破壞沒有一點建設工作的苗頭。……顯然，太平軍就是中國人的幻想所描繪的那個魔鬼的化身。但是，只有在中國才能有這類魔鬼。這類魔鬼是停滯的社會生活的產物。”

曾國藩在8月份親自審訊李秀成、洪仁達和洪仁發等人，議定罪名以後，將他們全部處死。

1864年，同治三年（22）

李萬材在供詞中說洪福瑱已經死亡，而江西和浙江的湘軍，紛紛爭辯，說洪福瑱沒死。左宗棠和沈葆楨分別上疏諷刺曾國藩。

曾國藩上奏說，他抵達金陵以後，接見諸位將領，見他們的臉色無不憔悴可憐。他給諸位將領宣講皇上仁愛，多方撫慰，既誇獎他們可憐可敬的功勞，又以忘死忘勞的大義加以勉勵。

曾國藩在奏摺中談了對洪秀全戮屍焚屍的經過之後，又說洪秀全宮中有一名姓黃的婢女，是道州人，就是親手埋葬洪秀全的人。他親自詢問這名婢女，據婢女招供，洪秀全經年不見臣僚，四月二十日因湘軍猛攻金陵，服毒身死，秘不發喪，十多天後才宣佈。洪福瑱在屋子周圍堆積薪材，打算在城破時自焚，與其他人的口供都相吻合。連日來，在宮殿的灰燼之中，反覆搜尋，茫無實據。檢視他的金印和玉印，都是在巷戰時奪取過來的，又好像已經逃出宮殿。

李秀成供認曾攜帶洪福瑱出城，後來分散。不過，這次逃奔的太平軍，僅有十六日夜間從地道缺口逃出幾百人，湘軍有騎兵追到湖熟，已經全部圍殺。從十七日以後，曾國荃便將缺口封砌，關閉所有城門，搜殺三天。

洪福瑱是十六歲少年，即便沒有喪身於烈火，也必定已死在亂軍之中。

李秀成被擒後，各營投降計程車卒，以及城外附近的居民，人人都認識他，圍觀的人堵塞了道路。經過多日審訊，他親筆寫下幾萬字的供詞，陳述太平軍的始末，對於他本人作戰的情況，講述得甚為詳細。又力勸官軍，不宜專殺兩廣人，否則太平軍更加孤立，造反者更加頑固，戰事沒有止境。他的說法頗有可以採納之處。

這些天來，辦案的文武官員，都請將李秀成用囚車押送京城。連來道賀的洋人戈登和威妥瑪，也希望把他押送京城。

但是，曾國藩有不同的看法。他說，李秀成只是一個小丑，不必把這樣的俘虜獻給朝廷。從來解送京城的要犯，必須以好言勸誘，許以不死。李秀成知道自己沒有逃脫一死的可能，有可能在途中絕食而死，或者奪路而逃，反而會逃脫一個該殺的要犯，留下巨大的禍患。而且李秀成熟悉權術，很會籠絡人，頗得民心。城破以後，鄉民出於同情而將他藏匿起來。

曾國藩說，他還聽說蕭孚泗的部下抓到李自成以後，鄉民竟然將親兵王三清扔到水裡，好像代李秀成報仇，而洩私憤。李秀成被關入囚籠的第二天，湘軍又擒獲松王陳德風。陳德風一見李秀成，便長跪請安。他聽說這兩件事以後，知道李秀成還沒有失去民心，他的部屬也對他懷有忠心，所以決定將他就地正法，以絕後患。於是在初六日行刑。

洪仁達是洪秀全的胞兄，與長兄洪仁發暴戾恣橫，多行不義，是李秀成深為遺憾的人物，被捕後還如痴如醉，口稱天父不絕。因為他已病重，已於初四日先行處決。

儘管曾國藩在這份奏摺中陳述了沒有將李秀成押解到京城的理由，仍然有人懷疑曾國藩的做法另有動機。輿論沸騰，矛頭紛紛指責曾國荃。他們的意思是，曾國藩草草地將李秀成處死，是為曾國荃隱瞞了什麼。

面對千夫所指，曾國荃非常鬱悶，因為他作戰艱苦，好不容易打了勝仗，還要揹負一個罵名。曾國藩手下的宿將如楊嶽斌、彭玉麟和鮑超等人都打算告辭離去，人們馬上懷疑他們與曾國荃不和，還說金陵的錢財都到了曾國荃的軍中。曾國荃在作戰中負了傷，又得了疥瘡，便請病假迴歸鄉里，遣散所部二萬五千人，留一萬人駐守金陵，另留一萬五千人作為遊擊安徽南北的預備隊。

在攻克金陵的作戰中立下功勞因而受封了爵位的幾個人，李臣典因病亡故，蕭孚泗因喪事歸鄉。武明良當了個記名提督，請假回家後就病死了。

大功告成了，這些將士鬱鬱寡歡，悲涼沮喪，也許是因為作戰時殺氣太重，當勝利到來的時候，便覺得虛弱不堪了吧。

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曾國藩統帥軍隊，本來就誠惶誠恐，自己慶幸掃平了洪秀全的太平軍，攻克了金陵，實現了剛剛起兵時的願望，為了退避權勢，以保清名，於是極力宣揚湘軍已經暮氣沉沉，不能夠再用，主張清廷用淮軍，接著鎮壓捻軍。

曾國藩說湘