第2、第3路軍所屬的11個軍縮編為10個支隊：第1路軍各軍縮編為第1、第4、第7支隊；第2路軍各軍縮編為第2、第5、第8支隊；第3路軍各軍縮編為第3、第6、第9、第12支隊。

伯力會議結束後，中共吉東、北滿省委代表返回東北，第1路軍各部遠在南滿地區，被敵隔斷，無法聽到伯力會議精神的傳達，因此，在1940年仍以3個方面軍的番號活動。

1940年4月以後，抗聯第1路軍警衛旅一部轉移到東滿一帶活動，並於7月在東寧縣境與第2路軍季青所部會臺。隨後又向南返，準備接出第1路軍副總司令魏拯民率領的隊伍。警衛旅另一部在敦化、寧安等地轉戰，曾在寧安鹿道東北、鏡泊湖北湖頭等地襲擊敵人。後來兩支隊伍都在對敵戰鬥中遭受重大損失，只有少數人員重返東寧片底子。第2方面軍在安圖、敦化、延吉一帶多次與日偽軍警作戰，並襲擊了敦化縣哈爾巴嶺車站等，年末去東寧活動。第3方面軍在第5軍一部西去聯絡第10軍時，曾於7月下旬攻入五常縣衝河鎮，後返回鏡泊湖周圍。

12月8日，第3方面軍指揮陳翰章所部在寧安鏡泊湖南湖頭小灣灣溝被敵包圍，在突圍戰鬥中，陳翰章壯烈犧牲。陳長期戰鬥在鏡泊湖畔，被當地人民譽為“鏡泊英雄”。第1路軍各部在連續反“討伐”鬥爭中，相繼遭受重大損失。到1941年初，第2方面軍一部約200餘人轉移到中蘇邊境休整，中共南滿省委書記、抗聯第1路軍副總司令魏拯民因病無法隨軍轉移，留在樺甸縣夾皮溝東部牡丹嶺密營休養，終因疾病凍餒於1941年3月8日逝世。

這是東北抗日遊擊戰爭的又一重大損失。當月，第1路軍一部改編為第1支隊。

抗聯第2路軍總指揮同保中和新任副總指揮趙尚志於1940年3月上旬返回下江地區，向崔石泉、王效明等傳達伯力會議精神。4月初，召開第7軍黨代會，決定將第7軍改編為第2支隊，王汝起任支隊長，王效明任政委。

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