成帝鹹康七年五月，始作武悼皇后神主，祔於廟，配饗世祖。成帝崩而康帝承統，以兄弟一世，故不遷京兆，始十一室也。

至康帝崩，穆帝立，永和二年七月，有司奏：“十月殷祭，京兆府君當遷祧室。昔徵西、豫章、潁川三府君毀主，中興之初權居天府，在廟門之西。鹹康中，太常馮懷錶續奉還於西儲夾室，謂之為祧，疑亦非禮。今京兆遷入，是為四世遠祖，長在太祖之上。昔周室太祖世遠，故遷有所歸。今晉廟宣皇為主。而四祖居之，是屈祖就孫也；殷祫在上，是代太祖也。”領司徒蔡謨議：“四府君宜改築別室，若未展者，當入就太廟之室，人莫敢卑其祖，文武不先不窋。殷祭之日，徵西東面，處宣皇之上。其後遷廟之主，藏於徵西之祧，祭薦不絕。”護軍將軍馮懷議：“禮，無廟者為壇以祭，可立別室藏之，至殷禘則祭於壇也。”輔國將軍譙王司馬無忌等議：“諸儒謂太王、王季遷主，藏於文武之祧。如此，府君遷主宜在宣帝廟中。然今無寢室，宜變通而改築。又殷祫太廟，徵西東面。”尚書郎孫綽與無忌議同，曰：“太祖雖位始九五，而道以從暢，替人爵之尊，篤天倫之道，所以成教本而光百代也。”尚書郎徐禪議：“《禮》‘去祧為壇，去壇為墠’，歲祫則祭之。今四祖遷主，可藏之石室，有禱則祭於壇墠。”又遣禪至會稽，訪處士虞喜。喜答曰：“漢世韋玄成等以毀主瘞於園，魏朝議者雲應埋兩階之間。且神主本在太廟，若今別室而祭，則不如永藏。又四君無追號之禮，益明應毀而無祭。”是時簡文為撫軍、與尚書郎劉邵等奏：“四祖同居西祧，藏主石室，禘祫及祭，如先朝舊儀。”時陳留範宣兄子問此禮，宣答曰：“舜廟所祭，皆是庶人，其後世遠而毀，不居舜上，不序昭穆。今四君號猶依本，非以功德致祀也。若依虞主之瘞，則猶藏子孫之所；若依夏主之埋，則又非本廟之階。宜思其變，則築一室，親未盡則禘祫處宣帝之上，親盡則無緣下就子孫之列。”其後太常劉遐等同蔡謨議。博士張憑議：“或疑陳於太祖者，皆其後之毀主，憑案古義無別前後之文也。禹不先鯀，則遷主居太祖之上，亦何疑也。”於是京兆遷入西儲，同謂之祧，如前三祖遷主之禮，故正室猶十一也。穆帝崩而哀帝、海西併為兄弟，無所登除。鹹安之初，簡文皇帝上繼元皇，世秩登進，於是潁川、京兆二主復還昭穆之位。至簡文崩，潁川又遷。

孝武帝太元十二年五月壬戌，詔曰：“昔建太廟，每事從儉，太祖虛位，明堂未建。郊祀國之大事，而稽古之制闕然，便可詳議。”祠部郎中徐邈議：“圓丘郊祀，經典無二，宣皇帝嘗辯斯義，而檢以聖典。爰及中興，備加研極，以定南北二郊，誠非異學所可輕改也。謂仍舊為安。武皇帝建廟六世，祖三昭三穆。宣皇帝創基之主，實惟太祖，親則王考。四廟在上，未及遷世，故權虛東向之位也。兄弟相及，義非二世。故當今廟祀，世數未足，而欲太祖正位，則違事七之義矣。又《禮》曰庶子王亦禘祖立廟，蓋謂支胤援立，則親近必復。京兆府君於今六世，宜復立此室，則宣皇未在六世之上，須前世既遷，乃太祖位定耳。京兆遷毀宜藏主於石室，雖禘祫猶弗及。何者？傳稱毀主升合乎太祖，升者自下之名，不謂可降尊就卑也。太子太孫，陰室四主，儲嗣之重，升祔皇祖，所配之廟，世遠應遷，然後從食之孫，與之俱毀。明堂方圓之制，綱領已舉，不宜闕配帝之祀。且王者以天下為家，未必一邦，故周平、光武無廢於二京也。明堂所配之神，積疑莫辯。案《易》‘殷薦上帝，以配祖考’，祖考同配，則上帝亦為天，而嚴父之義顯。《周禮》旅上帝者，有故告天，與郊祀常禮同用四圭，故並言之。若上帝是五帝，《經》文何不言祀天旅五帝，祀地旅四望乎？”侍中車胤議同。又曰：“明堂之制，既其難詳，且樂主於和，禮主於敬，故質文不同，音器亦殊。既茅茨廣夏，不一其度，何必守其形範，而不弘本從俗乎？九服咸寧，河朔無塵，然後明堂辟雍可崇而修之。”時朝議多同，於是奉行，一無所改。十六年，始改作太廟殿，正室十四間，東西儲各一間，合十六間，棟高八丈四尺。備法駕遷神主於行廟，徵西至京兆四主及太子太孫各用其位之儀服。四主不從帝者之儀，是與太康異也。諸主既入廟，設脯醢之奠。及新廟成，神主還室，又設脯醢之奠。十九年二月，追尊簡文母會稽太妃鄭氏為簡文皇帝宣太后，立廟太廟道西。及孝武崩，京兆又遷，如穆帝之世四祧故事。

義熙九年四月，將殷祠，詔博議遷毀之禮。大司馬琅邪王德文議：“泰始之初，虛太祖之位，而緣情流遠，上及徵西，故世盡則宜毀，而宣帝正太祖之位。又漢光武移十一帝