成功突破日軍包圍，第159師代師長羅策群戰死。其他部隊長官大多數沒有向下完整地傳達撤退部署，就各自拋下部隊前往江邊乘事先控制的船隻逃離。這些部隊聽說長官退往下關，以為江邊已經做好了撤退準備，於是放棄陣地湧向下關一帶。負責封鎖挹江門的第36師沒有接到允許部隊撤退的命令，和從城內退往下關的部隊發生衝突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智與司令部成員乘坐事先保留的小火輪從下關煤炭港逃到江北，此後第74軍一部約5000人以及第36師也從煤炭港乘船過江，第88師一部和第156師在下關乘自己控制的木船過江。逃到下關的南明守軍已經失去建制，成為混亂的散兵，其中有些人自己扎筏過江，很多人淹死、或是被趕到的日軍射殺在江中。大部分未能過江或者突圍的南明士兵流散在南京街頭，不少人放棄武器，換上便裝躲入南京安全區。13日晨，日軍攻入南京城。

日軍進城兵力約50000，執行軍紀維持的憲兵卻僅有17人。日軍除了個別地或小規模地對南京居民隨時隨地任意殺戮之外，還對南明人，特別是解除了武裝的軍警人員進行若干次大規模的“集體屠殺”。大規模屠殺方法有機槍射殺、集體活埋等，手段極其殘忍。

12月15日（日軍佔領第3天）：已放下武器的南明軍警人員3000餘人被集體解赴漢中門外用機槍密集掃射，多當場遇難。負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。夜，解往魚雷營的南明平民及已解除武裝的南明軍人9000餘人被日軍屠殺。又在寶塔橋一帶屠殺3萬餘人。在中山北路防空壕附近槍殺200人。

12月16日（日軍佔領第4天）：位於南京安全區內的華僑招待所中躲避的南明男女難民5000餘人被日軍集體押往中山碼頭，雙手反綁，排列成行。日軍用機槍射殺後，棄屍於長江以毀屍滅跡。5000多人中僅白增榮、梁廷芳二人於中彈負傷後泅至對岸，得免於死。日軍在四條巷屠殺400餘人，在陰陽營屠殺100多人。

12月1看書：網女生7日（日軍佔領第5天）：南明平民3000餘人被日軍押至煤炭港下游江邊集體射殺。在放生寺、慈幼院避難的400餘南明難民被集體射殺。

12月18日（日軍佔領的第6天）夜，下關草鞋峽。日軍將從南京城內逃出被拘囚於幕府山的南明難民男女老幼共57418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到下關草鞋峽，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮。事後將所有屍骸澆以煤油焚化，以毀屍滅跡。此次屠殺僅有伍長德一人被焚未死，得以逃生。大方巷難民區內日軍射殺4000餘人。

1937年12月13日，《東京日日新聞》（即現在《每日新聞》）報道兩名日本軍官的“殺人競賽”。日軍第十六師團中島部隊兩個少尉軍官向井敏明和野田毅在其長官鼓勵下，彼此相約“殺人競賽”，商定在佔領南京時，誰先殺滿100人為勝者。他們從句容殺到湯山，向井敏明殺了89人，野田毅殺了78人，因皆未滿100，“競賽”繼續進行。12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田謂殺了105人，向井謂殺了106人。又因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。

34萬中國無辜的男女老少死於日軍的屠刀之下，幾十億明龍幣的財產遭到日軍的破壞和掠奪，這樣滔天罪行和暴行當然每個直接犯罪者都負有法律和道德的責任。

在日軍進入南京進行大屠殺的時候，朱啟睿便已經下定了決心，一定要統一全國。他於12月15日，在京城早報上發表宣告，一面對南京的死難同胞表胞表達哀悼，一面釋出了大明共和國軍政令，徵召大明共和國的武裝警察部隊和國民自衛隊整編為大明國防軍。只用了一個星期的時間，東北、華北、西北等地已動員部隊200萬人，加上原有的大明國防軍，此時，大明共和國的國防軍總數已達250餘萬人，其中240000萬人組成了200個師的兵力，其餘100000萬人則是空軍。並且大明北方轉入戰時機制，加快生產各部隊的武器裝備。同一時刻，朱啟睿釋出對日作戰總動員一令，並明令對進入南京參加屠殺大明軍民的日軍第六師團和第101師團的官兵如在戰場遭遇，立殺無赫。

“報告元首，據情報部門報告，蔣中正此時還停留在武漢行營，但明天他就要轉移到貴陽，準備以那裡為南明的陪都，行使南明政府權力。”朱啟睿此時正在北京的中南海處，