在基本上統一了全國之後，失去了繼續向外擴張的地理環境，內部開始了爭奪。一些較大的貴族極力想獨自控制中央政權，從中獲得更大的利益。６世紀之前，比較強大的物部氏控制朝政。後來新興的蘇我氏強大起來，打敗了物部氏，奪得了中央的控制權，扶植有利於自己的天皇。蘇我氏家族不可一世，下面的中小貴族也在瘋狂地兼併土地，殘酷地剝削部民，許多平民的土地也被剝奪，土地和財富不斷集中，社會矛盾空前尖銳。在這種情況下，奴隸、部民和平民紛紛起來造反，抗稅逃亡。公元６世紀，整個社會已處於混亂狀態。統治階級不得不考慮如何找出更好的統治方法，以取代過時的部民制。於是在日本出現了向中國學習的改革。改革是從上層開始的。蘇我稻目（？—５７０年）是改革的代表人物。他曾任兩朝天皇的大臣，在朝廷中掌管財政。他本人與中國的來日人員交往很多，與大陸的移民有著良好的關係。當時，與日本一海之隔的中國社會發展程度較高，向中國學習是一些上層貴族青年的時尚。早在公元５世紀，日本就與中國南朝的劉宋和朝鮮的百濟交往密切，亞洲大陸上先進的文化和科學技術不斷進入日本。蘇我稻目於５５５年在吉備五郡設立過屯倉，但部民逃跑的很多。後來他試用了編制戶籍的辦法，取得了良好效果，部民很少逃跑。這種作法得到了天皇的獎賞。採用建立戶籍的辦法，使過去以部為單位受奴役的田部民，變成以戶為單位的小生產者。這些小生產者直接向國家交納年貢，實際上成了自由的國家農民。但是改革的主張遭到了朝廷中頑固勢力的反對。物部氏的物部尾輿是掌管軍事的大貴族，他極力維護舊有的統治方式。引起雙方直接衝突的事件是佛教信仰問題。５２２年，百濟王獻給日本佛像和佛經。在朝廷上，欽明天皇詢問群臣可否崇拜佛教。稻目主張崇拜佛教，以佛教來統一全國的思想，尾輿堅決反對，認為佛教會給日本帶來災難，不如仍然崇拜原來各個氏族的神。半個世紀之後，兩個對立的勢力再次交鋒。５８７年，用明天皇死，因皇位繼承問題，稻目之子蘇我馬子和尾輿之子物部守屋進行了決戰。在衣折戰役中，物部氏被打敗。蘇我馬子控制了朝廷。先是立泊瀨天皇，後又在５９２年擁立自己的外甥女為推古天皇。５９３年，推古天皇立用明天皇的遺子廄戶為太子，臨朝攝政，即聖德太子（５７４—６２２年）。聖德太子對中國文化極為了解，欣賞中國的大一統國家體制。極力主張加強皇權，並積極準備改革。６０３—６０４年，進行了“推古改革”，先後制定了冠位十二階和憲法十七條。冠位十二階按才能和功績授予個人，是非世襲的官位，排擠了那些世襲的貴族，使天皇的權力增大，同時使國家的政府官僚體制有了雛形。憲法十七條，用以中國儒家三綱五常為主的思想規定了日本臣民的行為守則。其中明確規定，“國非二君，民無兩主，率土兆民，以王為主”。憲法中還主張以和為貴，減少階級對立。５９４年，由天皇下詔，提倡佛教，為了提高日本的國際地位，聖德太子在與中國加強來往的同時，不再以臣相稱，而是採取了對等的稱呼。他還向中國派遣大批留學生。但是聖德太子的改革只是一個準備，並沒大力推廣開來，頑固勢力還相當強大。６２２年，在聖德太子死後，蘇我氏害怕進一步的改革損害蘇我氏獨攬朝政，於是殺死了聖德太子的兒子山背大兄皇子，使剛剛開始的改革夭折。

但是改革的思想已經深入人心。蘇我氏的專權遭到朝野反對。６４５年６月１２日，中大兄皇子聯合中臣鐮足等人在接見三韓使者的儀式中，突然發動襲擊，刺殺了蘇我氏的代表人物蘇我入鹿，接著立即在奈良組織軍隊，嚴加防衛。１３日，蘇我入鹿的父親走投無路，被迫自殺。１４日，革新派人物組成了以改革派人物中大兄皇子、中臣鐮足為核心的集團，廢黜了蘇我氏擁立的天皇，擁立中大兄的舅舅輕王子繼位，稱孝德天皇，並效仿中國的作法，建年號“大化”，遷都難波（今大阪）。６４６年正月元日，新政權頒佈了《改新詔書》，並全力向全國貫徹。為了使改革順利進行，新政權在全國各地登記人口和檢查田產。７０１年又釋出了《大寶律令》，使改革以法律的形式固定了下來。大化革新是個逐步的過程，大約經歷了半個世紀，改革的綱領在實施中也不斷完善和修改。大化革新之後，日本在經濟方面廢除了部民制，建立起封建土地國有制。在政治方面，廢除了貴族的世襲特權，建立以皇權為中心的中央集權國家。在軍事上，實行徵兵制，在京師設立了五衛府，在地方設軍團，所有軍隊一律歸中央統一指揮。

大化革新部分地解放了生產力