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兼有海道性質的集團劫掠行為已經引起了朝廷的注意，繼朱紈之後於嘉靖三十一年七月，委派山東巡撫王抒（此字應為豎心旁）為浙江巡撫兼福泉道，提督軍務。王抒啟用了鎮壓走馬溪私番被誣仍囚繫於閩獄達4年之久的名將盧鏜和駐守廣東瓊州的右參將俞大酋。

奉王抒之命，嘉靖三十二年閏三月，參將俞大酋和湯克寬分為兩哨：俞氏由列表門正面進攻，湯氏由西后門出擊，防其奔逸。王直以逸待勞，攻守隨意。第一次餘氏攻擊未果。硬攻不行，只得智取。恰好有兩士兵有罪當斬，主動向俞大酋請命贖死，前往燒燬王直營寨。據載兩士卒渡海翻山，晝伏夜行，潛入營寨，當時夜近四鼓，寨內人困劇而睡，二士卒便點燃其火藥庫，於是火藥橫發，群寨俱燃。當時俞大酋看見火焰沖天，遂命舟師齊進。王直由於防備疏失，為人所乘，遂率精銳突圍而出，暫泊馬跡潭，收集餘眾。王直原曾天真地以為浙江的海道官員恆久地把他作為維持海面秩序的助手，而王抒的行動則使他的這一幻想徹底破滅，王直感嘆雲：“此皆赤心補報，諸司俱許錄功申奏，何反誣引罪逆及於一家？”由於在大陸沿海無法活動，便只得到異域日本開拓據點了。好在與日本私商的貿易一直在進行著，而此時日本各諸侯國的對外貿易政策也為他提供了棲留的良好條件。

王直講義氣，重信用，慷慨好施，因而廣泛博得日本人的信任和推崇。王直在平戶島定居後，以此作為基地，收聚反明勢力，並利用日本浪人，運籌帷幄，一次次向閩、浙、南直等沿海地區發動攻擊。同時秘密同中國沿海地區貿易，這得到了當時肥前平戶的藩主松浦隆信的庇護和主持。據《大麴記》載：“道可（松浦隆信）是福氣和武功都很大的人，有個名叫五峰（王直）的大唐人來到平戶津，住在現在的印山邸址，修建中國式房屋。他利用了五峰，於是大唐商船來往不絕，甚至南蠻的黑船也開始駛入平戶津。大唐和南蠻的珍品年年充斥。因而，京都、堺港等各地商人云集此地，人們稱作西都。”嘉靖三十一年左右王抒有段大唐街的記述：徽、浙無賴亡命潛匿倭國者不下千數，居成里巷，街名大唐。”

王直雖身在倭國，但和內地的聯絡還是很密切的，甚至可說是親密，正如王抒所云：“濱海頑民圖賊厚利，從而販取柴米、酒肉以饋之，打造槍刀、鉛丹以助之，收買違禁貨物以資之，飾送娼優、戲子以悅之，每見官兵動靜則星火徒報，官府密令哨探則推避不從。寧殺可愛之身而不忍背不可附之賊。”這種感情已不能簡單地用圖利來解釋，王直已與內地居民在長期的貿易中，互相講求信義，已結下了深厚的友誼。站在更高的角度看，開市通商已是歷史的大勢所趨，民心所向，一目瞭然。

可以說在王直退避日本之前，明朝的官方文書還把他們稱為海寇，倭寇一詞並不多見。但在嘉靖三十二年烈表山被破之後，倭寇一詞就屢屢出現在朝廷的奏摺中，可見所謂的倭寇擾民其實就是王直對明朝政府背信棄義的報復。之所以打扮成倭的形式出現，是想以此為掩飾，轉移人們的視線，這樣其在大陸的家屬和族親可常保無事、免受牽連。因此，他們儘量把自己的髮式裝扮成日本人的模樣，以便和稱謂一致。正如有人說的：彼固以倭為名，而我亦以倭名之，是墜其計也。但話雖如此，真倭還是有的，但極少，最多不超過三成，並且在倭寇中地位較低，大多為僱傭來護送商船的保鏢。這裡有一封曾任福建按察使的宗方城給友人的信，其中敘述了嘉靖三十七年四月倭寇攻陷福州府福清縣的事，從中可見華人對倭人的“妙用”，說：“海寇大多華人，華人狡，善騙夷。福清之陷也，蓋華人之先其夷於睥睨間，守睥者睹其夷，遂驚而逸。即陷，華人乃又先之，騙夷以獄此帑藏也，夷遂呼其類數千人劈門以入，而其時華人已群入帑藏中負其萬金走矣。夷人不知華人負之矣。及敗，其俘皆夷，華無一夫被創者。”這段文字清楚說明在攻城危機時讓真倭衝在前面，一旦攻下城堡，首先獲利的卻是華人。

嘉靖三十五年二月胡宗憲出任浙、直總督。此人在歷史上很有爭議，大多說其攀權附勢，人品不佳，特別是誘殺王