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關於他激流勇退的原因，有各種說法，但最直接的原因，是舉世聞名的“南北鉅子”瓜亞基爾會談。

１８２２年７月２５日，聖馬丁來到瓜亞基爾，與南美洲北部的“解放者”、著名的委內瑞拉革命領袖、政治家、軍事家、思想家西蒙·玻利瓦爾會談、會談的第二天與第三天，是在絕密的情況下進行的，沒有任何第三者參與，只有這兩位享譽南美的“南北鉅子”。因此，會談內容也只有他們兩個知道。可是，會談結束後，玻利瓦爾未作任何透露，以後也未作任何回憶，而聖馬丁也同樣緘口不言，所以，這次秘密會談在歷史上留下了一個永遠解不開的謎。

但是，舉世關注的“南北鉅子”會談是不會就這樣無聲無息地過去的，人們對會談內容作了各種猜測。

從會談前的氣氛看，是和諧、愉快的。聖馬丁到達港口時，玻利瓦爾的兩位助手去迎接，玻利瓦爾在他要居住的賓館歡迎他。在人民的歡呼聲中，兩位巨人緊緊地擁抱到了一起。

但是，會談結束後，聖馬丁神情嚴肅，默默地走出了大廳。玻利瓦爾則帶著一種神秘的表情，當通宵舞會在極度歡樂中進行時，聖馬丁卻悄無聲息地與同行的一位將軍不辭而別，返回了秘魯。

返回秘魯不久，聖馬丁在“第一屆國會”上，鄭重而嚴肅地宣佈辭去國家首腦和軍隊統帥的職務，決定不再擁有任何權力。並取下了他身上象徵權力與最高榮譽的兩色綬帶，真誠地對議會成員們說：

而今桂冠佈滿了整個南美洲戰場，我的頭顱卻要躲避最後勝利的桂冠！我的心靈從來沒有被甜蜜的感情激動過，然而今天卻激動了我的心！對一個為人民的自由、民主、幸福而戰的鬥士來說，勝利的喜悅只能使他更加誠心誠意地成為使人民享有權利的工具我異常高興地見到了國會的成立，在這屆國會上，我辭去我所擁有的一切最高權力！我今天講話的目的只有一個，那就是，請所有議員先生都不要投我繼續執政的選票！”

所有在場的人都非常吃驚，紛紛勸說聖馬丁收回辭呈。但聖馬丁意志堅決，從各個方面解釋了他辭職的原因。不過，人們隱約感到，最主要的原因仍然是瓜亞基爾會議，可是，關於這點，聖馬丁隻字未提。

夜幕籠罩了大地，一切是這樣的寂靜。也許，聖馬丁的心裡也知夜晚這樣寧靜、安祥？因為他這個時候正騎在馬上，靜靜地注視著萬籟俱寂的夜色。

聖馬丁騎馬悄然無聲地離開了利馬市，又悄悄地坐船來到智利，隨後離開了曾為之奮鬥不懈、並付出滿腔熱愛的祖國。遠赴歐洲，去迎接他窮困潦倒的晚年！

一個曾為國人無限敬仰的領袖，何以會作出如此選擇呢？人們又把目光聚集到了瓜亞基爾會談上。

一種說法是：在與玻利瓦爾會談時，雙方在根本問題上產生了爭執，玻利瓦爾當時３９歲，血氣方剛，可能對聖馬丁態度強硬，寸步不讓。而聖馬丁當年４４歲，由於３２年的戎馬生涯，身體嚴重受損，所以自動讓出統帥之位，讓玻利瓦爾獨自率軍掃清殖民殘餘勢力。

另一種說法更為世人所公認：“當時聖馬丁與玻利瓦爾的部隊面臨與殖民軍的“過渡港之戰”的前夕，聖馬丁所率部隊有許多病員，又因其他原因，使阿根廷、智利政府不能全力支援他，而他迫切希望增援，所以，便在瓜亞基爾與玻利瓦爾會談，希望得到玻利瓦爾的幫助。如果玻利瓦爾在另一線牽制殖民軍，就有可能取得勝利，否則，聖馬丁以少攻多，勢必會出現敵我雙方的對峙，這樣的話，就會延緩拉美獨立的程序。結果，經過與玻利瓦爾密談，他明白了兩人之間的分歧，那就是：一山不容二虎。為了南美的未來，為了人民的利益，他痛苦地選擇了放棄權力的做法，而不是等待將來與玻利瓦爾兵戎相見。

或許，後世歷史學家看得更清，托馬斯·基朵在他所著的《聖馬丁與偉大的史詩》中寫道：“玻利瓦爾對聖馬丁在解放秘魯戰爭中所取得的勝利是不高興的。為了爭奪最後勝利和南美洲的最高權力，玻利瓦爾就會以大膽的手段，帶領他的部隊與聖馬丁的軍隊爭鬥。兩支革命軍火併，聖馬丁認為是‘留在世界上的一件十分丟臉的醜行惡名！’所以他作出了痛苦的抉擇！”

聖馬丁也曾說過：“我並不尋求榮譽”，“我的劍絕不為爭權奪利