帝的死因為傷寒後，一時之間，關於傷寒的基本知識就成為西方各報爭先報道的內容之一，以滿足讀者的強烈需求。

傷寒之外，有很多非官方的史書，認為同治皇帝少年風流，私生活不夠檢點，沾染了嚴重的性病。這些疾病與傷寒協力，摧毀了這個少年天子。而史家們爭論不休的，就是誰該對同治皇帝的放蕩負責。在這些責任人中，公認的、首當其衝的就是慈禧太后和恭親王。

慈禧太后被攻擊的理由，是因為她過度干預了兒子的私生活。傳言她並不喜歡皇后阿魯特？寶音，以至於同治皇帝不敢與皇后同房，卻也不願按照慈禧的心意，去臨幸她所鐘意的慧妃富察？蘭軒，於是經常獨宿養心殿，為了解悶，他便開始偷偷溜出宮去尋花問柳。而為了防止被官員們撞上，他還不敢去高階娛樂場所，盡選擇那些低檔的、官員們不常去的地方，結果沾染了一身的性病。

恭親王被攻擊，則因為正是他兒子載澄，充當了皇帝尋花問柳的夥伴。而恭親王又以從兒子那裡逼問得來的實情，作為向皇帝進諫規勸的砝碼，導致與皇帝關係緊張。

同治皇帝終於病倒了。在他病重無法辦公的時候，任命了自己的老師李鴻藻代行批答奏章，李鴻藻很謹慎，只敢批示“知道了”、“交該部議”等無關痛癢的話。一週後，在親王們的請求下，同治皇帝同意，除了漢文奏章讓李鴻藻代批外，恭親王代批滿文奏章。慈禧太后則召集軍機和御前大臣，發表了重要講話，談了一個小時之久，大意就是皇帝如今都無法親自批閱檔案，要大家想想辦法。恭親王帶頭表示，自然還是要請太后出來掌舵。慈禧指示“茲事體大，爾等當先奏明皇帝”。次日，同治皇帝在病榻前召見恭親王，親自交辦該事，“天下事不可一日稍懈，擬求太后代閱折報”，並叮囑恭親王“照常好生辦事”，“語簡而厲”。隨後，就釋出上諭，由太后批閱裁定折件，恭親王的批閱奏章的權力，就又消失了。

比批閱奏章的權力更重要的，是接班人的問題。

同治皇帝死後，有關其接班人的選擇乃至爭論過程，在正史中沒有任何記載，而在民間流傳的野史當中，卻存在大量的離奇和聳人聽聞的版本。

說法之一，是當時皇后阿魯特？寶音身懷有孕。如果真是如此，當然必須等待她的臨產，如果所生是男孩，繼承人問題迎刃而解，如果所生是女孩，則再另行挑選接班人。而慈禧當時表示：“皇后雖已有孕，不知何日誕生，皇位不能久懸，宜即議立嗣君。”

恭親王則認為：“皇后誕生之期不過數月，應暫秘不發表，如生皇子，自當嗣立，如所生為女，再議立新帝不遲。”其他王公大臣也幾乎贊同恭親王的意見，但慈禧卻堅決反對，最後慈禧的意見壓倒了恭親王，光緒皇帝得以即位。

這個說得有鼻子有眼的段子，其實連野史都稱不上，其來自約瑟夫？普利策寫的《大清帝國外史》。而這本初版於1910年、暢銷世界數十年的“歷史鉅著”，已經被無可爭辯地確定為“偽書”——一部徹頭徹尾的歷史小說而已。作者創作同治皇后懷孕的靈感，估計就是來自於那與中國御史們一樣“風聞言事”的《紐約時報》駐華記者。

說法之二，同治皇帝曾想立自己尋花問柳的哥們、恭親王之子、貝勒載澄為接班人。據說同治皇帝已經要求其老師李鴻藻在病榻前起草這一傳位詔書。但這一說法同樣源自《大清帝國外史》，被世界範圍內大量輾轉摘引後，添油加醋，最後說是李鴻藻心中害怕，起草完後就到慈禧那裡去彙報，慈禧一看大怒，下令將皇帝“盡斷醫藥飲膳”，活活餓死了這位親生骨肉、少年天子。

說法之三，則是從下一輩的“溥”字輩選擇，這一輩居長的是當時6歲的溥倫，但溥倫的父親載治卻是從遠房過繼給隱志郡王奕緯（道光長子，咸豐皇帝和恭親王的長兄，早夭）的，不是近支親室，血統不純。這說法，同樣源自於《大清帝國外史》而被廣為轉載，極不可靠。

儘管以上說法的來源都相當不靠譜，但也大致列舉了當時可能的接班人選。從各方面衡量下來，載湉（光緒）作為接班人的確是相當合適的，尤其在血統上，他不僅是醇親王奕擐之子，最純正的天潢貴胄，而且其生母、醇親王福晉正是慈禧太后的嫡親妹妹，也就是說，慈禧太后身兼載湉的伯母和姨媽雙重關係，這是其他皇侄們（包括恭親王的兒子們）所無可比擬的。

而同治皇帝死後不久，皇后阿魯特？寶音便也突然宣佈流產，更使得外界議論紛紛。

根據中國官方公佈的檔案，這位皇后因為過於悲痛，“毀