628年正月），改年號崇禎。戮魏忠賢及其黨崔呈秀。此後將閹黨二百六十餘人或處死、或發配、或終身禁錮。與此同時，*冤獄，重新啟用天啟年間被罷黜的官員。7月，親召袁崇煥於平臺。起用袁崇煥為兵部尚書，賜予尚方寶劍，託付他收復全遼的重任。　8月，定製，每日在文華殿與輔臣共同處理朝政。10月，皇太極攻打林丹汗，開始征服漠南蒙古。西北大饑荒，李自成亂起。

大運戊子流年戊辰，子辰半合水局滋生乙木曲直仁壽格局吉利，勤政肅奸，重整朝綱，重新重用袁崇煥，一片永珍更新之象，由此可見朱由檢“中興”之志。然而天道自有規律，戊辰流年戊土得到強根，聯合大運戊土、時柱己土日主未土，一下子土的力量加強了，進而生扶透乾的庚辛金，皇太極的後金征服蒙古；西北乾旱大饑荒，（土旺制水，木旺洩水，子辰半水局克洩交加，陝甘為奇門後天八卦乾宮戌位，辰戌相沖，乾旱大饑荒理論上自然成立）李自成起事，庚辛金各自代表著一股敵我者官殺的反大明天下的政治力量在朱由檢崇禎元年凸顯出來，今後朱由檢將在大明國版圖上奇門後天八卦的乾宮（開門）位及艮宮（生門）位兩塊戰場上忙於應付。

流年己巳1629年正月，定逆案，自崔呈秀以下凡六等。2月，長子朱慈烺生。3月，薊州兵變。5月，議改曆法。6月，袁崇煥殺毛文龍於雙島。久旱，朱由檢齋居文華殿，敕群臣修省。11月，清兵入遵化。11月，京師*，清兵進攻德勝門。12月，逮捕袁崇煥於平臺。總兵官祖大壽兵敗，東出關。

己巳流年，戊己土得地支巳火生扶，土的旺度較戊辰流年更烈，地支巳火為金之長生之地，庚辛金的力量更進一步。男命以官殺為子女，而今官殺庚辛金承旺，長子朱慈烺生。

三月，薊州兵變。

崇禎二年（1629年）十月，發生“己巳之變”，皇太極率數萬清兵繞道蒙古，以避開忠於明朝的山海關總兵趙率教的防區。10月27日突破大安口，至11月初連陷遵化、三屯營，巡撫王元雅、總兵朱彥國自盡。京師震動而*，同時詔令各路兵馬勤王關。薊遼督師袁崇煥對後金此舉，已有所料。為此，袁崇煥曾正式向崇禎皇帝上疏，說：“若順天等處，則聽督撫為政，臣不敢越俎而議者也。”（崇禎二年五月十六日到吏部事兵部呈於兵科抄出之《欽命出鎮行邊督師薊遼等處兵部尚書臣袁崇煥謹題為乞汰冗官以紓國用等事》）說得很清楚，薊門比較薄弱，應當設重兵把守。不僅如此，袁崇煥又上了一道奏疏，說：“惟薊門陵京肩背，而兵力不加。萬一夷為嚮導，通奴入犯，禍有不可知者。”因為寧錦防線堅固，皇太極打不破，就會以蒙古為嚮導，突破長城，來威脅北京。

“九月己丑，袁崇煥以清兵欲西，先請駐寧遠增戍關門，至是遣參將謝尚政等往備。順天巡撫都御史王元雅曰：此虗警耳。遣其眾歸，師果不出。”（《崇禎實錄》卷二）

“崇煥隨奏：『臣守寧遠，寇被臣創，決不敢侵犯臣界。只有遵化一路守戍單弱，宜於彼處設一團練總兵』。遂以王威為請。兵部以王威新奉部劾，不肯即予，留難移時。”（石匱書後集）

蓋崇煥自任復遼，殫精拮据；甫及期年，錦寧一帶，壁壘改觀。正擬器械馬匹，稍有頭緒，決計渡河，惟慮薊門單弱，請宿重兵。已特疏言之，再疏催之。（白冤疏）

但是，袁崇煥的兩次上疏，都沒有引起崇禎皇帝的足夠重視，派出的援軍也被遣回。不幸的後果被袁崇煥言中了。

己巳流年已無水局，久旱無雨。

崇禎二年（1629）十月下旬，後金軍隊10萬到達遵化城下，距京師不過二三百里。十一月初一日，京師*。袁崇煥的反應是立即命山海關總兵趙率教增援，然後自己也於十一月初五日率兵入關。按照當時總督京城防衛的大學士孫承宗的意見，明軍應當拒敵於順義、薊州、三河一線，而不應退守通州、昌平。但是，袁崇煥先是沒有設法阻截後金軍隊，接著又退守京城。十一月十六日，袁崇煥的大軍到達京師廣渠門外。這樣，袁崇煥此舉無異於縱敵深入，而京城內外的官民因此更受騷擾。一時間，謠言四起，說袁崇煥與後金有密約在先，是故意引後金軍隊入關的。這也是後來袁崇煥被處死時遺體被民眾&quot；搶食&quot；的原因。皇太極及其謀臣范文程策動了除去袁崇煥的反間計，也許正是受當時謠言的啟發。思宗對於袁崇煥的容忍與信任，伴隨著宦官楊某的入告，肯定也蕩然無存了。十一月二十日，滿桂在德勝門，袁崇煥在廣渠門，同時與後金軍隊開戰。