869年8月，維新政府購買了1艘運輸船“大坂丸”號。次年，薩摩藩和山口藩各自貢獻了2艘軍艦，佐賀藩，熊本藩，豐津藩和靜岡藩也各奉獻了1艘運輸船。1871年，山口藩和佐賀藩又分別獻出2艘和1艘軍艦。這些船艦均劃規兵部省管轄。兵部省於1872年1月13日上書太政官：“海陸軍情況迥然不同，其官員不可兼任，須將兩種軍職分開，故奏請批准廢除兵部省，分置海軍省和陸軍省。”對此，太政官准奏，並於1月13日回覆：“諸君提議分別設定海，陸軍省，以簡化軍務，節省費用，謀求兩軍之強大，實為護國之道，亦是各國建軍規律，故須按兵部省奏摺從速改革。”1873年12月25日，任命勝海舟為海軍卿。同時，各藩將所有戰艦全部上交政府，但大多是些破舊艦船，不堪一用，後來又都陸續的還給了各藩。

事實上，現在的日本海軍能真正用來打仗的，只有“東”號和“龍驤”號等幾艘戰艦。

而自從以山縣有朋為首的長州藩士把持了日本陸軍之後，由薩摩藩把持的海軍就成了小二子，對海軍來說非常重要的海軍卿一職，自從勝海舟去職之後，竟然一直是空著的，所以才有了今天御前會議上陸軍的山縣有朋大講海軍的奇怪景象，

“帝國海軍現有‘東’號、‘龍驤’號兩艘鐵甲艦，為遠東最為強大之戰艦，清國海軍無一船能敵！此外尚有‘日進’、‘春日’‘筑波’、‘富士山’等戰艦共計17艘，反觀清國海軍，僅有2艘巡洋艦和12艘小型炮艦是蒸汽動力軍艦之外，剩下的全都是老掉牙的木質帆船，裝備的也都是土炮，而且分散在全國各地，論實力根本不是帝國海軍鐵甲艦的對手！”山縣有朋振振有詞的