還損失了40　門大炮。在24小時內，梅拉斯不得不派出使節向拿破崙求和；結果簽訂亞歷山德里亞條約，整個北部義大利回到法國手中（歷史上的一個有趣的巧合，在馬倫哥平原上陣亡的德塞和在開羅被阿拉伯人刺殺的法軍留守司令克萊貝爾是在同一天，即1800年6月14日遇難的）。如果說和維也納還沒有能簽訂和平協定，這可以說是談判的開端，並使得勝的拿破崙能在6月17日離開義大利，凱旋巴黎。拿破崙一回到法國首都便命令他在內政部的弟弟呂西安安排“6名最好的藝術家”為利沃裡戰役、莫埃克絮（Moekirsch）戰役、塔博山戰役、金字塔戰役、阿布基爾灣戰役和馬倫哥戰役作畫（這些畫，他自己大多數都沒有看到）。

1800年12月3日，莫羅將軍的萊茵軍在霍亨林登戰役中大獲全勝，最終迫使奧地利國王承認戰敗並於1801年2月9日和法國締結了呂內維爾和約。呂內維爾和約的確是法國的一大勝利，它確認了坎波福米奧和約的條件（割讓北部義大利、萊茵河左岸和比利時給法國）。奧地利承認法國庇護下的黑爾維謝（瑞士）、巴達維亞（荷蘭）、利古里亞（熱那亞）等共和國。在萊茵河左岸法蘭西的國旗取代了哈布斯堡的旗幟，拿破崙結束了統治歐洲已有數千年的神聖羅馬帝國⑧，有效地開始了歐洲的新紀元——僅在一年之後就形成了由法國控制的萊茵同盟國。

由於取得了這些令世人矚目的外交上和軍事上的成功，加上絕大多數法國人民希望和平，拿破崙決定和法國剩下來的惟一敵對國英國簽訂和平條約。但是，和英國的條約直到埃及問題解決之後才得以落實。

1799年8月23日，拿破崙拋棄了他在埃及的東方軍回到法國之後，在埃及的法國士兵計程車氣一落千丈，結果在1800年1月28日，德塞將軍不得不在奧阿里什投降了英國分遣艦隊司令西德尼·史密斯。史密斯給法軍提出了相當寬大的條件，允許法國軍隊保留武裝返回法國，但卻遭到英軍地中海艦隊司令基思勳爵的拒絕——他提出法軍必須無條件投降，這次又遭到德塞的回絕——於是狼煙又起。3月21日，克萊貝爾將軍以他率領的10；000人和土耳其的75；000人在赫里奧波利斯的戰役取得了決定性的勝利。

但是，早已對埃及失去興趣的拿破崙對埃及的未來已經不抱任何希望了，他先後將4名留守埃及的最好的將軍（包括德塞）召回了法國，埃及軍只剩下克萊貝爾和梅努指揮。土耳其軍乘勢大舉進攻，1801年3月21日，土耳其軍佔領阿布基爾。6月14日，克萊貝爾遇刺，13天后，開羅被土耳其軍佔領。9月2日，梅努將軍率領他所指揮的11；000人投降了英國人。拿破崙的埃及慘敗到此結束。

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甚至在得知克萊貝爾被刺和梅努投降的訊息之前，拿破崙就意識到他的這支自1798年在埃及初次登陸以來就沒有得到過任何增援，而現在將軍死的死，回歐洲的回歐洲——東方軍的全軍覆沒是在所難免的了。

“這次難忘的遠征的結果是什麼呢？”佈列納回首往事，“是我們最好的一支軍隊的毀滅，是失去了我們最驍勇的將軍，是我們的海軍遭到滅頂之災，是我們失去了馬耳他，是英國人徹底控制了地中海。今天在那裡還剩下什麼呢？科學院嗎？”

1801年3月21日，法國在阿蘭胡埃斯條約上簽字，確認了聖埃爾德楓索（San　Ildefonso）條約的條款，使西班牙和法國抱得更緊了。1801年9月9日在馬德里簽訂的另外一個條約使法國軍隊獲得了越過西班牙領土前去攻打葡萄牙的特權。1801年3月，那不勒斯國王和西班牙王室一樣，也在法國的威脅之下屈服，同意將他們的港口對英國海軍關閉，並將一個名為厄爾巴的島嶼割讓給法國。當年早些時候，拿破崙得知丹麥海軍在1801年4月2日的哥本哈根的戰役中覆沒，納爾遜和海德·帕克結束了他們的“武裝中立”的立場。馬耳他當然也落入了仍在處處高奏凱歌的英國人之手。1801年4月12日，壞訊息傳到了巴黎，法蘭西的同盟沙皇保羅一世去世。拿破崙立即搶佔了波羅的海、地中海和加勒比海（勒克萊爾遠征聖多明戈遭到失敗）。

當拿破崙在義大利進行馬倫哥戰役的時候，塔列朗在1801年6月6日簽訂了法葡條約，該條約是由呂西安·波拿巴草簽的，在10月19日進行了修訂、批准和交換。該條約不僅將大片南非的葡屬新幾內亞給了法國，而且大大地抑制了依靠英國支援的葡萄牙海軍力量。法國在義大利的