日本外交官必然也以親切的微笑和官場上的禮德來處理拉貝的信件，接待他的來訪。但拉貝最終總是得到千篇一律的回答：“我們將會通知軍部。”過了一些天，每天都有令人無法容忍的新的暴行出現，拉貝給日本大使信的信中語氣變得越來越充滿敵意了，言語中加重了對暴行的憤怒：

當時留在南京的27個西方人以及中國居民都被你軍在12月14日進行的搶劫、強姦和屠殺等恐怖活動所震驚了！

不論在安全區內還是在安全區入口處，我們沒有看見一個日本巡邏哨。

昨天，而且是在大白天，在大庭廣眾之下，在神學院的大廳裡，日軍士兵當著許多男人、婦女和兒童的面，強姦了數名婦女。我們22個西方人不能養活20萬中國平民，也不幫你們白天黑夜地保護他們。這是日本當局的職責。如果你們能為他們提供安全保障，那麼我們能夠幫助養活他們！

假如目前這種恐怖局面持續下去的話，很快連工人也找不到，基本的服務根本無法進行。

漸漸地，拉貝和國際委員會的其他成員開始理解日本外交官答覆的真實含義——下令進行屠殺的是軍方，大使館也無能為力。日本大使館參贊福田德康跟拉貝談了很多，他說：“日木軍隊想盡量地破壞這座城市，但我們大使館，將竭力阻止他們。”在南京被瘋狂蹂躪期間，一些日本大使館官員確實曾建議國際委員會直接向日本國內尋求公眾輿論的支援，以迫使日本政府採取行動。與此同時，另外一名使館官員卻竭力勸阻拉貝保持沉默，並警告他說：“一旦你對新聞記者說了什麼壞話，整個日本軍隊都會對我群起而攻。”

到後來，日本盟國官員的身份成了拉貝最後一張護身符，他做了現在想起來令人十分害怕的事情：他開始在城裡四處遊蕩，打算以個人力量去阻止暴行的發生。

無論何時拉貝開車往來於南京城中時，不時會有男人跳出來攔住車子，請求拉貝去制止一場正在進行的強暴——通常受害人是該男子的姐妹、妻子或女兒。於是拉貝就讓他上車一起趕往出事地點。一到那兒，他就將日本兵從受害者身邊趕跑，有一次他甚至親自拉起一個正趴在一名年輕姑娘身上的日本兵。他知道這些行動是非常危險的（拉貝在給希特勒的報告中寫道：“日本人有手槍和刺刀，而我……只有納粹黨標誌和我的袖章。”）但是沒有什麼力量能夠阻擋他的正義之舉——即使面對死亡的威脅。

拉貝在1938年1月1日的日記中記下了這樣一件事：“有位母親跪在我面前，大聲哭叫著懇求我，去營救她年輕漂亮的女兒。一進（房子），我就看見一個全身裸露的日本兵正壓在那年輕姑娘的身上，那女於歇斯底里地哭喊著。我對那蠢豬喊叫著，用各種他能聽懂的語言嚷著，‘新年快樂！’他只好灰溜溜地光著身子跑了，手裡還拎著自己的褲子。”

拉貝被南京城內的暴行驚呆了。在街道上他看見許多具婦女的屍體橫陳在被燒焦的房屋廢墟邊上，她們都是被強姦以後慘遭殺害的。拉貝在給希特勒的報告中寫道：“3到10個一群的日本士兵開始沿街搜尋，掠奪各種可以被偷走的東西。”

他們不停地對婦女和姑娘們施以殘暴，並隨心所欲地殺死任何人，包括表示反抗，試圖逃跑、以及碰巧是在不適當的場合、不恰當的時間出現的人。上至年過七旬的老媼，下至不到8歲的幼女，都很難逃脫被姦汙的惡運，事後日本兵還以最野蠻的方法，對她們施以毒打或殘害。我們發現有些婦女的屍體躺在碎啤酒瓶上，還有的被竹竿刺破了身體。我親眼目睹了這些受害者的慘狀——甚至與其中一些奄奄一息的人進行交談，最後是我把她們的屍體送到了鼓樓醫院的停屍房。所以，我個人確信，所有這些報告談到的都是事實。

在拉貝走在這座他深愛著的城市的廢墟之時，他看見幾乎在每一條街角處，都貼著漂亮的日本海報。上面寫著：“回到家鄉來！給你飯吃！信賴日本軍！可得救助！”

拉貝從決定救助中國難民之後，就竭盡所能地收容中國人，他把自己的房子和辦公室變為西門子公司僱員及其家屬的避難所，還把許多中國婦女藏在後院矮小簡陋的茅屋中。為防止她們遭受日本流氓的傷害，拉貝專門建立了一套警報系統。只要有日本兵翻過院牆，婦女們就會吹響口笛招呼拉貝衝到院內將他們趕走，這種情況太頻繁了，以至於拉貝晚上幾乎不敢離開家，唯恐日本兵會趁他不在的時候闖進來，對那些可憐的婦女恣意施暴。他不斷地向日本軍官控訴這些暴行，但都彷彿是泥牛入海，那些人根本置之不理。有一天拉貝