順便加強一下自己對軍隊的控制，雖然這支軍隊是自己從江北帶來的，但如果長時間不在軍中露面的話，只怕大權旁落，再也不聽自己的號令。因此他一方面深入基層，對中下級軍官和普通士兵噓寒問暖，不斷吩咐廚房改善伙食，注意軍營的衛生，若有士兵病了，他還親自喂藥，直感動的眾官兵熱淚盈眶，就差喊他親爹了；另一方面，他用民族主義思想武裝士兵的頭腦，確切的說是洗腦，拼命強調華夷之別，“非我族類，其心必異”這樣的話他幾乎每天都說，為了寓教於樂，他經常讓莫不計上臺大說英烈傳，以激起眾官兵的民族自豪感與自信心，同時他還特別強調忠誠的重要性，當然這個“忠誠”只是對他自己，他要求眾官兵只聽從自己的命令，為此他還特地舉出了漢代名將周亞夫與細柳營的故事，要求眾官兵要嚴守軍紀，必要時連皇帝的面子都不能給，只有這樣才能攻無不克、戰無不勝。

在訓練方面，林清華把自己知道的有限的軍事知識與戰鬥技能傳授給軍官，把不適應時代要求的陣法通通去掉，用火器時代的訓練方式來訓練部下。要求所有計程車兵都要熟練的掌握火器射擊要領，並且不斷的訓練他們輪番射擊的技能，先是三排輪番射擊，接著是五排輪番射擊，最後是十排輪番射擊，用這種射擊方法來阻擋敵軍士兵尤其是騎兵的衝擊。

在武器方面，鎮虜軍現在仍然是冷兵器與火器混合部隊，林清華想早點把這支部隊變成中國歷史上的第一支純火器部隊，因此他三天兩頭的往工部跑，不斷催促加緊製造新式火器。但事與願違，不但新式燧發槍沒發放到部隊，甚至連老式的火繩槍也沒見到一杆。林清華幾番打聽，才知道原來是主管內府內官監的太監在搗鬼，這內府內官監是明朝的宦官二十四衙門之一，專司為皇家制造用具，是除工部之外管理住坐工匠的唯一衙門。這太監也姓高，比高起潛小不了幾歲，但卻拜了高起潛作乾爹，這才被派來掌管這油水大的內官監，他藉口影響了皇家用具的製造，故意拖延新式火器的生產，並且派人暗示林清華向自己行賄。林清華惱怒異常，當面罵了他幾句，但他不僅不怕，還逢人便說林清華是吝嗇鬼。終於有一天，在領教了林清華御賜金鐧的強大威力之後，小高太監的態度發生了一百八十度的大轉彎，不僅對林清華的要求有求必應，而且還親自將先期製出的五千支燧發槍和庫存的五千支火繩槍送入鎮虜軍的軍營，並答應加緊生產新式燧發槍。現在鎮虜軍已有近兩萬人，人多槍少，只好分成兩批訓練，一批練習刺殺，一批練習火槍射擊，每過五天交換一下，一時之間，軍營之中殺聲震天，槍聲不斷，好一派熱火朝天的練兵景象。

這天下午，林清華像往常一樣在軍營中呆了一下午，親自指揮了一次小規模的軍事對抗演習，他指揮的紅軍用了不到半個時辰便擊敗了由陳唯一指揮的藍軍，陳唯一輸得心服口服，在一旁觀摩演習的軍中各級軍官也是看得如痴如醉，心悅誠服。

林清華將莫不計端上來的一杯茶一飲而盡，對那些把自己圍成一圈並用崇敬的眼神望著自己的各級軍官說道：“這就是軍事演習了，不要以為這是遊戲，要把它當成一場真正的戰爭來看待。演習的目的是什麼呢？演習不是為了好看，不是為了取悅長官，而是為了檢驗戰鬥力，為了檢驗自己部隊的不足之處，發現問題，解決問題，爭取在上戰場之前把自己可能犯的錯誤找出來，並解決它。這次大家看到的是戰術級別的演習，我準備下個月來一次戰役級別的演習，到時就不是這千把人了，而是三萬人，大家也不用在旁邊觀看了，大家都有參加的機會，希望大家回去以後認真的回憶一下我平時教你們的，要把它真正的運用到戰爭中去！好了，大家不要圍著了，列隊！”

隨著陳唯一幾個響亮的口令聲，眾軍官迅速各就各位，列成了一個小小的方陣。林清華站在軍官方陣前，兩腳跟併攏，腳尖自然分開，以立正姿勢向著軍官們敬了個標準的古羅馬軍禮。陳唯一立即喊道：“立正！敬禮！”隨著“啪啪”的一陣整齊劃一的軍靴的撞擊聲，眾軍官很快也向林清華回以同樣標準的古羅馬軍禮。

林清華很滿意部下的表現，他揹著手在眾人前看著他們腳下的軍靴，臉上全是得意的笑容。這些軍靴是他以每雙五兩銀子的價錢向南京城裡最大同時也是最好的皮革鋪買來的，均以上等牛皮製作，樣式仿照德式長筒馬靴，由於價格昂貴，加上比較笨重，林清華只給軍官每人兩雙，並囑咐眾人小心愛惜，因為每年只有兩雙發放，至於士兵，就先讓他們穿布鞋好了。林清華一直認為一身筆挺且陽剛之氣很濃的軍裝是保持士氣的重要手段，很難想象一支