（岑毓英也頭部中槍）狼狽逃回楚雄。

一舉擊潰了清軍岑毓英部的進攻之後，杜文秀領導滇西回民叛軍乘勝向外發展，南面達於鎮沅，北面達於維西。至1866年初回民叛軍控制了滇西二十三座城市，對朝廷在雲南的統治造成極大的威脅。

於是，雲貴總督勞崇光認為，“當以征剿迤西為急”，當年3月他便親自到達昆明，積極部署雲南清軍對大理的進攻。

經過將近一年的準備，署雲南提督馬如龍率領兵練八千九百餘人，於1867年2月由昆明出發，並指揮督標中軍副將楊振鵬、楚雄協副將李維述、參將楊先芝、遊擊合國安、昭通鎮總兵楊盛宗、騰越鎮總兵田仲興、普洱鎮總兵李錦文等部清軍和地方團練，分數路向滇西進攻。

可惜清軍雖然兵力不少但士氣低落，特別是其中的回民將領和士兵，大都不願同滇西回民叛軍打仗，加之遭到回民叛軍的頑強抵抗，兵疲糧缺進展緩慢。

回民叛軍除在各地堅守外，杜文秀又派出部隊襲擊清軍的後路。清軍驚慌失措，李維述敗於鎮南，楊振鵬潰於賓川，楊先芝、合國安潰於姚州，楚雄、大姚兩地的清軍先後告急。

楊盛宗、田仲興等也因糧餉不繼，分別從永北、蒙化、威遠等地敗退。馬如龍見敗局已定，遂託病由定遠撤軍逃回省城。杜文秀部回民叛軍佔領定遠、大姚之後進而包圍了楚雄。

馬如龍進攻滇西及其失敗，是一個重要的事件，它對杜文秀的影響極大。在此之前，杜文秀雖然拒絕了官府的誘降，但對馬德新、馬如龍等的叛徒嘴臉缺乏應有的認識，由於民族和宗教等方面的原因，與他們撕不破臉皮，反而與之達成暗中協議，以楚雄、鎮南東西分界，“各守疆界，各行其是”，“不相侵犯，仍通互市”。

為恪守協議，杜文秀主張首先鞏固滇西，必要時向川、黔發展，以避免與馬德新、馬如龍發生衝突。儘管由於太平天國起事失敗，雲貴總督勞崇光力主“進剿”，清軍對大理政權的威脅越來越大，杜文秀仍然不準備向東發展。

迨至馬如龍進攻滇西首先毀約，杜文秀才感到如果仍遵前約，無異於作繭自縛，加上這時朝廷在雲南的力量比較薄弱，新任雲南巡撫劉嶽昭所率湘軍尚在貴州，布政使岑毓英率所部清軍赴貴州鎮壓豬拱箐、海馬姑苗民起事未歸，僅馬如龍率一萬五千殘兵敗將龜縮省城。

因此，杜文秀提議趁機東征昆明，併為絕大多數叛軍將領所接受。

為大舉東征，杜文秀髮布了《帥府佈告》、《誓師文》、《興師檄文》等公告。

在《誓師文》中說：“此次出師，本為興漢，戒勿濫殺。如臨其境，如遇其民，各當發明宗旨。但得漢回一心，以雪國恥，是為至要。”“戰勝攻取之際，毋肆擄掠，毋貪財貨，毋凌婦女。遇官吏頑梗不服者，殺之。良善被挾者，撫之。諸惡元兇，法所必誅，嚴加懲辦，理宜不赦。”

同時，回民叛軍傳檄全省：“滇南一省，回漢夷三教雜處，已千百年矣。出入相友，守望相助，何嘗有畛域之分？慨自滿清僭位以來，虐我人民二百年餘＇於］茲矣。”可惡，妖官“置蒼生亦＇於］不問，棄黎庶其如遺。甚至漢強則助漢以殺惡，回，回強則助回以殺漢，民不聊生，人心思亂。”

“本帥目擊時艱，念關民寞＇瘼］，不忍無辜之回為漢所殺，更不忍無辜之漢被回所，傷。爰舉義師，以清妖孽。志在救劫救民，心存安回安漢。”

這些文告，控訴和揭露了朝廷肆意製造各民族百姓之間的矛盾，挑起民族仇殺的罪行，進一步闡明瞭以反清為主要目標的立場，提出了團結回漢各族百姓共同進行鬥爭的方針政策，同時對叛軍規定了嚴格的群眾紀律。這就從政治上打擊了朝廷，動員和爭取了各族百姓積極參加東征昆明的戰爭。

打敗了馬如龍對滇西的進攻並進行必要準備後，杜文秀調集大理、楚雄、麗江、永昌、順寧、永北、蒙化等地回民叛軍十萬餘人（一說二十餘萬），由十八大司統率，分兵四路，向雲南省城昆明發起大規模的進攻。

北路由大司衡楊榮、大司閫馬旭、大司勳米映山率領，從定遠出發，佔領琅黑等鹽井、羅次、武定、富民後，進攻昆明城北；西路由大司政劉誠、大司令馬清、大司藩安長興、大司隸劉綱率領，在佔領祿豐、易門、安寧、碧雞關後，進攻昆明城西；東路由楊威大都督蔡廷棟、大司平馬興堂、大司寇李芳園等率領，從大姚出發，攻佔元謀、祿勸、柯渡、楊林等地後，攻昆明城東；南路由大司戎馬國春等率領，在佔領楚雄、南安、廣通等地後