中恰招集苗兵，襲破軍營。都司王之翰全隊皆覆。各路兵將，倉卒遁還。繼光遭此一挫，職位自然不固，當下奉旨奪官，改任譚繼恩為四川巡撫，且調兵部侍郎邢玠，總督貴州。玠檄重慶太守王士琦，前往宣諭，令應龍束身歸罪。應龍囚服郊迎，委罪部下黃元、阿羔、阿苗等十二人，一體縛獻；並願輸款四萬金，先出次子可棟為質，金到回贖。士琦乃還，黃元等梟首市曹。可棟羈留重慶，事不湊巧，竟生起病來，臥床數日，遂至畢命。應龍不勝痛憤，領取屍棺，索性將四萬認款，盡行抵賴。一子值四萬金，似乎太貴。士琦催繳贖款，應龍復語道：“我子尚得復活否？若我子復活，當如數輸金。”嗣是糾合諸苗，據險自守，焚劫草塘、餘慶二司，及興隆、都勻諸衛，進圍黃平、重安，戕官吏，戮軍民，姦淫擄掠，無所不為。適貴州巡撫一缺，改任江東之，東之令都司楊國柱，指揮李廷棟，率部兵三千，往剿應龍。到了飛練堡，應龍子朝棟，及弟兆龍等，率眾來爭。戰不數合，紛紛倒退。國柱等追至天邦囤，陷入絕地，被朝棟、兆龍等，兩翼包抄，左右猛擊，三千人不值一掃，霎時間殺得精光。國柱、廷棟等統行戰歿。江東之被譴奪職，代以郭子章。又特簡前四川巡按李化龍為兵部侍郎，總督川、湖、貴州三省軍務。檄東征諸將劉綎、麻貴、陳璘、董一元，悉赴軍前。

應龍聞大兵將至，先糾眾八萬，入犯綦江。綦江城中，守兵不滿三千，哪裡敵得住叛眾？應龍督眾圍攻，繞城數匝，遍豎雲梯，南僕北登，西墜東上，參將房嘉寵自殺妻孥，與遊擊張良賢，捨命防堵，終因眾寡不敵，巷戰身亡。應龍劫庫犒師，屠城示威，投屍蔽江而下，流水盡赤。既而退屯三溪，更結九股生苗，及黑腳苗等，倚為臂助。李化龍馳至重慶，偵得應龍五道並出，已攻破龍泉司，乃大集諸路兵馬，登壇誓師，分八路而進。共計川師四路，總兵劉綎，由綦江入，馬孔英由南川入，吳廣由合江入，副將曹希彬受廣節制，由永寧入。黔師三路，總兵董元鎮，出發烏江，參將朱鶴齡，受元鎮節制，統宣慰使安疆臣，出發沙溪，總兵李應祥，出發興隆。楚師一路，分作兩翼，由總兵陳璘統轄，陳良玭為副。陳璘由偏橋進攻，良玭由龍泉進攻，每路兵約三萬，十成之三為官兵，十成之七為土司。化龍自將中軍，分頭策應。又檄貴州巡撫郭子章屯駐貴陽，湖廣巡撫支可大，移節沅州，扼守要區，防賊四逸。部署既定，劉綎師出綦江，進攻三峒，三峒皆峻嶺茂箐，夙稱奇險，賊首穆炤等踞險自固，被劉綎手執大刀，斬關直入，依次破滅。應龍素聞劉綎威名，囑子朝棟簡選苗兵，從間道出擊，巧與綎軍相遇，綎怒馬躍出，首先陷陣，一柄亮晃晃的大刀，盤旋飛舞，苗兵不是被砍，就是被傷，大眾抵擋不住，相顧驚走道：“劉大刀到了！劉大刀到了！”朝棟尚不知厲害，執戈來戰，由劉綎大叱一聲，已嚇得腳忙手亂，說時遲，那時快，刀起戈迎，砉的一聲，火光亂迸，朝棟手中的戈頭，已被斫缺，慌忙擲去了戈，赤手逃命。綎大殺一陣，苗眾多斃，乘勝拔桑木關、烏江關、河渡關，奪天邦諸囤，殺入婁山關，駐軍白石。應龍情急萬分，決率諸苗死戰，潛令悍將楊珠，抄出後山，襲綎背後。都司王芬戰死，綎大呼突陣，擊退應龍，另遣遊擊周敦吉，守備周以德，殺退楊珠，追奔至養馬城。巧值馬孔英自南州殺到，曹希彬自永寧攻入，會師並進，大破海雲囤，直逼海龍囤。海龍囤為賊巢穴，高可矗天，飛鳥騰猿，不能逾越。三道雄師，壓囤為營，急切未能下手。已而陳璘破青蛇囤；安疆臣奪落濛關，吳廣從崖門關搗入，營水牛塘，連戰敗敵，截住賊巢樵汲諸路，於是應龍大窘，與子朝棟相抱大哭，一面上囤死守，一面遣使詐降。總督李化龍，斬使焚書，飭諸道兵速集囤下，限日破巢。當下八路大兵，一時並至，築起長圍，更番迭攻。敘得燁燁有光。會化龍聞父喪，疏乞守制，詔令墨絰從事。化龍歠粥草檄，督戰益急，且授計馬孔英，令從囤後併力攻入。應龍所恃，以楊珠為最，珠恃勇出戰，為炮擊斃，賊眾益懼。適天大霖雨，數日不晴，將士往來泥淖，猛撲險囤，甚以為苦。一日，天忽開霽，劉綎奮勇躍上，攻克土城，應龍散金懸賞，募死士拒戰，無一應命，乃提刀巡壘，俄見火光燭天，官軍四面登囤，遂退語家屬道：“我不能再顧汝輩了。”遂挈愛妾二人，闔室自經。大兵入囤搜剿，獲應龍屍，生擒朝棟、兆龍等百餘人，並應龍妾田雌鳳。為渠啟釁，渠何不速死？總督化龍，露布奏聞，詔磔應龍屍，戮朝棟、兆龍等於市，分播地為遵義、平越二府。遵義屬蜀，平越屬黔。劉大刀敘功稱最，奏凱還師。播州事了。

外事稍稍平靜，