一般按照行政管理和作戰指揮兩個系統進行編組和行動。

目前，海軍編有兩洋艦隊，即大西洋艦隊和太平洋艦隊，11個航母戰鬥群，10個艦載機聯隊；主要裝備有84艘潛艇、143艘大型水面作戰艦艇（含航空母艦11艘、導彈巡洋艦31艘、導彈驅逐艦52艘、導彈護衛艦49艘）、2900架飛機（作戰飛機1728架）、1500架直升飛機（含武裝直升飛機487架）。

一、艦艇部隊

海軍艦艇部隊包括水面艦艇部隊和潛艇部隊，均編入大西洋和太平洋兩大戰略集團。平時屬海軍作戰部領導，戰時歸各自所在戰區的總部統一指揮。兩大集團均採用行政和任務兩種編組形式。

行政編組：分為水面艦艇司令部和水下艦艇司令部。水面艦艇司令部下轄若干個大隊，包括水面艦只大隊、巡洋艦驅逐艦大隊、兩棲艦大隊、特種作戰大隊、掃雷艦大隊和供應艦大隊等；一個大隊又下轄若干個中隊，如1個巡洋艦驅逐艦大隊由2~4艘巡洋艦和2~4艘驅逐艦中隊編成。潛艇部隊編制大致相同，核潛艇中隊可能編配7~10艘潛艇。航母通常編成航母戰鬥群，隸屬於艦隊航空兵司令部。

所謂任務編組，即特混編組，是為執行作戰、演習、戰術訓練和某項特定任務而編成的混合艦隊。它只負責對所屬部隊實施戰役、戰術指揮，不負責其行政事務；所需兵力從各個行政編組抽調，一俟任務完成即歸還原行政建制。任務編組按兵力規模分為作戰艦隊、特混艦隊、特混大隊、特混小隊和特混支隊5個級別。

作戰艦隊是海軍的戰略軍團，可獨立實施各種大型戰役。美國海軍共編有5個大作戰艦隊。太平洋艦隊編有第3（負責太平洋戰區）、第7（負責西太平洋戰區）和第5（負責印度洋、波斯灣和紅海戰區）等3個作戰艦隊，大西洋艦隊編有第2（負責大西洋戰區）和第6（負責地中海戰區）等2個作戰艦隊。各艦隊編制實力大同小異。如：第6艦隊編有航空母艦1艘、巡洋艦2艘、驅逐艦3艘、護衛艦2艘、攻擊潛艇2艘、海岸巡邏艇2艘，另配有兩棲艦艇3艘和鋪助艦3艘，共計18艘艦艇。第7艦隊共有19艘艦艇，第5艦隊共有18艘艦艇。此外，各艦隊還有一部分軍事海運局的後勤鋪助艦船隨同作戰艦艇活動。

航空母艦是美海軍最重要的艦種，常常是海軍獨立遂行作戰任務的核心力量。現編有11艘航母，其中核動力多用途航母11艘，即〃尼米茲〃級10艘（〃尼米茲〃號、〃艾森豪威爾〃號、〃卡爾？文森〃號、〃羅斯福〃號、〃林肯〃號、〃華盛頓〃號、〃斯坦尼斯〃號、“杜魯門”號、“里根”號和“布什”號）、〃企業〃級核動力航母1艘（〃企業〃號）。

二、艦隊航空兵

艦隊航空兵也採用行政編組和任務編組兩種編成方式。行政編組一般按單一機種編組，負責日常行政管理、飛行訓練和物資技術保障等；任務編組是為滿足遂行特定任務需要而進行的多機種混合編組。艦隊航空兵按行政編組分為聯隊（大隊）、中隊和分遣隊3級。聯隊是艦隊航空兵的基本行政和戰術單位，下轄6~12箇中隊，並分為艦隊航空聯隊和艦載機聯隊。

艦隊航空聯隊又稱岸基航空聯隊，包括巡邏機聯隊（由6~7箇中隊組成，每個中隊裝有9架P…3C岸基反潛巡邏機）、攻擊機聯隊（由8~14箇中隊組成，每個中隊裝有14架A…6E攻擊機）、戰鬥機聯隊（由10多箇中隊組成，每個中隊裝有12架F…14A戰鬥機）、戰鬥攻擊機聯隊（由10多箇中隊組成，每個中隊裝有12架F/A…18攻擊戰鬥機）、直升機反潛作戰機聯隊、偵察攻擊機聯隊、母艦警戒聯隊和戰術支援聯隊等。

艦載機聯隊是以航母為活動基地的行政管理和戰術作戰單位。目前，美軍共編有10個現役艦載機聯隊和1個預備役艦載機聯隊。典型的艦載機聯隊編有2個戰鬥機中隊，各裝有F…14A型戰鬥機10~12架；2個戰鬥攻擊機中隊，各裝有F/A…18戰鬥攻擊機9~12架；1個戰術電子戰中隊，裝有EA…6B電子戰飛機數架；1個空中預警機中隊，裝有E…2C預警機4~5架；此外，航母上還配有KA…6加油機、S…3和SH…3反潛機與直升機數架。

三、海上勤務部隊

海上勤務部隊主要包括海上支援部隊和海上運輸部隊，現有軍人1000人，文職僱員6000人，合同商業人員2500人；擁有由110多艘兩棲、後勤和運輸艦船組成的核心艦船，按大隊、小隊和支隊編組