制敵”，命丁汝昌率艦隊躲進威海港，結果坐以待斃。

不久，日本開始向旅順口進攻。在甲午海戰中，日本的海軍實際上也遭受了重創，已無力從旅順口正向進攻，同時旅順口沿岸佈滿了清軍從德國購進的新式大炮，狡猾的日軍於是採取了用艦船運送陸軍到花園口從背後抄襲的策略。而此時，北洋水師艦隊因李鴻章的命令，不再參加任何戰事，陸上也沒有陸軍防禦，由此，日軍不傷一兵一卒，很輕鬆地就登上了花園口，並直撲金州。在金州、旅順、大連還駐有很多清軍，但這些清軍，一看到日軍到來，馬上就逃跑了。兩個月以後，日軍用同樣的方法向威海衛發起了進攻。用軍艦運送兩萬多日軍從威海衛東的成山角登陸，沒怎麼遇到抵抗，就佔領了威海兩岸的所有炮臺，並且封鎖了港口東西出口，北洋艦隊此時完全成了甕中之鱉。

這時威海港外的劉公島還在清軍手中，如果在陸軍配合下，港內的水師完全可以突圍出去，但水師中很多洋人顧問都主張投降。擔任水師副提督的英國人馬格魯和軍事顧問美國人浩威爾還勾結少數水師將領，鼓譟士兵譁變，以迫使丁汝昌投降。丁汝昌不願背個不忠的罪名，結果在絕望中被迫自殺了。丁汝昌死後，在洋人的指使下，很快由浩威爾起草了一份投降書，送到日營。1895年二月，日軍正式接管了北洋海軍十一艘兵艦、劉公島的全部炮臺以及威海衛的全部軍械，物資均完好無損地成了日軍的戰利品。

日軍佔領了威海後，又馬上渡過鴨綠江分幾路向遼陽進軍，日軍在進佔遼陽時，除清軍將領夏士成、依克唐阿率部下和自發的群眾抗日武裝在鳳城堅決抵抗外，其餘清軍皆望風而逃，結果日軍沒費什麼力氣就攻佔了海城等地，並直逼遼陽、瀋陽兩城。遼西也受到極大的威脅。

慈禧太后看到遼東半島及遼西的大片土地這麼快就被日軍佔了去，生怕日軍打進山海關，直逼北京，趕緊起用已經被罷免了十年的恭親王奕訢，主持總理衙門大事，用他和洋人的關係，請英、俄公使出面調停，向日本求和。此時的英、俄都有自己的打算，並不想急於讓日本停戰，當美國出面稍一反對，英國立即罷手不再管這件事。其實美國反對英國出面調停，也是出於他自身利益的考慮，其目的是想讓別國都不再插手這件事，由他一家獨自出面調解日本停戰問題，以便從中獲取更大利益。

恭親王奕訢也看出只有美國和日本關係好，就呼籲美國出面調停。於是，美國公使開始在中日之間進行聯絡活動，日本此時剛佔領了旅順口、威海衛，也無力再向中國其他地方擴張，有人從中過個話，巴不得順坡下驢，答應求和的要求。但日本首相伊藤博文表示，必須由恭親王奕訢或李鴻章充任全權代表，並以割地賠款為“議和”條件才能開議，否則不必派代表去日本談判。

於是慈禧太后又馬上開復李鴻章的一切處分，任命他為“頭等全權大臣”，前往日本議和。1895年三月十四日，李鴻章　帶著兒子李經方、美國顧問科士達等，由天津乘船去日本。二十日，李鴻章同日本首相伊藤博文等在馬關的春帆樓開始談判，伊藤博文一開始就擺出戰勝者的驕傲姿態，肆意勒索，並派軍攻佔澎湖列島。李鴻章要求停止軍事行動和減輕勒索，被伊藤博文拒絕。二十四日，李鴻章在談判後回寓所途中，被日本暴徒刺傷。事件發生後，日本政府擔心列強借口乾涉，宣佈除臺灣、澎湖列島地區外，其他戰地立即停戰。四月一日，中日雙方代表重開談判，日本提出割讓奉天南部、臺灣、澎湖列島，賠償日本軍費白銀三億兩等苛刻的條件，清政府批示李鴻章與伊藤博文等“竭力申說”，儘量爭取減少割地賠款。四月十日，日本提出最後修正案，伊藤博文只准李鴻章說“允，不允”兩句，並以戰爭再起和進攻北京相威脅。四月十七日，李鴻章終於和日本代表簽訂了喪權辱國的《馬關條約》。

《馬關條約》的主要內容是：①中國承認日本對朝鮮的控制。②割讓遼東半島、臺灣全島及附屬各島嶼和澎湖列島給日本。③賠償軍費二億兩白銀。④增開沙市、重慶、蘇州、杭州四個通商口岸，日本可沿內河駛人以上各口岸。⑤允許日本臣民在中國通商口岸設立工廠，產品運銷內地只按進口貨納稅，並準在內地設棧寄存。條約中還規定，為保證中國履行條款，日軍暫時佔領威海衛。

《馬關條約》是日本在西方列強的支援下強加於中國的不平等條約，也是《南京條約》以來最嚴重的喪權辱國條約。《馬關條約》簽訂的訊息傳出後，全國譁然，拒絕和約、遷都再戰的呼聲震動了整個京城，並在全國掀起了反割地、反投降的鬥爭