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三十二年，日人設立南滿洲鐵道株式會社，並於關東州置都督府，另設領事五人，總領事駐奉天。安奉鐵道外有間島領土權，撫順炭坑、新法鐵道、營口支線、新奉、吉長兩鐵道借款諸事，經東三省總督趙爾巽、徐世昌及外務部尚書袁世凱先後與日使爭議，久不決。

三十三年三月，外務部大臣那桐與日本駐京公使林權助訂中日新奉吉長鐵路協約七條：一、二，中國以日金一百六十六萬元收買日本所已造之新奉鐵路，其續造遼河以東一段及自造吉長鐵路需款，均向南滿洲公司籌借半款。三，除還清期限外，均照山海關內外鐵路借款合同辦理。其主要事務，又開列六條：甲，借款還清期限，遼河以東十六年，吉長二十五年，限前不得還清；乙，借款以鐵路產業及進款作保，未還清以前，不得以此作他項借款之抵保物，中國自行籌款建築他路，與南滿洲公司無涉；丙，借款本息，由中國政府作保，到期爽約，應由政府代還，或將產業交公司暫管；丁，在借款期內，總工程師應用日本人，並添派鐵路日帳房一員；戊，如遇軍務、賑務，政府在各路運送兵食，均不給價；己，各路進款，應存日本國銀行。四，與南滿洲鐵路公司訂立關於遼河以東之借款合同，及吉長鐵路借款合同。五，中國奉新、吉長鐵路，均應與南滿洲鐵路聯絡，派員會訂章程。六，借款實收價值，照中國最近與他國借款酌定。此約結後，日人又要求吉長鐵路延長至延吉�南境，以與韓國會寧鐵道相聯，且照吉長鐵道例，於南滿鐵道會社藉資本之半數築之。政府不允，遂成懸案。

三十四年，日使忽提出安奉鐵道案，要求解決。先是滿洲善後協約之附約，允安奉鐵道仍歸日本經營，改為工商業鐵道，規定自此路竣工日起，以十五年為限。至是復提議。郵傳部乃派委員與日本委員會勘改良之新路線。日政府又要求勘定路線即行收買地基。東三省總督錫良祗許按舊線改築，要求日本撤退鐵道守備兵與警察等事，日本不允，令鐵道會社自由起工，海陸皆作警備。乃命錫良會同奉天巡撫程德全與日本奉天總領事締結安奉鐵道協約，此宣統元年七月事也。協約要目如左：一，中國確認前次兩國委員勘定之路線，陳相屯至奉天一段，由兩國再協議決定；二，軌道與京奉鐵道同樣；三，此約調印之當日，即協議購買土地及一切細目；四，此約調印之翌日，即行急進工事；五，沿鐵道之中國地方官，關於施行工事，應妥為照料。

未幾，間島之爭議又起。先是，康熙年間，政府與朝鮮劃定國境，於鴨綠江、圖們江水源之長白山上樹立界碑，規定西以鴨綠江、東以圖們江為兩國國境。因圖們江中有江通灘，地面不及二千畝，因地居江間，四面環水，故以“間島”呼之。此島向屬吉林，惟皇室以長白山一帶為發祥之地，不許人民移居，因之吉林東部所在人煙稀少，間島愈形荒僻。同治間，朝鮮鍾城歲飢，其民多渡圖們江移居間島，按年納地租於我國光霽峪經歷署。光緒初年，朝鮮人忽請免納地租，政府以主權攸關，令朝鮮人退出間島，不果，乃置延吉�以治之，間島仍準朝鮮人民居住，按納地租。

日俄戰後，日本伊藤統監命齋藤中佐率兵據之。政府與日使交涉，日使謂光霽峪以東為東間島，和龍峪一帶為西間島，系兩國未定之界。且謂長白山上界碑載土門江為界，朝鮮人稱海蘭河為“土門河”，圖們江系豆滿江，非“土門江”，中、韓國境實為海蘭河。中國以“土門”、“豆滿”、“圖們”均系一音之轉，圖們江北岸界碑矻立，鑿鑿可據。且光緒十三年，朝鮮王致北洋大臣書，宣告鴨綠江、豆滿江為兩國境界，是豆滿江即土門江無疑，執不許。至是，日使伊集院彥吉與外務部尚書梁敦彥重提舊案，締間島條約：一，中、日兩國協約以圖們江為中、韓兩國國境，其江源地方以界碑為起點，依石乙水為界；二，中國準外國人居住龍井村、局子街、頭道溝、百草溝等處貿易，日本於此等地方得設定領事館；三，中國準韓國人民在圖們江北之墾地居住；四，圖們江墾地之韓人，服從中國法權，歸中國地方官管轄及裁判，中國官吏於此等韓人與中國人一律待遇，所有納稅及其他一切行政上處分，亦同於中國人；五，韓人訴訟事件，由中國官吏按中國法律秉公辦理，日本領事或委員可任便到堂聽審，惟人命重案，則須先行知日領事到堂，如中國有不按法律判斷之處，日領事可請覆審；六，圖們江雜居區域內韓人之財產，中國地方官視同中國人民財產，一律保護，該江沿岸，彼此人民得任便往來，惟無護照公文，不得持械過境