南局召開第一次會議，會上鄧小平總結了部隊進入西南地區以來的情況，提出了今後的中心任務和工作方針。會議認為，剿匪已成為西南地區的中心任務，不剿滅土匪，一切無從著手；農村工作的心中任務是“剿匪生產”；剿匪工作應堅決貫徹“軍事打擊，政治瓦解，發動群眾三者相結合”的方針；正確執行鎮壓和寬大相結合，即“首惡者必辦，脅從者不問，立功者受獎”的政策。在剿匪部署上，會議確定，加強對各主要交通幹線的守備，採取分段包乾辦法，集中兵力首先殲滅平原富庶地區大股土匪，爾後逐步向邊沿山區擴充套件；迅速淨化四川腹地，以保春耕生產，不誤農時。會議以後，西南軍區根據會議精神，對各進剿部隊進一步明確了清剿重點。3月15日，西南局和西南軍區聯合發出了《關於組織一元化剿匪鬥爭的指示》。根據指示要求，各軍區和軍分割槽部隊，在地方黨委的統一領導下，成立了各級剿匪委員會，並將一定數量的野戰部隊改為地方武裝，大力開展地方工作。從1950年3月起，各進剿部隊按部署對各地股匪展開重點進剿。

川東軍區部隊首先集中兵力圍剿了涪陵、巴縣、南川地區的股匪，在1個月的作戰中，殲滅股匪萬餘人。接著又對武隆、彭水以南地區和貴州桐梓山進行了重點清剿，對黔江、彭水、榮昌、永川、瀘州等地組織了會剿。到7月底，川東清剿部隊共殲滅股匪萬餘人。9月以後，川東部隊主力轉向黔東北地區清剿，在各分割槽部隊和人民武裝的配合下，先後對川黔邊區的道真、正安、務川、德江、沿河和印江、思南、江口、銅仁、松桃及梵�