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日軍佔領三貂嶺後，隨後向清軍駐守的要地瑞芳進軍。此時幸好廣東守備劉燕帶了三十名炮兵運了五門格林炮到達瑞芳，俞明震便急令運到前線，列炮扼守。日軍來到後，雙方展開激戰，由於清軍人少炮弱，血戰一場後，清軍記名提督陳得勝不幸戰死，提督張兆連身受重傷，俞明震聞訊率親兵前來助戰，也被流彈擊傷，被部下急忙抬下戰場，瑞芳被日軍佔領。

瑞芳失守後，日軍便打通了通往基隆之路。六月三日，日軍開始進犯基隆，該日正午時分，日軍到達基隆市街外，與此同時，日本軍艦也在海上炮擊基隆，以掩護日本陸軍的進攻。

六月的天氣，說變就變。在隆隆炮聲中，天上忽然傳來轟轟驚雷，霎時間基隆上空烏雲翻滾，狂風大作，隨即便電閃雷鳴，大雨傾盆，雨勢大到五步之內，難以分辨人和物。日軍被突如其來的大雨淋了個透，一時慌亂，加上對地形不熟，也不敢大膽前進，於是雙方在大雨中相持五個小時。

等到雨勢漸小，日軍開始突入市街。這時，清軍和敵人展開了激烈的巷戰，一街一巷都不輕言放棄。雖然武器不如日軍，但清軍士兵還是或在街角突然殺出，大刀向鬼子們的頭上砍去，或從民房窗內或屋頂向敵人射擊，直到最後戰死為止。在巷戰中，日軍為佔領基隆付出了傷亡近百人的代價。

日軍去接收基隆的一個火藥庫的時候，火藥庫被兩名潛藏的清軍士兵突然點燃爆炸，當場就炸死了日軍軍官一人、士兵二十人，並炸傷其餘一百餘人，日軍遭到了一次沉重打擊。

在進攻基隆的同時，另一路日軍又向獅球嶺發動進攻。獅球嶺位於基隆市街西北，是基隆通往臺北的最險處，日軍進攻臺北，必須要經過此地。本來，獅球嶺有林朝棟的棟字十營駐守，林本是劉銘傳舊部，並曾在1883年的中法之戰立下赫赫戰功，所部士兵也都訓練有素，但後來由於內部矛盾，被唐景崧調往臺中。等到戰事緊張的時候，唐景崧雖然電令林朝棟回援，但遠水畢竟救不了近火，獅球嶺一時難保。

無奈之下，唐景崧只得先派中軍副將黃翼德率護衛營前往守衛，但黃翼德這個人貪生怕死，個性狡詐，他率隊出去後，沒到獅球嶺就匆忙折回，並謊稱：“獅球嶺已被日軍佔領了，現在又下著大雨，我們沒法紮營。”隨後，他偷偷看了看唐景崧的臉色又說，“日本人懸賞六十萬兩銀子買大人您的人頭咧，我聽到訊息後，怕奸人對大人不利，所以急忙趕回城中，免生內亂。”

唐景崧聽了又驚又怕，將信將疑，但也拿黃翼德沒有辦法。這樣，獅球嶺只剩下知縣胡友勝的粵勇四營兵力在苦苦扼守。儘管如此，胡友勝的四營粵勇仍舊和敵人展開了殊死的搏鬥。

當時一個日本隨軍記者就寫道：“我軍雖集中射擊，而守軍卻巍然不動。風雨愈急，日近黃昏，槍炮聲與風雨聲相合，相當淒厲可怕，真不知何時才能攻佔！我軍再合力攻擊，而炮壘後面僅有險峻之棧道相通，前面亦僅可攀，難以發起衝鋒。在炮壘與市街之間，是水田與竹叢，且相距甚遠，我軍架設在炮壘下面的一門山炮亦不能奏效。”（戚其章：《甲午戰爭史》）

日軍畢竟人數眾多，很快將獅球嶺團團圍住。胡友勝的四營粵勇孤軍奮戰，傷亡殆盡，經過一天的血戰，獅球嶺最後在下午六時被日軍攻下。獅球嶺的失陷，這意味著臺北外圍的可守之處已經被日軍基本掃除，臺北隨時可能被攻佔。

###黎明，下了一夜的大雨終於慢慢停歇，臺北的市街卻像死一般的沉寂，異常的平靜後面，瀰漫著一種戰前的不安和緊張氣氛。受傷退回臺北的俞明震等人見勢不可為，力勸唐景崧趕緊退守新竹，會合林朝棟和劉永福二軍，以圖東山再起。唐景崧由於和這兩人關係不好，不願寄人籬下，聽了這個建議後一直默不作聲。

俞明震見狀只得無奈退下，後來他寫了一封密函給唐景崧：“天不佑中國，無可奈何，公心跡可告無罪。惟計不退守新竹，公宜自為計，不可貽笑天下。”　俞明震的意思是，要死守或要撤退，一定要早點行動，不要到時落入敵人手中，到時變節就恐怕要“貽笑天下”了。

當夜，黃翼德的手下士兵鬨然索要兵餉，李文奎的前敵潰兵又衝進城中，一時間臺北大亂。這些潰兵聽說臺北藩庫中存銀二十四萬兩，便紛紛前往搶奪，當下就引發了客勇和土勇的互鬥，竟至於庫中積屍四百多具。臺北街頭也一片混亂，不久後，亂兵又衝入巡撫衙門放起大火，局勢已經完