遭到破壞，勢必引起眾人注意，這對保密也極為不利。

儘管葉捷和張森水在理性上有著比較清醒的認識，然而出於對中國民族文化遺產“北京人”的感情與尊重，他們還是認為仰木道之先生所提供的線索畢竟還是一條有價值的線索，且事關重大，在尚未被事實所證實之前，誰也不好輕率地予以否定。何況，張森水是裴文中的學生，若真能找回“北京人”，對先生的在天之靈也是莫大的告慰；何況，不怕一萬，就怕萬一，找，總是一件好事情，找，總比不找好。因此，葉捷和張森水還是將此情況如實向中國科學院副院長陳宜瑜和中國科學自然與社會協調發展局作了書面報告。

陳宜瑜副院長接到報告後，出於和葉捷、張森水同樣的心情與考慮，迅即作了兩點指示：一、中國科學院古脊椎動物與古人類研究所對此事要保守秘密；二、由中國科學院協調發展局張金東處長起草協調調查的具體方案。

１９９６年５月３日，在張金東的安排下，葉捷和中國科學院地球物理研究所所長徐文耀研究員等有關專家經過商議，很快制定了一個對北京日壇公園“埋藏”地點進行“地表探測”的方案。

５月８日，中國科學院地球物理研究所的電震探測組來到日壇公園現場，對事先圈定好的“埋藏”區域進行了探測，認為在１１線９點附近下方存在電法、地震局體異常體，異常體深度約１．５米到２．５米，厚度、寬度均為１米，長度方向佔６個測點，約３米。

於是，根據中國科學院地球物理研究所提出的探測報告，中國科學院協調發展局正式向路甬祥常務副院長和陳宜瑜副院長呈送了《有關發掘工作的設想報告》。路、陳兩位副院長當即明確指示：“抓緊時間，嚴密組織，保證安全，快速解決問題！”

葉捷副所長受領指示後，迅速趕赴日壇公園和該園負責人商談發掘一事。沒想到，日壇公園的負責人卻拒絕發掘。其理由是，一旦發掘，將破壞神道和古松。而日壇公園裡的神道和古松是萬萬破壞不得的。面對此情，葉捷只好再三說明發掘、尋找“北京人”的重大價值和意義。後經協商，公園負責人終於同意藉助給古樹復壯的機會搞點小規模的發掘。

於是雙方協議總算達成，並定於１９９６年６月３日上午正式發掘。為了發掘工作的順利進行，中國科學院古脊椎動物與古人類研究所還與北京共同保安服務有限公司日方顧問仰木道之先生簽定了一個《關於發掘失落的“北京人”化石可疑埋藏地點的協議書》。

該協議書主要就發掘物的歸屬、錄影、照片等版權事宜作了較明確的規定：一、如果發現的確是“北京人”頭蓋骨以及相關的古人類化石，歸中科院古脊椎動物與古人類研究所所有；二、如果發現的是金銀、瓷等物，則獻給國家文物部門；三、電視錄影、照片等版權歸雙方所有，雙方共享發表權。

６月３日上午８時整，發掘的序幕徐徐拉開了，原擬定參加發掘的各路人馬聚集在古脊椎動物與古人類研究所一樓標本室的會議室裡，其中有中國科學院古脊椎動物與古人類研究所的負責人、古人類專家、高階技師、技工、攝影師、司機等１８人；中國科學院地球物理研究所所長徐文耀和兩位地球探測專家以及科學出版社的一名攝影師；同時，還有仰木道之、嘉騰剛清和北京共同保安服務有限公司副總經理皈木進三位日本朋友以及該公司的魏建平。出發前，古脊椎動物與古人類研究所所長丘佔祥還主持召開了一個簡短的動員大會，並由中國科學院協調發展局局長秦大河作了動員講話：

“‘北京人’化石自１９４１年神秘失蹤到現在已經是５５個年頭了，自從這珍貴的化石失蹤之後，中國政府以及國際友人曾為尋找一事作了大量的工作，中科院也為此盡了最大努力，但一直沒有可靠的線索。這次根據日本朋友仰木道之先生提供的最新線索，前幾天我們對埋藏地點作了物理探查，發現情況確有異常。也許，失蹤了半個多世紀的‘北京人’，真的要回來了，而最早迎接他的就是我們。可見，就我們而言，這是一件非常幸運的事情！當然，我們在迎接這位歷史老人時，要注意保守秘密，不要節外生枝，讓他再次溜走了……”

秦大河說完，由中科院科技安全域性副局長張青吉介紹了發掘點的保安措施和應注意的事項，隨後大家以極其亢奮的心情走出會議室，隨即登車向日壇公園奔去。

此前，中國科學院保衛處長領著三名警衛人員率先進駐了日壇公園，並將發掘區域用彩色編織帶圍了起來，同時三令五申，一律禁止外人接近。當這一切安排妥當之後