠻底軍隊退去了；後來土蠻和速把亥同駐紅土城，分兵進攻錦州、義州，成梁出塞二百餘里，直抵紅土城，殺去四百七十餘名韃靼武士，這是所謂紅土城之捷。

萬曆七年十月，總理河漕都御史潘季馴，漕運侍郎江一麟奏報河工告成。自從六年正月以來，居正把河、漕事務，完全交付吳桂芳，不幸就在正月，桂芳病歿。二月，居正起用潘季馴總理河、漕。四月，季馴疏辭總理河、漕事務，上諭不許。季馴這才放手做事，六月上疏條陳六事：“一曰塞決口以挽正河，二曰築堤防以杜潰決，三曰復閘壩以防外河，四曰創滾水壩以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜費，六曰寢老黃河之議以仍利涉。”

季馴看清河工全無掣肘之虞，居正也看清惟有季馴才是治河之人，所以擬旨：“治河事宜，既經河、漕諸臣會議停當，著他實行。各該經委分任官員，如有玩愒推諉、虛費財力者，不時拿問參治。”季馴得到這一重保障，八月間彈劾淮安水利道河南僉事楊化隆，淮安府通判王宏化治河無狀，上諭楊化隆、王宏化“都著革職，送吏部擬處，毋得概擬復職以致輕縱。”（《明神宗實錄》）在這些處分後面，看出居正對於季馴的大力支援。但異議還是不斷地發生。季馴主張塞崔鎮決口，御史林碧潭提議崔鎮不當塞；季馴主張築遙堤，林御史提議遙堤不當築。異議在居正面前提出了。倘使居正是一個河工專家，也許他可以給一個解決，但是他不是專家，而且工部尚書李幼滋也不是。居正無法，只能把兩條提議間接和季馴提出，希望得一個解決。他說：

夫避下而趨虛者，水之性也。聞河身已高，勢若建瓴，今欲以數丈之堤束之，萬一有蟻穴之漏，數寸之瑕，一處潰決，則數百里之堤，皆屬無用，所謂攻瑕則堅者瑕矣，此其可慮者一也。異時