於一二六六年，派遣使節前往招降。日本當時是龜山天皇在位，根本不知道世界上有蒙古帝國這回事。對這種來歷不明的使節，自然不予理會。這種冷淡態度，引起兩次無妄的災難：

第一次，一二七四年，元兵團一點五萬人，在蒙古大將忻都、高麗大將洪茶丘率領下，乘戰艦九百艘，從朝鮮半島合浦港出發，攻陷對馬島，在日本肥前沿海登陸。日本集結十二萬人抵抗，死傷慘重，但堅守不退。後來元兵團的箭用盡，無法補充，只好撤回。

七年後的一二八一年，即宋帝國亡後第二年，大汗忽必烈在高麗王國首都開京（朝鮮開城）設徵東司令部（徵東行省），由蒙古大將阿刺罕擔任總司令（行省右丞相）、漢人大將范文虎擔任副總司令（行省右丞），分南北兩路，在對馬島上會師。會師之後，阿刺罕逝世。大汗忽必烈命副宰相（中書省右丞）阿塔海前往接替。可是范文虎企圖由他來完成這件英雄事業，沒有等阿塔海到達，即行進軍，在日本平壺島（長崎北）登陸。計戰士十萬人，戰艦四千四百艘，漫天遍海，旌旗蔽日。日本第一次面對著這麼強大的敵人，全國震怖，自知不能抵抗，唯有奔走呼號，祈禱上蒼拯救。這時候是陰曆七月，正逢西南太平洋上臺風季節（內陸人民不可能瞭解颱風所帶來的可怕破壞力，即令二十世紀，二十萬噸以上的船艦，得到颱風訊息，都要躲避）。當日本慌張失措，朝不保夕之際，颱風適時而至。八月一日，突然間海上風浪大作，暴雨傾盆，四千四百艘戰艦在怒風駭浪中，四處飄散，像鴨蛋殼一樣，互相被撞擊粉碎，或被波濤吞噬，幾乎全部沉沒。戰士屍體，漂滿海面。軍儲糧秣以及弓箭武器，都在艦上，也全部喪失。這次颱風歷時四天，八月五日，好不容易風雨停住，范文虎發現他已無法收拾這個殘局，就把已經登陸駐紮在五龍山下的約十餘萬人的部屬，全部遺棄。自己和一批高階將領，乘上殘餘的幾艘戰艦，悄悄逃走。十餘萬人的登陸五龍山部隊，當發覺被他們的統帥遺棄時，好像被遺棄的孤兒，相對大哭。但他們立即組織起來，推舉一位張百戶（營長階級）當司令官，伐木作舟，準備逃回。但時間已不許可，八月七日，日本反攻，登陸五龍山部隊奮戰兩晝夜，箭已射盡，糧也食盡，結果是六七萬人被殺，未死的二三萬人，於八月九日被日軍驅到八角島，凡蒙古人、高麗人、中國北方人（漢人），全部處斬。只留下中國南方人（南人），日本稱為“唐人”的，免死，充作奴隸。登陸五龍山十餘萬部隊，只有三個幸運兒逃掉，分別偷乘破爛的漁舟，漂回中國。然而，最悲慘的是，這件全軍覆沒的悲劇，竟沒有引起責任問題。范文虎向忽必烈報告說：“我們到了日本，正準備攻擊太宰府時，不料暴風把船摧毀。我們仍然照原計劃行事，可是某將領某將領（這些人都被遺棄在五龍山下，死無對證），不聽指揮，率軍先退，大軍只好跟隨。全體戰士於回到合浦港後解散，已備回本鄉。”忽必烈相信他的話，逃回的三個人雖拆穿了他的謊言，死難者的家屬雖向政府申訴，但這聲音是太微弱了，忽必烈根本聽不到，蒙古帝國高階層已開始腐爛。

——這一陣颱風拯救了日本，日本感謝它，稱它為“神風”。二十世紀第二次世界大戰末期，日本組織自殺飛機，即稱“神風特攻隊”，希望神風第二次降臨。結果雖然失望，但可看出這次颱風在歷史上的重要地位。檢查蒙古帝國東征失敗的原因，我們認為可歸納為三項：一、將領們統大軍渡海作戰，卻沒有一個人對海洋氣候瞭解。二、任用人類渣滓范文虎當統帥。三、在出發時，忽必烈拒絕配備馬匹和回回炮，否則登陸五龍山部隊可能在巨炮掩護下，支援到撤退使用的新艦造成。

東征失敗後第二年（一二八三），蒙古帝國的使節被緬甸王國驅逐，遂向緬甸攻擊，繼續作戰六年，到一二八九年，緬甸始告屈服，降為臣屬。而在進攻緬甸王國的前一年（一二八二），占城王國（越南南部地區）囚禁蒙古帝國的使節，元兵團在蒙古大將唆都率領下，乘戰艦一千艘，由廣州出發攻擊。占城王國堅壁清野，退人叢林山谷。元兵團攻陷它的首都，但歸路和糧道卻被切斷，狼狽撤退，幾乎全被殲滅。

明年（一二八四），蒙古帝國向安南王國（越南北部地區）借路，計劃縱穿安南，從陸道進攻佔城。安南王國拒絕，它不敢冒這個險。忽必烈命他的兒子脫歡親王當總司令，攻擊安南王國。安南是熱帶地方，森林連旦，密不見天日，又有地區性的瘴氣惡霧，以及北方戰士從沒有見過的毒蛇猛獸和致使的蚊蟲螞蝗。元兵團首先發生瘟疫，又加上安南軍不斷伏擊，以致死傷狼藉，大敗而還。