著起事，清參將索煥章起反，七月十五就攻克烏魯木齊漢城。當地真神教首領妥明被推舉為“清滇王”，索煥章稱大元帥，修築“王城”，改年號“清滇二千八百九十三年”。

在這之前新疆南路土著也在和卓熱西丁的帶領下起兵攻戰阿克蘇，並且在七月十日大敗增援喀喇沙爾的清軍，清領隊大臣文永殉職。

以庫車為中心，熱西丁也建立了自己的政權。

接著昌吉、綏來、古城、葉爾羌、吐魯番等地相繼有真神教土著起兵叛亂。

八月裡，和闐的依比布拉起兵，佔據和闐，成為新疆第三家稱王的叛亂政權。

短短兩個月裡，新疆南北燃遍烽火。伊犁將軍常清焦頭爛額，頻頻調兵撲壓，卻屢遭敗績。更危險的是烏魯木齊漢城被破，滿城被圍，叛軍兵鋒直逼伊犁。常清眼看局勢失控，自己手下的力量根本鎮壓不下這場大亂，連忙上奏北京，請求援兵。

清廷是時正縫太平天國覆滅，捻軍也困於霍山，敗勢顯露，滿堂上下心氣高漲，雖然北京三巨頭的目光已經盯向勢大難治的湘軍，並沒有太大的精力去分神新疆之事。但還是從山西、湖北、河北幾省抽調了一百多萬兩銀子，並命烏里雅蘇臺參贊大臣麟興和車林墩布多參贊大臣廣鳳、幫辦大臣奎昌，迅速派遣喀爾喀兵兩萬增援新疆。

九月底又調派土謝圖汗、車臣汗蒙兵各五百，增援烏魯木齊滿城。

然而這時喀什的柯爾克孜伯克司迪爾（思的克）起兵佔據了舊城，自立為“帕夏”。為了樹立威信，他還派出手下金相印去浩罕城迎回大和卓曾孫，號稱“聖裔”的布素魯克，欲立為傀儡。

這是新疆出現的第四家地方割據的叛亂政權。

十月裡，烏魯木齊滿城被破，妥明大開殺戒，都統平端、兵備道伊昌阿一下萬人死難。

妥明接著與奇台的土著首領馬福聯手，佔據奇台、昌吉、呼圖壁、烏蘇等城，並攻克了古城的滿城，清兵守軍自領隊大臣惠慶以下兵丁連同婦孺七千餘人盡死，妥明兵鋒直逼吐魯番。

到了這裡，新疆的局勢之惡劣已經刻不容緩。偏偏喀爾喀蒙古的兩萬兵丁，在烏魯木齊失陷後改援古城，與叛軍剛一接戰便就潰不成軍，敗回了科布多城。

喀爾喀蒙古人丁稀少，經不起大的損失，一班蒙古王公鬧騰起來，清廷無奈只得下令兵丁返回各旗。

至此，滿清是徹底喪失了對新疆局勢的控制權。

待到第二年，浩罕阿力木庫爾汗派阿古柏率領50名騎兵護送布素魯克去喀什。而一到喀什，布素魯克和阿古柏便組織兵變，將司迪爾逐趕出了喀什。三月，思的克率七千余余柯爾克孜兵回襲喀什。卻被阿古柏以少量騎兵夜襲殺的大敗。接收了思的克勢力的阿古柏迅速組建了數千名士兵的軍隊，四月份攻克了英吉沙，將思的克殘部逐出新疆，自己在南疆徹底站穩了腳跟。

在阿古柏扶持下，布素魯克建立了“哲德沙爾汗國”，意即“七城汗國”，表明一統回部七大城（一般認為是喀什、英吉沙、葉爾羌、和闐、阿克蘇、庫車、烏什）的野心。

訊息被新任伊犁將軍明緒報給北京，北京方面也急了。再也顧不得新疆是旗人的自留地，你看，他所有的派選官員全是旗人，一開始頻頻調動的也是滿蒙。直接命令時任陝甘總督楊嶽斌增援新疆。

可是楊嶽斌根本手下無人，要進軍新疆，他必須回老家湖南招兵。那就很扯淡的了。

滿清苦惱之下命令鮑超的霆軍增援新疆。但霆軍多是南方人，追擊太平軍餘部已經挺入了福建，且當時又已經幾個月不見餉銀，聽聞要遠赴萬里，進軍新疆，當即就爆炸了。

總兵婁雲慶帶領的那支在上杭縣大譁，前去江西索餉，江西急調了六萬兩白銀才將他們安撫住。另一支總兵宋國勇帶領的部隊就更牛逼，在長江水道上自己譁變，上岸後攻佔了咸寧縣城。清廷沒辦法，調霆軍入新疆只好作罷。

然後新疆就變成了南北兩大塊，南塊版圖可叫阿古柏的發跡史；被塊版圖可叫清軍的被吊打史。

被逼無奈的滿清面對伊犁將軍明緒的苦苦哀求，甚至想到了借沙俄之兵壯膽的奇葩設想。而瞅著中國西北垂涎欲滴的沙俄又如何會放過這個吃肥肉的大好機會？只是知道伊犁各城還握在清軍手裡，滿清在新疆還並沒有到山窮水盡的地步，俄國想要獲得最大利益，還需要看著滿清在新疆敗掉他最後一點家底。

果然，時間剛進入同治四年不久，伊犁各城就相繼被妥明攻陷。

但是妥明也沒能