湯若望獲得清朝統治者極大的尊崇，在中國受到如此禮遇的傳教士獨此一人。多爾袞極尊重他的意見，順治的生母也因為湯若望治好了自己侄女即順治皇帝未來皇后的病而感激之至。少年順治皇帝聽了太后和朝中大臣對這位西洋教士的褒揚，自然產生信賴感，更由於順治帝極強的求知慾，屢屢召湯若望進宮講解天文學等自然科學知識，兩人之間建立起超越尋常君臣之間的關係。順治帝稱湯若望為“瑪法”即滿語爺爺，順治八年一年之內，湯若望連升三次，從通議大夫、太僕寺卿到太常寺卿，官級從五品升到正三品。順治十年(，賜給湯若望通微教師的尊號，地位相當於國師。順治十五年，湯若望獲贈光祿大夫的榮譽頭銜，官位升至正一品。不僅如此，順治帝還經常御駕湯若望府邸，長時間暢談。這種做法被認為尊卑不分、有違禮教，激起了朝中大臣的不滿。雖然如此，湯若望仍藉助與順治皇帝的親近關係，得到了崇高的地位和行動的自由。

湯若望早在剛擔任欽天監監正一職時，便在北京宣武門內建立了一座歐式風格的雄偉教堂，參觀的人員絡繹不絕。順治十四年，順治皇帝御筆親書“通微佳境”，製成匾額懸掛於宣武門的天主教堂，湯若望還把順治帝御製碑文刻成石碑豎立在教堂前面。這一舉動等於預設了湯若望有自由傳教的權力。事實上，湯若望也經常利用接近皇帝的機會向皇帝灌輸基督教義，順治皇帝也閱讀了有關書籍。由於湯若望的聲望，中國境內的傳教士都得到了保護，入教的群眾竟達上萬人。

順治十八年，才二十四歲的皇帝因病去世。他的繼承人是年僅八歲的小皇帝康熙，宮內由祖母皇太后照料，朝中則由四位順命大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜聯合執政。實權人物則只有鰲拜。隨著順治皇帝的去世，湯若望的地位每況愈下。首先是順治末年。一個略有小名的文人楊光先寫作《摘謬論》和《辟邪論》，投疏到禮部，分別攻擊西洋新法和基督教，在前書中，楊光先認為湯若望別有用心地用西洋曆法替代中國本土曆法，是蔑視大清的惡毒之舉，在後書中以中國傳統倫理觀念為參照系全面批駁基督教義。由於順治帝尚在世，禮部官員拒絕了楊光先的彈劾申請。

傳教士一方於康熙三年由利類思創作《天學傳概》。介紹天主教的產生及在中國的傳播歷史，反駁楊光先的指控。文中過分誇大基督教義的神聖，激化了矛盾。這時，湯若望中風病倒，由南懷仁代其履行公務。楊光先代表著反西方傳教士的一批人，包括儒士、回教徒等人，他們積極支援楊光先，使這一案件越來越複雜。

康熙三年秋到次年春天，朝廷公開審理此案，楊光先指控湯若望等人犯有三條大罪：陰謀叛逆、宣揚邪教和傳佈錯誤的天算學。長期審判的結果是。湯若望和欽天監七位官員被判處死刑，各地傳教土集中到北京接受審訊，拆毀全國教堂。但在審判的最後關頭。北京發生強烈地震，順治帝的母親孝莊太后直接干預此案，湯若望和僕人才被釋放，五名中國官員仍被處死，不久湯若望病故，葬於利瑪竇墓旁，集中到北京的二十五名傳教士被驅逐出境。

楊光先就任欽天監監正。走馬上任後，他遇到曆法推算的技術問題，楊光先恢復大統歷和回回曆。結果當然錯誤百出。康熙年事稍長，不滿於鰲拜的專權。從欽天監人手追查。康熙八年春，康熙仿效乃父順治命湯若望的助手南懷仁和楊光先實地測試。以辨優劣。經過幾次考查，楊光先敗下陣來，被革職，病死在回安徽老家的途中。

康熙皇帝恢復了湯若望的尊號，肯定了他的貢獻。南懷仁接任欽天監監正，經過這一重大麴折，中國天文學重新獲得了發展的機遇，以後歷任欽天監主要官員均為西方傳教士。傳教士在天文學上取得勝利，傳教的阻力卻越來越大，清政府對傳教活動的控制康熙中後期以後越來越緊，最終進入全面禁教階段。

湯若望和順治帝感情如此的親厚，為什麼最後會落得如此下場？一朝天子一朝臣？

康熙能夠登上大統，正是因為這位西洋老人的一句話，才促使順治立康熙為繼承者。

有關誰繼承皇位的決定，內臣奉孝莊太后意思詢問湯公，皇二子福全和皇三子玄燁哪一個繼位較合適。湯若望對皇三子比較中意，因為他得過天花。這位玄燁，就是後來的清聖祖康熙。

從這個角度來說，湯若望對康熙是有恩的，但是究竟是什麼原因，促使康熙對湯若望下達凌遲的命令呢？如果不是孝莊太后敦促，康熙八年，湯若望的冤案還不能平反。

其實湯若望的失寵，以及最後的凌遲處死，和楊光先