，國珍氣沮。及左丞帖裡帖木兒招諭國珍，基言方氏兄弟首亂，不誅無以懲後。國珍懼，厚賂基。基不受。國珍乃使人浮海至京，賄用事者。遂詔撫國珍，授以官，而責基擅威福，羈管紹興，方氏遂愈橫。亡何，山寇蜂起，行省復辟基剿捕，與行院判石抹宜孫守處州。經略使李國鳳上其功，執政以方氏故抑之，授總管府判，不與兵事。基遂棄官還青田，著《郁離子》以見志。時避方氏者爭依基，基稍為部署，寇不敢犯。

及太祖下金華，定括蒼，聞基及宋濂等名，以幣聘。基未應，總制孫炎再致書固邀之，基始出。既至，陳時務十八策。太祖大喜，築禮賢館以處基等，寵禮甚至。初，太祖以韓林兒稱宋後，遙奉之。歲首，中書省設御座行禮，基獨不拜，曰：“牧豎耳，奉之何為！”因見太祖，陳天命所在。太祖問徵取計，基曰：“士誠自守虜，不足慮。友諒劫主脅下，名號不正，地據上流，其心無日忘我，宜先圖之。陳氏滅，張氏勢孤，一舉可定。然後北向中原，王業可成也。”太祖大悅曰：“先生有至計，勿惜盡言。”會陳友諒陷太平，謀東下，勢張甚，諸將或議降，或議奔據鐘山，基張目不言。太祖召入內，基奮曰：“主降及奔者，可斬也。”太祖曰：“先生計安出？”基曰：“賊驕矣，待其深入，伏兵邀取之，易耳。天道後舉者勝，取威制敵以成王業，在此舉矣。”太祖用其策，誘友諒至，大破之，以克敵賞賞基。基辭。友諒兵復陷安慶，太祖欲自將討之，以問基。基力贊，遂出師攻安慶。自旦及暮不下，基請逕趨江州，搗友諒巢穴，遂悉軍西上。友諒出不意，帥妻子奔武昌，江州降。其龍興守將胡美遣子通款，請勿散其部曲。太祖有難色。基從後蹋胡床。太祖悟，許之。美降，江西諸郡皆下。

基喪母，值兵事未敢言，至是請還葬。會苗軍反，殺金、處守將胡大海、耿再成等，浙東搖動。基至衢，為守將夏毅諭安諸屬邑，復與平章邵榮等謀復處州，亂遂定。國珍素畏基，致書唁。基答書，宣示太祖威德，國珍遂入貢。太祖數以書即家訪軍國事，基條答悉中機宜。尋赴京，太祖方親援安豐。基曰：“漢、吳伺隙，未可動也。”不聽。友諒聞之，乘間圍洪都。太祖曰：“不聽君言，幾失計。”遂自將救洪都，與友諒大戰鄱陽蝴，一日數十接。太祖坐胡床督戰，基侍側，忽躍起大呼，趣太祖更舟。太祖倉卒徙別舸，坐未定，飛礮擊舊所御舟立碎。友諒乘高見之，大喜。而太祖舟更進，漢軍皆失色。時湖中相持，三日未決，基請移軍湖口扼之，以金木相犯日決勝，友諒走死。其後太祖取士誠，北伐中原，遂成帝業，略如基謀。

吳元年以基為太史令，上《戊申大統歷》。熒惑守心，請下詔罪己。大旱，請決滯獄。即命基平反，雨隨注。因請立法定製，以止濫殺。太祖方欲刑人，基請其故，太祖語之以夢。基曰：“此得土得眾之象，宜停刑以待。”後三日，海寧降。太祖喜，悉以囚付基縱之。尋拜御史中丞兼太史令。

太祖即皇帝位，基奏立軍衛法，初定處州稅糧，視宋制畝加五合，惟青田命毋加，曰：“令伯溫鄉里世世為美談也。”帝幸汴梁，基與左丞相善長居守。基謂宋、元寬縱失天下，今宜肅紀綱。令御史糾劾無所避，宿衛宦侍有過者，皆啟皇太子置之法，人憚其嚴。中書省都事李彬坐貪縱抵罪，善長素�匿之，請緩其獄。基不聽，馳奏。報可。方祈雨，即斬之。由是與善長忤。帝歸，愬基僇人壇壝下，不敬。諸怨基者亦交譖之。會以旱求言，基奏：“士卒物故者，其妻悉處別營，凡數萬人，陰氣鬱結。工匠死，胔骸暴露，吳將吏降者皆編軍戶，足乾和氣。”帝納其言，旬日仍不雨，帝怒。會基有妻喪，遂請告歸。時帝方營中都，又銳意滅擴廓。基瀕行，奏曰：“鳳陽雖帝鄉，非建都地。王保保未可輕也。”已而定西失利，擴廓竟走沙漠，迄為邊患。其冬，帝手詔敘基勳伐，召赴京，賜賚甚厚，追贈基祖、父皆永嘉郡公。累欲進基爵，基固辭不受。

初，太祖以事責丞相李善長，基言：“善長勳舊，能調和諸將。”太祖曰：“是數欲害君，君乃為之地耶？吾行相君矣。”基頓首曰：“是如易柱，須得大木。若束小木為之，且立覆。”及善長罷，帝欲相楊憲。憲素善基，基力言不可，曰：“憲有相才無相器。夫宰相者，持心如水，以義理為權衡，而己無與者也，憲則不然。”帝問汪廣洋，曰：“此褊淺殆甚於憲。”又問胡惟庸，曰：“譬之駕，懼其僨轅也。”帝曰：“吾之相，誠無逾先生。”基曰：“臣疾惡太甚，又不耐繁劇，為之且孤上恩。天下何患無才，惟明主悉心求之，目前諸人誠未見其可也。”後憲、廣洋、惟庸皆敗