世後，鄭芝龍逐漸接收其勢力；1623年接收李旦的事業船隊，經營合法生意，另一手則走私。

1624年中秋後，芝龍將事業重心自日本九州島遷到臺灣，歸附“日本甲螺”（倭寇首領）顏思齊。此後不久，荷蘭東印度公司登島，驅逐了以臺灣為基地的其他勢力，鄭芝龍遂攜妻子定居於中國大陸。

1625年顏思齊死，芝龍結合諸海盜首領，號稱十八芝，擁有當時福建沿海實力最強大的一支武力及商業團隊，領導海賊數萬人，經營走私與劫掠事業，橫行於臺灣海峽。當時泉州府同安知縣寫給福建巡撫的文書中說鄭芝龍雖事劫掠，但對泉州百姓卻是異常仁慈，不但不殺人，甚至救濟貧苦，威望比官家還高。“所到地方但令報水（即通報官府蹤跡），而未嘗殺人。有徹貧者，且以錢米與之。”

1628年，受福建巡撫熊文燦招安，成為官員，率領原部，為明廷守備沿海以防海盜倭寇和荷蘭人進攻，率軍討伐其他昔日結拜契兄弟海盜力量，包括李魁奇、鍾斌，官至總兵。不久便返回福建泉州南安老家，成為當地首富，也是少數迎娶了日本人卻仍能正式返回中國內地的海盜。

1633年芝龍於福建沿海金門海戰擊潰荷屬東印度公司艦隊，從此控制海路、收取各國商船舶靠費用，鄭芝龍也因此迅速富可傾國。儼然稱為閩南的領主與海上霸主，並對繳保護費給芝龍的商船（一艘大船需繳三千兩銀錢），給予鄭家的令旗；如不繳費而想經過芝龍海域的，恐怕難逃被劫的命運。芝龍如此強橫，使荷蘭東印度公司營運不寧，荷蘭人數度聯合其他勢力合取芝龍，但芝龍仍持續擴張其勢力，並將荷蘭人次次打敗。

不久，鄭芝龍應明朝廷要求，繼續率軍討伐其他昔日結拜契兄弟海盜僅存最大股力量劉香，於虎門大獲全勝，名震福建官至都督。不久福建省內發生旱災，鄭芝龍提議載饑民移民臺灣，並給予移民十分優惠的資助條件，有人認為其為開創了大規模移民臺灣之先河。

如果姬慶不出現，那麼不久之後，南明弘光皇帝冊封鄭芝龍為南安伯，福建總鎮，負責福建全省的抗清軍務。

無論是左良玉，還是鄭芝龍，都是姬慶收服的物件。左良玉，不值得一提。鄭芝龍，可謂大材，不過，姬慶是不可能允許這股處於半獨立的勢力繼續存在，他們必須接受大明朝廷的整編，改造為未來的大明朝海軍。其控制的海上貿易，也要交給朝廷，設立海關，徵收賦稅。

當然，姬慶知道就算鄭芝龍會同意，他的勢力中的既得利益者，也不會同意的。利益之下，人是什麼事情都會做出來的。

二是農民軍集團。

現在除了京城外已經整頓完畢的李自成的大軍外，剩下的就是以張獻忠為代表的最大農民武裝了。

崇禎十六年據武昌，稱大西王。不久克長沙，宣佈免徵三年錢糧，從者愈眾。

之後的歷史，崇禎十七年（1644年）8月9日攻破成都，巡府龍文光，蜀王朱至澍及其嬪妃全部自殺身亡，其他官員當了俘虜。義軍進入成都號稱60萬大軍，很快控制了四川大部分地區的州、縣，在成都，張獻忠先號稱秦王，接著宣告建立大西國，改元大順。建立健全制度，後稱帝，以成都為西京，8月16日登基皇位。

張獻忠在四川確有許多難解之謎，最大的謎可能要算所謂的“張獻忠剿四川”了。

近百年來有許多史學家都驚奇地發現，沒有哪個四川人是土生土長的，幾乎都是“湖廣填四川”，從外省遷來的。明末清初，確實出現過人口大量驟減的事實。難怪當時的民諺這樣說：“歲逢甲乙丙，此地血流紅”，“流流賊，賊流流，上界差他斬人頭。若有一人斬不盡，行瘟使者在後頭。”難道真是張獻忠把四川人殺光了嗎？

清朝期間所編撰的“史料”以及一些“記錄”等都把大屠殺的責任歸於張獻忠。由於清朝的統治延續了兩百七十多年，以至絕大多數人都對此深信不疑。連魯迅先生也曾批判過張獻忠是“專在‘為殺人而殺人’”。

其實，只要仔細檢視一下清兵侵入四川的那段歷史，真相不難知曉。1646年，也即滿清入關後第三個年頭，滿清即宣佈張獻忠已被戰死，並宣稱“破一白三十餘營。平四川”，即宣佈四川平定。

然而事實並非如此。滿清攻陷渝城（重慶），是在十三年後的1659年。

因此對四川人民的這種頑強不屈的抵抗，清軍採取了徹底屠殺的辦法作為報復。即不論是“張賊”，還是無辜的平民，一律斬殺。

“民·賊相