倫港的炮臺，他開始意識到：面對強大的英國海軍沒有一支強大的海軍護衛艦隊是不能貿然渡海作戰的。

拿破崙極不情願地意識到了這個問題——雖然他可以派出艦隊對蘇格蘭和愛爾蘭進行攻擊，以便將英國海軍上將威廉·康沃利斯的艦隊從佈雷斯特和海峽引誘開來；但即使如此，他仍然面對著海軍大臣基思駐守家門的肯特艦隊。1803年到1804年間當拿破崙逐漸領會到這些問題時，康沃利斯在佈雷斯特以外海域成功地攔截了整個法國大西洋艦隊。有21艘戰艦的佈雷斯特艦隊司令弗朗索瓦·特律古海軍中將以及其繼承人海軍少將岡託姆似乎完全無法從佈雷斯特港突圍，只有少數人逃離。法國海軍缺乏足夠的戰船和康沃利斯抗衡。雖然海軍上將德克里斯在海軍部積極設法，但他和拿破崙都陷入英國艦隊的威脅之中。

法國海軍上將布律克斯儘管才剛剛40多歲，健康狀況卻開始惡化，並在1805年壯志未酬而逝。另一個有能力的海軍將領拉圖什·特雷維爾，土倫地中海艦隊的司令，也於1804年艦隊出海作戰前生病去世。另一名重要的海軍將領，海軍中將特律古在佈雷斯特掌管著法國最強大的艦隊，卻由於政治上的原因在1804年夏天被革職，原因是他力圖勸阻拿破崙取消稱帝的計劃。這樣一來，在不到9個月的時間裡，法國就喪失了3個高階海軍將領，而且都是無人可取代的。

勇氣遠不及布律克斯的海軍少將拉克羅斯在1805年3月接替布律克斯在布倫坐鎮指揮。拿破崙最喜歡的水手、溜鬚拍馬的岡託姆則在佈雷斯特取代特律古，結果是成事不足敗事有餘。42歲的維爾納夫被提升為中將，在土倫港接替指揮。這個維爾納夫在阿布基爾灣的戰役中曾經不開一炮就棄布呂埃斯中將而逃，後來被證明是個最無能、最無恥的指揮官。可以說他是法國海軍歷史上的一個恥辱。

簡單說來，從1803年到1805年，經過耗費大量人力財力的整整兩年時間的備戰，拿破崙對渡海對英作戰“以雪6個世紀的恥辱”仍然絲毫沒有成功的把握。沒有任何高階海軍將領或陸軍軍官支援他的計劃。“如果你沒有70％的成功把握，戰役就不該打。”拿破崙多年後自己也承認道，但他又說，“然而，即使在顯然沒有取勝機會的情況下，也要敢於鋌而走險，因為戰爭的性質決定了戰爭的勝負是從來不可預測的。但是，一旦決定要打，就要打到底，不成功便成仁。”即使拿破崙成功地將一些部隊在肯特和泰晤士灣登陸，但距離攻擊倫敦還有相當的路程，一定會遭到英國人的頑強抵抗。拿破崙傾全國的財力和資源、掏空法國國庫的對英作戰計劃備受挫折，他要成為征服者威廉二世的雄圖大略勢必難以得逞。

拿破崙制定海軍方略的方式讓人不敢恭維。他的目的是要入侵英國。他知道要達到這個目的就必須建造軍港、海岸炮臺、全新的艦隊和遠征軍，但是，他在將領的選擇和其他方面的所作所為，卻常常和他的目的背道而馳。他制訂的戰略也被證明是有缺陷的。他的計劃一變再變，總共變動了9次，可以說是達到了朝令夕改的程度，這使得軍中最有才能的將領也感到莫衷一是。

同時，英國政府早在1803年就對法國可能的入侵嚴加防範了。具有諷刺意味的是，那時拿破崙的新艦隊還根本沒有組建，海岸的基地也還沒有著落。的確，儘管拿破崙發誓要建立強大的國家艦隊，但直到次年，即1804年7月2日，他和海軍上將德克里斯才向高階將領秘密宣佈了他的第一套入侵計劃。

除了第一個計劃之外，其後的計劃都是要求法國具有龐大的海上力量能從歐洲駛往愛爾蘭或加勒比海，將部隊在法國殖民地登陸以便進攻附近由英國佔領的島嶼並控制英國人的海上貿易通道。其目的是聲東擊西，將大部分的英國海軍力量從法國海岸和英吉利海峽引開。但是，法國的主力艦隊卻被康沃利斯強大的艦隊困在佈雷斯特無法動彈，英國海軍大臣基思也絕不會放棄英國水域，他們的首要目標仍然是保衛“家園”。海軍上將德克里斯最大的疏忽就是沒有把這一點向拿破崙解釋清楚。加勒比海是英國進行白糖、香料、靛青商貿的黃金水道，英國商人和倫敦對於拿破崙進攻加勒比海極其關注。但他們仍將保衛英國海岸視為首要的目標。由小型英國艦隊在安的列斯保護自己的遠洋商船隊。更加有利可圖的黃金航道是從印度和遠東經過好望角沿非洲西海岸到英吉利海峽，直抵泰晤士河。如果這條有著成千上萬艘英國商船的航道遭到法國人的攻擊，倫敦就會破產。經過反覆分析，倫敦下達了海軍戰略，重點仍放在英吉利海峽的防禦，強