拿破崙對杜邦的失敗大為震怒，他曾經嚴令禁止搶掠。“杜邦的所作所為真是令我失望，他本是我的愛將，很可能成為我的下一個元帥……他如果能手持武器戰死沙場該多好啊，至少可以死得光榮！”拿破崙表示要將杜邦送交軍事法庭受審。對於約瑟夫的棄位逃跑，拿破崙深感無奈。在埃及遠征中曾經失算的一代軍事天才——後來又對英國劍拔弩張，在特拉法加海戰遭到慘敗，而後又用武力佔領了葡萄牙、荷蘭、瑞士、義大利、39個萊茵同盟國、普魯士、奧地利以及華沙大公國的拿破崙——現在又在做出另一個毀滅性的錯誤決定。在他的內心深處，他深知這一點，可是他仍然執迷不悔。這個決定將使30多萬法國人在伊比利亞半島送命，更不要提西班牙和葡萄牙的死亡人數以及殃及池魚的無辜平民的傷亡。

“在這種戰場上，退卻是絕對沒有任何好處的。在一般的戰爭中退卻也是極其危險的，而在對付一個民族的起義時，更是絲毫不能退卻。”拿破崙在6月中旬曾這樣告誡貝西埃爾元帥，可是現在他自己也要退卻了。的確，此時的伊比利亞決策中的一切謀算都帶有退卻的色彩。本來拿破崙沒有料到在西班牙會遇到任何反抗，可是不料除了全國的平民起義外，他還要面對10萬之眾的整個西班牙皇家軍隊的抵抗。紅衣主教公開譴責拿破崙，已經代表了西班牙全民的心聲。

7月22日，法軍在拜蘭投降西班牙後，兩天前才進入馬德里的約瑟夫就逃亡北方。同時，貝西埃爾全力維持馬德里和巴榮納之間的補給線。佔領西班牙從一開始就是一場噩夢，是埃及遠征的重演：法軍處處陷入困境，不同的是，西班牙人口眾多、武裝精良、抵抗入侵的決心更強。拿破崙在埃及遇到的不過是幾支敵對的軍隊，而在西班牙處處都有抵抗軍，而且都盤踞著堅固的古城堡和要塞。在埃及，法軍圍攻的只是一個阿克城，在這裡要圍攻幾個城市。如果說在埃及的克萊貝爾和德塞還取得過一些勝利的話，那麼，蒙塞和杜邦在西班牙則一無所獲——前者奉命攻打巴倫西亞，大敗而歸；後者在7月投降西班牙。至於貝西埃爾在陰冷潮溼的海邊山林裡企圖朝北進軍也告失敗。拿破崙在西班牙的軍隊人數已經達到萬人，處處遭到打擊。這是他沒有預料到的。馬德里成了第二個被圍困的開羅。朱諾將軍的26；000人8月21日在維莫洛被韋爾斯利爵士率領的英國軍隊擊敗，被迫撤往裡斯本，第二天在辛特拉簽了停戰協定，按照協定法軍被逐出葡萄牙。這一切都是在韋爾斯利爵士的9；000人在蒙德戈灣登陸後3個星期內發生的，法軍的傳奇人物、久經沙場的朱諾居然被打敗並被逐出了葡萄牙！

那年夏天，關於伊比利亞的惟一的好訊息是貝西埃爾元帥於1808年7月14日在塞科河畔的梅迪尼亞擊敗了西班牙將軍布拉克率領的軍隊。但是，法國元帥和他率領的12；000人在勝利後犯下了戰爭暴行——將成千上萬已經投降的西班牙軍人殺害——雅法魔鬼的陰影仍然籠罩纏繞著法軍。這個訊息拿破崙沒有讓法國的新聞界知道。

法軍在伊比利亞半島上的軍事失利，使拿破崙十分震驚和惱怒。西班牙的頑強抵抗是他始料未及的。在埃及遠征失利之後，這是第一次有兩支法國軍隊投降。拿破崙不可戰勝的神話已經被打破。約瑟夫給拿破崙火上澆油，他告訴拿破崙他“打算釋出命令，放棄對被武器征服的人民的統治”，回到那不勒斯。約瑟夫認為這樣做還為時不晚，法軍從伊比利亞半島越早撤走越好。“我深信法國的征服會遇到陛下預料不到的強烈抵抗，說到底對誰都沒有好處。”

拿破崙沒有接受約瑟夫的建議：他既不同意約瑟夫回到那不勒斯，也不同意從伊比利亞半島撤軍。拿破崙已經昭告天下，西班牙屬於他的帝國，約瑟夫是西班牙的新國王；如果現在宣佈他、他的軍隊以及他的新傀儡國王撤離西班牙，對他而言是一種奇恥大辱，那他將在天下人面前丟臉。儘管如此，約瑟夫仍然不斷請求讓他回到那不勒斯。拿破崙始終不置可否，因為他絕不能將西班牙拱手讓給英國人。“我決定以最積極的方式推進西班牙的局勢，”拿破崙最後正式通知約瑟夫，“我的臣民的未來安全、法國商業的興旺和海上的和平統統取決於我要採取的重要舉措。”拿破崙將留在這裡，法軍將留在這裡，約瑟夫國王也要留在這裡。西班牙將要被“平定”，葡萄牙將被再次征服——事情就是這麼簡單。拿破崙的一個最大的缺點就是過於傲慢，不能承認任何錯誤，特別是他在世界公眾面前犯下的明顯錯誤。拿破崙在西班牙犯下的錯誤將使他和法國付出最慘痛的代價。