立後，第1、第2大隊活動於瓊山、文昌地區，第3大隊活動於澄邁、臨高、儋縣、昌江、感恩地區。3月，第1大隊在瓊文公路的羅牛橋伏擊日軍的運輸車輛，擊毀汽車1輛，殲日軍上校以下20餘人。6月，化裝潛入文昌縣城，襲擊日軍北門哨所，殲敵一部。第2大隊於5月在海口市郊長村橋附近襲擊監督群眾修路的日軍，繳槍7支，日軍遭獨立總隊連續打擊後，6月起出動1000餘人對瓊文地區進行“掃蕩”，總隊以主力一部西渡南渡江，插入敵後瓊山、海口郊區活動，並向瓊山西部發展，與第3大隊打通聯絡，同時。在瓊山第一區建立游擊區，迫敵撤退。

1939年6月，新任國民黨廣東第9區行政督察專員吳道南來瓊後，反共磨擦變本加厲，削減直至停發獨立總隊軍餉，迫令將獨立總隊縮編為1個大隊，並派部隊向瓊文遊擊根據地和游擊區周圍推進，企圖消滅獨立總隊。

為了避開敵頑夾擊，儲存力量，建立抗日根據地，堅持瓊島長期抗戰，中共瓊崖特委和獨立總隊決心將領導機關轉移到瓊崖西部建立山區抗日根據地。10月下旬，總隊對日軍的重要據點那大，進行了軍民聯合的圍攻戰。獨立總隊在國民黨情縣縣長陳宗舜和各鄉行政人員支援下，動員民兵1500人，持火藥槍的群眾2000餘人，中共儋縣縣委領導的武裝200餘人，加上第3大隊200餘人，共4000餘人。10月21日，圍攻開始。那大駐日軍100餘人，另有偽軍1箇中隊，共200餘人，圍攻持續到11月5日，那大日軍因給養斷絕，孤立無援，乘夜晚突圍向憎縣具城新州逃去。6日晨，那大被攻克，偽軍中隊80餘人被俘。

12月瓊崖特委在瓊文遊擊根據地召開會議，決定特委和總隊領導機關由文昌地區向西南的臨高、儋縣、白沙交界的紗帽嶺地區轉移，並決定抽調第1大隊第2中隊、第2大隊第6中隊和原特務中隊合編組成特務大隊，掩護領導機關西移。第1、第2大隊主力仍留瓊文地區活動，後成立東路指揮辦事處，符振中為指揮，陳乃石為政治委員。

1940年1月25日，瓊崖特委及獨立總隊領導機關開始向西轉移，2月中旬到達瓊山、澄邁、臨高交界的美臺地區。這時，那大及其附近地區