堡皇室的權勢，在馬西米連一世統治期間（1493年…1519年），透過皇室聯姻，得以進一步增強。馬西米連本人，於1477年8月18日迎娶勃艮地公爵獨女瑪利。這段姻緣，將屬於勃艮第公國的，自法國南部至荷蘭的領地統統併入哈布斯堡皇室領地。馬西米連的兒子英俊王菲利浦，於1496年，迎娶西班牙女王儲胡安娜mad），開創了西班牙哈布斯堡王朝。不過，菲利浦將母親勃艮地公爵的領地也贈與西班牙王室，種下了西班牙王位繼承戰爭的導火線。馬西米連的孫子，日後的神聖羅馬皇帝費迪南一世於1521年5月25日迎娶了波希米亞郡主安妮（anne次年，費迪南的妹妹瑪利亞郡主嫁與匈牙利兼波希米亞國王路易二世，這兩段婚姻為日後奧地利吞併波希米亞和奧匈合組二元帝國埋下伏線。馬西米連的兒女，多與外國王族通婚，哈布斯堡王朝在歐洲的影響，大大增強。查理五世稱霸歐洲馬西米連精心安排的政治婚姻，使他的孫子查理五世成為歐洲的霸主。1506年，查理的父親英俊王菲利浦英年早逝，查理便繼承了勃艮地公爵一職，成為了西屬尼德蘭（今日的荷蘭和比利時）的首位統治者。1516年，查理的外祖父，西班牙國王費迪南二世病逝，查理因此成為了西班牙國王卡洛斯一世。自此，西班牙全國、義大利南部的西西里島、撒丁島、那不勒斯王國以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治領域。1519年，查理的祖父，神聖羅馬皇帝馬西米連一世病逝，查理繼承帝位成為查理五世，並承繼了家族對奧地利和阿爾薩斯的管治。此時，查理五世成了統治最多領土的歐洲君主，不過仍然不斷出征，如對付基督新教徒以及奧斯曼帝國的入侵。因此，查理五世所統治國家的內政，多由他的代理人處理，在西班牙的代理人是他的兒子菲利浦王子，而在奧地利的是他的弟弟費迪南大公。雖然，哈布斯堡皇朝的領地面積已冠全歐，但皇朝為擴張而進行的征戰一直繼續。重奪匈牙利波希米亞1526年8月29日，匈牙利兼波西米亞國王路易二世與奧斯曼土耳其蘇丹〃奇蹟王〃蘇萊曼一世，在匈牙利首都布達佩斯附近的摩哈赤激戰，史稱第一次摩哈赤戰役。土耳其軍戰勝匈牙利軍，路易不幸戰死沙場。但奧斯曼帝國並無長期佔領匈牙利，反而在9月時撤軍。此時，神聖羅馬皇帝查理五世的弟弟，奧地利大公費迪南以路易的姐夫身分繼承匈牙利和波西米亞國王。雖然在匈牙利出現了爭位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亞和摩拉維亞一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亞（今日波蘭南部）也暫時成為哈布斯堡皇朝的領地。王朝分家1556年，查理五世自覺年老，因此決定將西班牙王位和奧地利大公分別讓與他的兩位代理人，並讓他們各自的子孫世襲他們自己的王位，不得互傳。自此，哈布斯堡王朝正式分為奧地利分支和西班牙分支，查理五世時期一人統領王朝領地的局面也不再出現。奧地利哈布斯堡皇朝1556年，查理五世將奧地利大公之位讓與其弟匈牙利及波希米亞國王斐迪南一世，並立斐迪南為神聖羅馬帝位的繼承人。但根據查理的遺囑，斐迪南及其子裔喪失了繼承為西班牙國王的權利。此舉使斐迪南成為了奧地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奧地利哈布斯堡皇朝統治奧地利，匈牙利及波希米亞直至1740年，歷10代君主，這二百多年亦是歐洲歷史上戰爭最多的時期。西班牙哈布斯堡王朝1504年卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉病逝。由於，她與阿拉貢國王斐迪南二世所生的兒子都不幸夭折，在伊莎貝拉身故以後，女王儲胡安娜繼承卡斯蒂利亞王位。神聖羅馬皇帝馬西米連一世的兒子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父費迪南一起監國。1516年，費迪南病逝後，胡安娜和菲利浦的兒子，西班牙兼奧地利王子查理（西班牙文名：卡洛斯）繼承西班牙（卡斯蒂利亞和阿拉貢）王位，是為卡洛斯一世其後於1556年將西班牙王位讓與其子菲利浦二世，並廢除了菲利浦及其後裔繼承奧地利爵位的權利，正式揭開了西班牙哈布斯。

1700年，西班牙國王卡洛斯二世的去世，結束了哈布斯堡家族對西班牙歷5代的統治。他把王位傳給了他的外甥，法王路易十四的孫子安茹公爵菲利普。他們的奧地利表親不惜發動西班牙王位繼承戰爭，以搶回王位，但最後只令西班牙波旁王朝將部分哈布斯堡領地歸還奧地利，以換取奧地利對波旁王室對西班牙王位繼承權的承認。哈布斯堡…洛林皇朝1740年10月20日，神聖羅馬帝國皇帝卡爾六世去世。卡爾和他的兄長都沒有男性後裔，因此他的長女瑪麗亞·特里薩繼承了他奧