師長是不一樣的，彭紹輝自然明白這個道理，也早已做好了思想準備。他認為，整編是為了打勝仗，只要對戰爭勝利有好處，個人算不了什麼。

可是，事情並不像彭紹輝想象的那麼簡單。不久，他的警衛員被取消了，他所乘的馬在行軍累死後也沒有再配備。這對於失去左臂的彭紹輝來講，無論是工作還是生活上都帶來了很大的困難。彭紹輝處處感到艱難，但卻沒有絲毫怨言，更不向組織述說自己的困難，仍然以飽滿的熱情堅持值班、管理軍團直屬隊，組織偵察、警戒、行軍教育等等。

第二次佔領遵義後，彭紹輝被調回紅3軍團。因為他當過師長，彭德懷見面為難地說：“你回來就好，可是現在沒有適當的位置。你看……”

看著自己尊敬而又熟悉的老領導，彭紹輝到嘴邊的話又咽了回去，什麼也沒有說。

過了一會兒，彭德懷詢問道：“你去搞教導營好不好？”

“好！”彭紹輝立即說：“只要是幹革命，什麼工作都行！”

紅3軍團的教導營，有3個連，1個營部。彭紹輝擔任教導營長後，和營政委李志民一起，率領教導營奮勇行進在長征路上，渡赤水，襲金沙，翻雪山，和紅4方面軍會師後，進駐到四川的松潘、黑水地區。

在一次飯後，周恩來單獨找到彭紹輝談話，說：“中央已確定北上建立陝甘寧根據地的戰略方針。為了和4方面軍共同北上抗日，決定從1方面軍調幾個當過師長的同志去4方面軍當軍參謀長，組織決定派你到30軍工作。你到那裡後，要謙虛謹慎，注意團結，按照毛主席的指示把工作做好。同時要注意不要擺1方面軍的架子，要與4方面軍的同志打成一片。”

遵照中央的決定，彭紹輝到30軍擔任了軍參謀長。

當部隊透過草地到達四川西北的阿壩地區，準備渡過噶曲河繼續北進時，擔任紅軍總政委的張國燾突然命令左路軍和右路軍折回草地南下，說是要“打到蘆山、天全去，那裡天天吃大米。”這一蠱惑人心的口號對部隊中佔絕大多數對大米有一種特殊感情的南方兵來說，無疑有著極大的誘惑力。張國燾還放風說，黨中央的路線錯了，要重新“審定”中央路線，並且揚言要另立“中央”、“中央軍委”。與此同時，張國燾錯誤地認為中央派人到4方面軍是故意與他過不去，是對他的不放心，於是他未經中央同意，就把黨中央派到紅4方面軍的一批人撤了下來。

彭紹輝知道後心裡非常不安，覺得這種做法是錯誤的，全黨應聽從黨中央。他想找朱總司令談談心裡話，可是一直見不到，便給朱總司令寫了一封長信，申述自己的意見，主張全黨應服從黨中央，應聽毛主席的，反對分裂黨中央，反對分裂黨的軍隊，反對張國燾自立中央的活動等等。信寫好後，託過去認識的一位領導轉給朱總司令。

信送出去了，彭紹輝正盼著朱總司令指示時，張國燾突然派人通知他去談話。彭紹輝想：事情不好，早不談晚不談，這時找談話，肯定不是好事。想歸想，彭紹輝還是硬著頭皮去見張國燾。

彭紹輝走進張國燾的辦公室，看見屋裡坐著許多人，朱德也在。他進門後首先向靠門而坐的朱總司令敬了一個禮。這時，坐在張國燾左邊的一個人突然跳了起來，劈頭蓋面地罵了他幾句，接著提出一連串的質問：你為什麼反對南下？為什麼反對張“主席”？為什麼反對成立新中央？這些大有來頭的話，使彭紹輝猛然醒悟過來：原來寫給朱總司令的信沒有交給朱總司令，而落到了張國燾的手中。

那個質問的人越說火氣越大，竟然掏出駁殼槍，並把子彈用力推上膛，緊緊頂住彭紹輝的胸口。在這千鈞一髮之際，在一旁冷眼觀看事態發展的朱總司令站了起來，把那人的槍奪了下來，並嚴厲地大聲喝道：“同志，這是黨內鬥爭！”

那個氣勢洶洶的人手裡沒有了槍，覺得一口氣還沒有出完，便輪起手臂打了彭紹輝一個大耳刮子。頓時，鮮血從彭紹輝的嘴角流了出來。

彭紹輝一言未發，兩眼死死盯著若無其事的張國燾。

朱德氣憤地喊道：“打人是不對的，這是黨內鬥爭，應該允許同志講話！”接著，朱德親切地對彭紹輝說：“你先回去吧！”彭紹輝向朱總司令敬了一個標準的軍禮並高聲答道：“是！”接著一個後轉，連嘴角的血都未擦，朝自己的住地走去。

後來回憶起這段往事，彭紹輝對許多人說：我的命是朱總司令從槍口下撿的。

張國燾當時把一些所謂不執行其路線的同志，都以革命工作的需要弄到了一般工作崗位上